{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{“日期部分”：[[2024,5,17]]，“日期时间”：“2024-05-17T02:11:22Z”，“时间戳”：1715911882782}，“参考计数”：26，“出版商”：“世界科学出版社私人有限公司”，“发行”：“05”，“资助者”：[{“名称”：“云南省学术技术带头人人才培养计划”}，{“name”：“云计算与大数据集成，科教创新”，“award”：[“2017B00016”]}用法：{“domain”：[]，“crossmark-restriction”：false}，“short-container-title”：[“J.Bioninform.Comput.Biol.”]，“published-print”：{”date-parts“：[[2018,10]]}，”abstract“：”蛋白质二级结构预测（PSSP）是生物信息学中的一个重要研究领域。蛋白质序列特征的表示可以看作一个矩阵，它包括氨基酸残基（时间步长）维和特征向量维。预测二级结构的常用方法仅关注氨基酸残基维度。然而，特征向量维数也可能包含PSSP的有用信息。为了整合矩阵两个维度的信息，我们提出了一种混合深度学习框架，即二维卷积双向递归神经网络（2C-BRNN），以提高8类二级结构预测的准确性。提出的混合框架是通过二维卷积神经网络（2DCNN）提取氨基酸残基之间的区别性局部相互作用，然后通过双向门控递归单元（BGRU）或双向长短期记忆（BLSTM）进一步捕获氨基酸残基间的长程相互作用。具体地说，我们提出的2C-BRNNs框架由四个模型组成：2DConv-BGRU、2DCNN-BGRUs、2DConv-BLSTM和2DCNN-BLSTM。在这四种模型中，2DConv模型只包含二维（2D）卷积运算。此外，2DCNN模型包含2D卷积和池操作。在四个公共数据集上进行了实验。实验结果表明，我们提出的2DConv-BLSTM模型的性能明显优于基准模型。此外，实验还表明，所提出的模型可以从蛋白质矩阵中提取更有意义的特征，并且特征向量维数对PSSP也很有用。我们提出的方法的代码和数据集可在https:\/\/github.com/guoyanb\/JBCB2018\/上获得<\/jats:p>“，”DOI“：”10.1142\/s021972001850021x“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[[2018,8,20]]，”date-time“：”2018-08-20T05:46:45Z“，”timestamp“：1534744005000}，”page“：“1850021”，“source”：“Crossref”，“is-referenced-by-count”：53，“title”：[“结合二维卷积神经网络的递归神经网络改进蛋白质二级结构预测“]，”前缀“：”10.1142“，”卷“：”16“，”作者“：[{”ORCID“：”http://\/ORCID.org\/0000-0001-9532-2309“，”authenticated-ORCID“：false，”给定“：”Yanbu“，”家族“：”Guo“，”序列“：”first“，”从属关系“：”[{“name”：“云南大学信息科学与工程学院，中华人民共和国昆明市翠湖北路2号，邮编：650091http:\/\/orcid.org\/00000-0002-9060-382X“，”authenticated-orcid“：false，”given“：”魏华“，”family“：”李“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”云南大学信息科学与工程学院，中华人民共和国昆明市翠湖北路2号“}]}，{“given”：“Bei”，“family”：“Yang”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：[{'name“：“”云南省第二人民医院心内科医学博士，中国昆明市青年路176号，邮编：650021 02“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1006\/jmbi.1993.1413“}，{“issue”：“5”，“key”：“S02972001850021XBIB003”，“首页”：“851”，“卷”：“18”，“author”：“Min S”，“year”：“2017”，“journal-title”：“Briefings Bioinf”}，}“key“：”S0297201850021xBIB004“，“doi-assert-by”：“publisher”，”doi:“10.1099 3\/nar\/25.17.3389“}，{“键”：“S021972001850021XBIB007”，“doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1002\/minf.201501008“}，{“key”：“S021972001850021XBIB008”，“doi-assert-by”：“publisher”，”doi:“10.15252\/msb.20156651”}，“key“：72001850021XBIB010“，”doi-asserted-by“：”publisher“，“doi”：“10.1093\/nar\/gkw306“}，{“key”：“S02972001850021XBIB011”，“doi-asserted-by”：“publisher”，”doi“：”10.1038\/srep18962“}”，{”key“：”S0297201850021X BIB012“，”doi-assert-by“：”publisher“，”doi:“10.1002\/bip.360221211”}，“key“:”S021972001850021 XBIB013“，”doi-asserted-by““：”publisher“，“doi”：“10.1073\/pnas.37.11.729”}，{“键”：“S021972001850021XBIB014”，“doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1093\/生物信息学\/btx218“}，{“key”：“S021972001850021XBIB015”，“doi-assert-by”：“publisher”，“doi”：“10.1006\/jmbi.1999.3091”}，“key“：021XBIB018“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1371 \/journal.pone.0141287“}，{“key”：“S02972001850021XBIB020”，“doi-asserted-by”：“publisher”，”doi“：”10.1109\/TPAMI.2015.2491929“}”，{”key“：”S0297201850021xBIB021“，”doi-assert-by“：”publisher“，”doi:“10.1002\/prot.25487”}，“key“:”S021972001850022XBIB022“，”doi-asserte-by“：”publisher“，”doi“：”10.1186\/1471-2105-7-S4-S4“}，{“key”：“S021972001850021XBIB023“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1109\/TASLP.2014.2383614“}，{”key“：”S02197201850021xBIB026“，”doi-asserte-by“：”publisher“，“doi”：“10.1002\/prot.10082”}，“key”：“S02972001850021-XBIB0027”，“doi-assert-by”：“publisher”，“doi:”10.1021\/bi00699a002“}”，{“key”：“S021972001850021XBIB028”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“doi”：“10.1016\/j.jmgm.2017.07.015“}，{“key”：“S02972001850021XBIB029”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“doi”：“10.1109\/TPAMI.2015.2491929”}，}“keys”：“SO0297201850021xBIB033”，“doi-assertd-by”：“publisher”，“DI:”10.1093\/btg224“}”，{by“：”publisher“，”doi“：”10.1002\/prot.24347“}，{”key“：”S021972001850021XBIB035“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1002\/prot.24452“}]，”container-title“：[”生物信息学和计算生物学杂志“]，”original-title”：[]，“language”：“en”，“link”：[{“URL”：“https:\/\/www.worldscience.com\/doi\/pdf\/10.1142\/S0297201850021X”，“content-type”：“unspecified”，“content-version”：“vor”，“intended-application“：”similarity-checking“}]，”deposed“：{”date-parts“：[[2019,8,6]]，”date-time“：”2019-08-06T13:35:23Z“，”timestamp“：1565098523000}，”score“：1，”resource“：{“primary”：{“URL”：“https:\/\/www.worldscience.com\/doi\/abs\/10.1142\/S02972001850021X”}，“副标题”：[]，“短标题”：[]，“发布”：{“日期部分”：[[2018,10]]}，“references-count“：26，”journal-issue“：{”issue“：”05“，”published-online“：”{“date-parts”：[[2018,11,12]]}，“published-print”：{“日期-parts”：[[2018,10]]}}，”alternative-id“：[”10.1142\/S021972001850021X“]，”URL“：”http://\/dx.doi.org\/10.1142\/S021972001850021X“，”relation“：{}”，“ISSN”：[“0219-7200”，“1757-6334”]，“ISSN-type”：[{“value”：“0219-9200”，”type“：”print“}，{“value“：“1757-6334”，“type”：“electronic”}]，“subject”：[]，“published”：{“date-parts”：[[2018,10]]}}