{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{“日期部分”：[[2023,2,2]，“日期时间”：“2023-02-02T00:30:50Z”，“时间戳”：1675297850688}，“引用-计数”：19，“发布者”：“世界科学出版社私人有限公司”，“问题”：“06”，“内容域”：{-“域”：[]，“交叉标记限制”：false}，”short-contain惰性物质”：[“J。生物信息。计算。生物学“]，“published-print”：{“date-parts”：[[2014,12]]}，“abstract”：“基因组学面临着许多部分注释的假定酶编码基因的问题，这些基因的活性尚未得到验证，而代谢组学面临着很多假定酶反应的问题，其完整方程尚未得到验证。IUBMB收集了有关酶的知识，并将其作为酶清单公开。然而，迄今为止，生物信息学研究尚未对酶清单的术语进行全面评估。相反，大多数生物信息学研究仅使用酶的标识符，即酶委员会（EC）编号。我们调查了整个酶清单中术语的实际使用情况，并证明仅使用EC编号无法检索反应的部分特征。因此，我们开发了一个新的本体，命名为PIERO，用于如下注释生化转换。首先，描述酶反应的术语是从酶列表中检索出来的，并被分为与整体反应和生化转化相关的术语。因此，这些术语被映射到酶反应方程的实际转换上。该本体与基因本体（GO）和EC编号相关联，允许从给定的同源基因集合中提取常见的部分反应特征，并从给定的转换中解释可能的酶。PIERO本体论的进一步发展应加强酶列表，以促进基因组学和代谢组学的整合<\/jats:p>“，”DOI“：”10.1142\\s021972014420013“，”type“：”期刊文章“，”created“：｛”日期部分“：[[2014,10,8]，”日期时间“：”2014-10-08T02:12:12Z“，”时间戳“：1412734332000｝，”page“：”1442001“，”source“：”Crossref“，”由count引用“：7，”title“：[”用于分析生化转化的PIERO本体：有效实现IUBMB酶列表中的反应信息“]，”前缀“：”10.1142“，”卷“：”12“，”作者“：[{”给定“：”Masaaki“，”家族“：”Kotera“，”序列“：”first“，”affiliation“：[}”name“：”日本东京理工大学生物科学与生物技术研究生院，2-12-1 Ookayama，Meguro-ku，Tokyo 152-8550Zen Ichi”，“family”：“Nakagawa”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[｛“name”：“生物信息学中心，京都大学化学研究所，日本京都611-0011，宇治市五重市”]｝，｛“given”：“Ai”，“family”：“Muto”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[｛“name”：“奈良理工学院生物科学研究生院（NAIST），8916-5 Takayama，Ikoma，Nara 630-0192，日本“}]}，{“给定”：“Yuki”，“家庭”：“Moriya”，“序列”：“附加”，“隶属关系”：[{“名称”：“日本京都大学化学研究所生物信息中心，日本京都611-0011，Gokasho，Uji”}信息与系统研究组织生命科学数据库中心，178-4-4 Wakashiba，Kashiwa，Chiba 277-0871，日本“}]}，{“给定”：“Shinobu”，“家族”：“冈本”，“序列”：“附加”，“隶属关系”：[{“名称”：“信息与系统研究组织生命科学数据库中心，178-4-4 Wakashiba，Kashiwa，Chiba 277-0871“}]}，{“给定”：“水池”，“家族”：“川岛”，“序列”：“附加”，“隶属关系”：[{“名称”：“信息与系统研究组织生命科学数据库中心，178-4-4 Wakashiba，Kashiwa，Chiba 277-0871，日本“}]}，{“给定”：“Toshiaki”，“家族”：“Katayama”，“序列”：“附加”，“隶属关系”：[{“名称”：“生命科学数据库中心，信息与系统研究组织，178-4-4 Wakashiba，Kashiwa，Chiba 277-0871，日本“}]}，{“给定”：“Toshiaki”，“家族”：“Tokimatsu”，“序列”：“附加”，“从属”：[{“名称”：“日本京都大学化学研究所生物信息中心，日本京都611-0011，Gokasho，Uji”}生命科学数据库中心，信息与系统研究组织，178-4-4 Wakashiba，Kashiwa，Chiba 277-0871，日本“}]}，{“给定”：“Minoru”，“family”：“Kanehisa”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“生物信息学中心，化学研究所，京都大学，日本宇治市，邮编：611-0011”}]}，{“给定”：“Susumu“，”family“：”Goto“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”京都大学化学研究所生物信息中心，日本京都611-0011，Uji，Gokasho“}]}]，”member“：”219“，”published-online“：{”date-parts“：[[2015,1,2]}，”reference“：[}”key“：”rf1“，”doi-asserted-by“：“publisher”，“doi”：“10.1111\/pl.12060”}，{“键”：“rf2”，“doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1111\/febs.12530“}，{“key”：“rf3”，“doi-assert-by”：“publisher”，“doi”：“10.1038\/75556”}，“key“：”rf4“，”doi-assered-by“：”publisher“，”doi“：\/nar\/gkp440“}，{”key“：”rf6“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1351\/pac198961040725“}，{“key”：“rf7”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“doi”：“10.1093\/nar\/gks1146”}，}“key:”rf8“，”doi-assert-by“：”publisher“，”doi“：”10.1093\/nar\/gkt1076“}”，{”key“：”rf9“，”doi-asserted-by“”：“publisher”，“doi”：”10.1016\/j.pisc.2014.02.003“}，{”key“：”rf10“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1021\/ci3005379“}”，{“key”：“rf11”，“doi-asserted-by“：”publisher“，”doi“：”10.1371\/journal.pone.001537“}，{“key”：“rf12”，“doi-assert-by”：“publisher”，“doi”：“10.1186\/1752-0509-7-S6-S2”}，“{”key“：”rf13“，”doi-assered-by“：”publisher“，”doi“：，“doi”：“10.1016\/j.jbi.2010.09.004”}，{“key”：“rf15”，“doi-asserted-by”：“publisher“，”DOI“：”10.1155\/2013\/983805“}，{“key”：“rf16”，“DOI-asserted-by”：“publisher”，“DOI”：“10.1093”，“nar”\/gkt1081”}，“{”key“：”rf17“，”DOI-assert-by“：”publisher/gku403“}，{“key”：“rf19”，“DOI-asserted-by”：“publisher”，“DOI”：“10.1186\/2041-1480-5-5”}]，“container-title“：[“生物信息学和计算生物学杂志”]，“original-title”：[]，“language”：“en”，“link”：[{“URL”：“https:\/\/www.worldscience.com\/doi\/pdf\/10.1142\/S021972014420013”，“content-type”：“unspecified”，“content-version”：“vor”，“intended-application”：“similarity-checking”}]，“deposed”：{“date-parts”：[2019,8,6]]，“date-time”：“”2019-08-06T19:45:50Z“，”timestamp“：15651207500000}，”score“：1，”resource“：{主要”：{“URL”：“https:\/\/www.worldscience.com\/doi\/abs\/10.1142\/S021972014420013”}}，“副标题”：[]，“短标题”：[]，“已发布”：{“日期-部分”：[[2014,12]]}，《参考计数》：19，“日志发布”：}“发布”：“06”，“published在线“：{“date-parts”：[[2015,1,2]]}，“published-print”：{date-parts“：[[2014,12]]}}，”alternative-id“：[”10.1142\/S021972014420013“]，”URL“：”http://\/dx.doi.org\/10.1142\/S0219720014420013“，”relation“：{}，“ISSN”：[”0219-7200“，”1757-6334“]，“ISSN-type”：[{“value”：“0219-72000”，“type”:“print”}，{“value”：“1757-6334'，”type“：”electronic“}]，”主题“：[]，”发布“：{”日期部分“：[[2014,12]]}}}