{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{“日期-部分”:[2022,4,5]],“日期-时间”:“2022-04-05T16:02:28Z”,“时间戳”:1649174548037},“引用-计数”:18,“发布者”:“世界科学出版社私人有限公司”,“问题”:“04”,“内容-域”:{“域”:[],“交叉标记限制”:false},”short集装箱运输”:[“J。生物信息。计算。生物学“],“published-print”:{“date-parts”:[[2010,8]]},“abstract”:“非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNAs)在生物过程中具有重要的功能作用,已成为现代分子生物学的一个研究热点。然而,由于与蛋白质编码基因不同,ncRNA基因序列没有强大的统计信号,因此如何找到ncRNA受到了更多的关注。QRNA是一个功能强大的程序,目前已被广泛用作检测ncRNA基因的有效分析工具。不幸的是,O(L3<\/jats:sup>)计算要求和复杂的数据依赖性极大地限制了QRNA软件包的实用性,基因数据库中的数据爆炸。本文提出了一个细粒度并行QRNA原型系统FPQRNA,用于加速在FPGA芯片上的ncRNA基因检测应用。我们提出了一种具有多个PE(处理元素)的类似收缩的阵列体系结构。我们按列划分任务,并将任务分配给PE以实现负载平衡。我们利用数据重用方案来减少从外部内存加载矩阵的需要。实验结果表明,与运行在PC平台上的QRNA-2.0.3c软件相比,使用AMD Phenom 9650 Quad CPU与996个残差进行成对序列比对的加速比超过18\u00d7,但FPGA加速器的功耗仅为通用微处理器的30%左右<\/jats:p>“,”DOI“:”10.1142\/s0219720010004902“,”type“:”journal-article“,”created“:{”date-parts“:[[2010,5,5]],”date-time“:”2010-05-05T11:57:33Z“,”timestamp“:1273060653000},”page“:“743-761”,“source”:“Crossref”,“is-referenced-by-count”:1,“title”:[“FPQRNA:HARDWARE-Accepted QRNA PACKAGE FOR NONCODING RNA GENECTION ON”FPGA“],”前缀“:”10.1142“,”卷“:”08“,”作者“:[{“given”:“FEI”,“family”:“XIA”,“sequence”:“first”,“affiliation”:[{name“:”国防科技大学并行与分布式处理国家实验室,长沙410073“}]},{given“:”YONG“,”family“:”DOU“,”sequence“:”additional“,”affiliance“:[}“name”:“”国防科技大学并行与分布式处理国家实验室,长沙410073成员“:”219“,”published-online“:{”date-parts“:[[2011,11,21]]},”reference“:[{”key“:”rf1“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”doi“:”10.1007\/s11427-006-0201-8“},{”key“:“rf2”,“doi-assert-by”:“publisher”,“doi”:“10.1146\/annurev.biochem.74.082803.133136”},“ted-by“:”publisher“,”doi“:”10.1016\/j.jmb.2004.07.018“},{”key“:”rf4“,”首页“:”27“,”卷“:”2“,”作者“:”Mimouni N.“,”新闻标题“:”IBScientific journal of Science“},{“key”:“rf5”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“doi”:“10.1186\/1471-2105-2-8”},}“key”:”rf6“,”doi-assert-by“:”publisher“,“publisher”,“doi”:“10.1073\/pnas.0404193101”},{“key”:“rf8”,“doi-asserted-by“:”publisher“,”doi“:”10.1371\/journal.pcbi.1000338“},{“key”:“rf9”,“doi-assert-by”:“publisher”,“doi”:“10.1186\/1471-2105-7-173”},“key“:”rf10“,”doi-assered-by“:”publisher“,”doi“:“10.1002\/cpe.952”},{“key”:“rf12”,“首页”:“240”,“卷”:“23”,“作者”:“Jane C.H.“,”journal-title“:”ACM SIGCSE Bulletin“},{“key”:“rf15”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“doi”:“10.1093\/nar\/9.1.133”},“key“:”rf17“,”doi-assert-by“:”publisher“,04-909“},{”key“:”rf19“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”doi“:”10.1016\/j.thbio.2005.01.002“},{“key”:“rf20”,“doi断言者”:“publisher”,“doi”:“10.1093\/nar\/25.17.3389”},{“key”:“rf23”,“doi断言者”:“publisher”,“doi”:“10.1371\/journal.pcbi.0020033”}],“容器标题”:[《生物信息学与计算生物学杂志》],“原标题”:[],“语言”:“en”,“链接”:[{“URL”:“https:\/\/www.worldscience.com\/doi\/pdf\/10.1142\/S021972010004902“,”content-type“:”unspecified“,”content-version“:”vor“,”intended-application“:”similarity-checking“}],”deposed“:{”date-parts“:[[2019,8,7]],”date-time“:“2019-08-07T02:40:24Z”,”timestamp“:1565145624000},”score“:1,”resource“:{”primary“:”https:\/\/www.worldscience.com\/doi\/abs\/10.1142\/S0219720100004902“}},”副标题“:[],”短标题“:[],”已发布“:{”日期部分“:[[2010,8]]},“参考计数”:18,”日志发布“:”发布“:},“alternative-id”:[“10.1142\/S021972010004902”],“URL”:“http:\/\/dx.doi.org\/10.1142\/s0219720010004902“,”关系“:{},”ISSN“:[”0219-7200“,”1757-6334“],”ISSN-type“:[{”value“:”0219.7200“,“type”:“print”},{”value“:”1757-6234“,”type“:”electronic“}],”subject“:【】,”published“:{”date-parts“:【2010,8】】}}}}