{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{“日期-部分”：[[2024,9,3]]，“日期-时间”：“2024-09-03T14:20:51Z”，“时间戳”：1725373251687}，“引用-计数”：32，“发布者”：“Springer Science and Business Media LLC”，“问题”：“1”，“内容-域”：{-“域”：[“link.Springer.com”]，“交叉标记限制”：false}，“short-container-title”：[“BMC生物信息学”]，“published-print”：{“date-parts”：[[2010,12]]}，“abstract”：“摘要<\/jats:title>\n\n个背景<\/jats:title>\n唾液组学知识库（SKB）旨在作为计算基础设施，允许全球探索和利用与唾液组学相关的数据和信息。SKB是通过以下方式创建的：（1）将加州大学洛杉矶分校的唾液生物标记物发现和验证资源与（2）海外建筑运营管理局（Open Biomedical Ontologies）Foundry开发的本体资源相结合，包括新的唾液本体（SALO）<\/jats:p>\n<\/jats:sec>\n\n个结果<\/jats:title>\n我们定义了唾液本体论（SALO；http://www.skb.ucla.edu\/SALO\/<\/jats:ext-link>）作为一个基于共识的受控词汇表，专门用于唾液组学领域和唾液相关诊断，遵循OBO（开放生物医学本体论）Foundry的原则<\/jats:p>\n<\/jats:sec>\n\n个结论<\/jats:title>\n唾液本体论是一项正在进行的探索性倡议。本体将用于促进唾液组学数据检索和跨多个研究领域的集成，以及数据分析和数据挖掘。本体将通过其为将纳入SKB的唾液组学研究文献的代表性语料库提供注释（“标记”）的能力进行测试<\/jats:p>\n</jats:sec>“，”DOI“：”10.1186\/14721-105-11-302“，”type“：”期刊文章“，”created“：｛”日期部分“：[[2010,6,3]]，”日期时间“：”2010-06-03T18:16:00Z“，”时间戳“：1275588960000｝，”更新策略“：”http:\/\/dx.DOI.org/10.1007\/springer_crossmark_policy“，”source“：”Crossref“，”由count引用“：49，”title“：[”唾液本体：基于本体论的唾液组学知识库框架“]，”前缀“：”10.1186“，”卷“：”11“，”作者“：[{”给定“：”基业“，”家族“：”艾“，”序列“：”第一“，”从属“：[]}，{”给出“：”巴里“，”家庭“：”史密斯“，”顺序“：”附加“，”隶属“：[]}，}]，“成员“：”297“，”published-online“：{“date-parts”：[[2010,6,3]]}，“reference”：[{“key”：“3759_CR1”，“unstructured”：“2004\u20132009年期间长期研究议程中的NIDCR专家组[http://www.NIDCR.nih.gov\/research\/ResourcePriorities\/ExpertPanelsOnScientificOpportunities\/PanelOnGenomicsAndProteomics.htm]”}，{“key”：”3759_CR2“，”第一页“：”3“，”卷标“：”NCI癌症公告“，”作者“：”C菲利普斯“，”年份“：”2006“，”非结构化“：”菲利普斯C：冲洗和唾液：唾液作为癌症生物标记物来源。NCI癌症公报2006，3\u20135.“}，{”key“：”3759_CR3“，”unstructured“：”2008财年NIH年度绩效报告[http://\/nihperformance.NIH.gov\/NR\/rdonlyres\/35C6BF35\u2013688F-405E-94FE-E58BDFA80679\/11369\/FY08_Annual_Performance_Report__NIH_Final.pdf]“}”，{“key”：“3759_CR”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“首页：“1”，“doi”：“10.1038\/sj.tpj.6500230“，”卷“：”4“，”作者“：”T 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Medicine“，”author“：”P Grenon“，”year“：”2004“，”unstructured“：”Grenon P，Smith B，Goldberg L:Biodynamic ontology:”BFO在生物医学领域的应用。in Ontologie in Medicines.Amsterdam IOS Press；2004:20\u201338.“}Nature Precidings”，“author”：“M Courtot”，“year”：“2009”，“unstructured”：“Courtot M，Gibson F，Lister A，Malone J，Schober D，Brinkman R，Ruttenberg A:MIREOT:引用外部本体术语的最小信息。生物医学本体论国际会议论文集。Nature Precidings 2009.“}，{”key“：“3759_CR27”，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”D440“，“doi”：“10.1093\/nar\/gkm883”，“volume”：“36”，“author”：“The Gene Ontology Consortium”，“year”：“2008”，“unstructured”：“基因本体联盟：2008年的基因本体项目。《核酸研究》2008，36:D440\u2013444。10.1093\/nar\/gkm883“，”journal-title“：”Nucleic Acids Res“}，{”key“：”3759_CR28“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”首页“：”1127“，”doi“：”10.1038\/nbt1347“，“volume”：“25”，“author”：“AR Jones”，“year”：“2007”，“unstructured”：“Jones AR、Miller M、Aebersold R、Apweiler R、Ball CA、Brazma A、Degreef J、Hardy N、Hermjakob H、Hubbard SJ、Hussey P、Igra M、Jenkins H、Julian RK Jr、Laursen K、Oliver SG、Paton NW、Sansone SA、Sarkans U、Stoeckert CJ Jr、Taylor CF、Whetzel PL、White JA、Spellman P、Pizarro A：功能基因组学实验模型（FuGE）：功能基因组学标准的可扩展框架。国家生物技术2007，25:1127\u20131133。10.1038，“nbt1347”，“journal-title”：“Nat Biotechtol”}，{“key”：“3759_CR29”，“unstructured”：“Smith B，Brochhausen M：将生物医学本体论付诸实践。医学信息方法，出版社。”}“：”F Lisacek“，”年”：“2007年”，“非结构化”：“Lisacek F，Hoogland C，Lescuyer P，Hochstrasser DF，Appel RD：在生物流体蛋白质组分析中使用生物信息资源。蛋白质组学-临床应用2007，1（8）：900\u2013915。10.1002 \/prca.200700188“，“期刊标题”：“蛋白质组学-临床应用”}，{“key”：“3759_CR31”，“volume-title”：“2006年AAAI春季学术研讨会论文集，关于规范化和编译背景知识及其在知识表示和问题解答中的应用，加利福尼亚州斯坦福”，“作者”：“C Matuszek”，“年份”：“06”，“非结构化”：“Matuszek C，Cabral J，Witbrock M，DeOliveira J：Cyc语法和内容简介。2006年AAAI春季研讨会论文集，关于背景知识的形式化和编译及其在知识表示和问答中的应用，加利福尼亚州斯坦福市，2006年1995年，“非结构化”：“Miller GA:WordNet:英语词汇数据库。Commun ACM 1995，38（11）：39\u201341。10.1145\/219717.219748“，”日志标题“：”Commun 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