{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{-“日期-部件”：[[2024,9,15]]，“日期-时间”：“2024-09-15T21:08:00Z”，“时间戳”：1726434480014}，“参考-计数”：22，“出版商”：“牛津大学出版社（OUP）”，“许可证”：[{“开始”：{“日期-零件”：[2019,10,30]]，”日期-时间“：”2019-10-30 T00:00:00Z“，”时间戳“：1572393600000}，“content-version”：“vor”，“delay-in-days”：0，“URL”：“http://\/creativecommons.org\/licenses\/by\/4.0\/”}]，“出资人”：[{“DOI”：“10.13039\/100013060”，“名称”：“欧洲分子生物学实验室”，“DOI-asserted-by”：“publisher”，“id”：[}“id”:“10.13029\/100013050”，“id-type”：“DOI“，”asserted-dby“publisher”}]}，{“DOI”：“10.13039\/100010269”，“name”：“威康信托”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“award”：[“108437\/Z\/15\/Z”，“208391\/Z\/127\/Z“]，“id”：[{“id”:“10.13039\/100010269”，“id type”：“doi”，“asserted-by”：”publisher 12“]，”id“：[{”id“:”10.13039\/1000000001“，”id-type“：”doi“，”asserted-by“：“publisher”}]}，{“DOI”：“10.13039\/501100000268”，“name”：“BBSRC”，“DOI-asserted-by”：“publicher”，“adward”：[“BB\/P027849\/1”]，“id”：[{“id”:“10.13029\/50110000268”，“id-type”：“DOI惯性时间“：[]，”抽象“：”摘要<\/jats:title>\nExpression Atlas是EMBL-EBI\u2019的基因和蛋白质表达资源。它收集并汇编了各种生物系统和环境中RNA和蛋白质丰度和定位的数据，并为研究界提供了公开访问这些数据的途径。随着公共档案中单细胞RNA-Seq数据集可用性的增加，我们现在已经用新的增值服务扩展了Expression Atlas，以显示单细胞中的基因表达。单细胞表达图谱于2018年发布，目前包括12个物种的123个单细胞RNA-Seq研究。该网站可以通过物种内或物种间的基因进行搜索，以揭示该基因在何处表达或在何种条件下成为标记基因的实验、组织和细胞类型。在每项研究中，可以使用预先计算的t-SNE图对细胞进行可视化，并可以根据不同的特征或基于基因表达的细胞簇对细胞进行着色。在每个实验中，都有指向可下载文件的链接，如RNA量化矩阵、聚类结果、协议报告和相关元数据（如指定的细胞类型）<\/jats:p>“，”DOI“：”10.1093\/nar\/gkz947“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[[2019,10,16]]，”date-time“：”2019-10-16T22:19:30Z“，”timestamp“：1571264370000}，”source“：艾琳“，”家人“：”Papatheodorou“，”sequence“：”first“，”affiliation“：[{”name“：”European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformatics Institute，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{”ORCID“：”http://\/ORCID.org\/00000-0002-9856-1679“，”authenticated-ORCID“：”false“，”given“：“Pablo”，“family”：“Moreno”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{“given”：“Jonathan”，“family”：“Manning”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformatics Institute，EMBL/EBI，欣克斯顿，UK”}]}，“givent”：“Alfonso Mu\u00f1oz-Pomer”，“家族”：“Fuentes”，“sequence“：”additional“，”affiliation“：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK”}]}，{“given”：“Nancy”，“family”：“George”，“sequence”：“additional”，“affiliation:[{”name“：”欧洲分子生物学实验所，欧洲生物信号学研究所family“：”Fexova“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformatics Institute，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{”ORCID“：”http://\/ORCID.org\/00000-0003-4832-578X“，”authenticated-ORCID“：false，”given“：欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，欧洲分子生物学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{“ORCID”：“http://\/ORCID.org\/0000-0002-8674-0039”，“authenticated-ORCID”：false，“给定”：“Anja”，“家族”：“F\u00fcllgrabe”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{“给定”：“Matthew”，“family”：“Green”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{“给定”：“Ni”，“family”：“Huang”，“sequence”：“additional”，“affiliation“：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK”}，{“name”：“Wellcome Sanger Institute，Wellcome-Genome Campus，Hinxston CB10 1SA”}]}，}“given”：“Laura”，“family”：“Huerta”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{“给定”：“Haider”，“family”：“Iqbal”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“欧洲分子生物实验室，欧洲生命信息学研究院，EMBL/EBI，英国Hinxton”}]},{“已知”：“Monica”，“家族”：“Jianu”，“序列”：“附加”，“affiliation“：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK”}]}，{“given”：“Suhaib”，“family”：“Mohammed”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：[{'name“：”欧洲分子生物学实验所，EMPL-EBIsequence“：”additional“，”affiliation“：[{“name”：“欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所，EMBL-EBI，Hinxton，UK”}]}，{“given”：“Andrew F”，“family”：“Jarnuczak”，“sequence”：“additional”，“affiliation:[{”name“：”欧洲分子生物学实验所，欧洲生物信号研究所，英国Hinxton”}]{，“ORCID”：http:\/\/orcid.org\/00000-0002-0643-3144“，“authenticated-orcid”：false，“given”：“Simon”，“family”：“Jupp”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformation Institute，EMBL-EBI，Hinxton，UK”}]}，{“orcid”：family“：”Marioni“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformatics Institute，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}，{”name“：”Wellcome Sanger Institution，Wellcome-Genome Campus，Hinxston CB10 1SA，UK”}“，{“name”：“Cancer Research UK Cambridge Institutes，University of Cambridget，CambriKerstin“，”family“：”Meyer“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”Wellcome Sanger Institute，Wellcome-Genome Campus，Hinxton CB10 1SA，UK“}]}，{”given“：”Robert“，”家人“：”Petryszak“，”sequence“，”additional:“affiliance“：[[{“name”：“European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bionics Institutes，EMBL-EBI，Hinxston，UK”}]}，{“givenCesar Augusto“，”family“：”Prada\u00a0Medina“，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformatics Institute，EMBL-EBI，Hinxton，UK”}]}，{“given”：“Carlos”，“family”：“Talavera-L\u00f3pez”，“segment”：“附加”，“从属关系”：[[{”name“：”Wellcome Sanger研究所，Wellcome Genome Campus，Hinxton CB10 1SA，UK“}]}，{“给定”：“Sarah”，“family”：“Teichmann”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“Wellcome Sanger研究所，Wellcome Genome Campus，Hinxton CB10 1SA，UK”}]}，{“ORCID”：“http:\/\/ORCID.org/0000-0002-3905-4335”，“authenticated ORCID”：false，“给定”：“Juan Antonio”，“family”：“Vizcaino“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”European Molecular Biology Laboratory，Europeans Bioinformatics Institute，EMBL-EBI，Hinxton，UK“}]}，{”given“：”Alvis“，“family”：“Brazma”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：[[{“name”：“European Moleculan Biology Biology实验室，Europeen Bionics Institutional，EMBL/EBI成员“：”286“，”published-online“：{”date-parts“：[[2019,10,30]]}，”reference“：[{”key“：”2019103013443949500_B1“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“D690”，“doi”：“10.1093\/nar\/gkp936”，“article-title”：“欧洲生物信息学研究所基因表达图谱”，“volume”：“38”，“author”：“Kapushesky”，“year”：“2010”，“新闻标题”：“核酸研究“}，{”key“：”2019103013443949500_B2“，”doi-asserted-by“：”crossref“，“首页”：“D711”，“doi”：“10.1093\/nar\/gky964”，“article-title”：“ArrayExpress update\u2014 from bulk to single cell expression data”，“volume”：“47”，“author”：“Athar”，”year“：“2019”，“journal-title“：”核酸研究“{”3443949500_B3“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”D991“，”DOI“：”10.1093\/nar\/gks1193“，”article-title“：”NCBI GEO:功能基因组数据集存档\u2013update“，“volume”：“41”，“author”：“Barrett”，“year”：“2013”，“journal-title”：“Nucleic Acids Res.”}，{“key”：”2019103013443949500_B4“，”DOI-asserted-by“：”crossref.“，”首页“：“D32”，“DOI“：”10.1093\/nar\/gkw1106“，”article-title“：”2016年欧洲核苷酸档案“，”volume“：”45“，”author“：”Toribio“，”year“：”2017“，”journal-title”：“核酸研究”}，{“key”：“2019103013443949500_B5”，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：Gramene 2018:统一植物研究的比较基因组学和途径资源”，“卷”：“46”，“作者”：“Tello Ruiz”，“年份”：“2017”，“期刊标题”：“核酸研究”}，{“关键”：“2019103013443949500_B6”，“doi断言”：“crossref”，“首页”：“D442”，“doi”：“10.1093\/nar\/gky1106”，“文章标题”：“2019年PRIDE数据库及相关工具和资源：改进对量化数据的支持”，“卷”：“47”，“作者”：“Perez-Riverol”，“年份”：“2019年”，“日志标题”：“核酸研究”}，{“键”：“201 9103013443949500_B7”，“doi-asserted-by”：“crossref”，”首页“D1056”，“doi”：“10.1093\/nar\/gky1133”，“article-title”：“Open Targets Platform：两年新发展和更新，“，”volume“：”47“，”author“：”Carvalho-Silva“，”year“：”2019“，”journal-title“：”Nucleic Acids Res.“}，”{“key”：“2019103013443949500_B8”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“first-page”：“D649”，“doi”：“10.1093\/nar\/gkx1132”，”article-title：“The reactome pathway knowledgebase”，“volume”：”46“，”author“：”Fabrega，“年份”：“2018年”，“期刊标题”：“核酸研究”}，{“关键词”：“2019103013443949500_B9”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“D246”，“doi”：“10.1093\/nar\/gkx1158”，《文章标题》：“表达图谱：跨多个研究和生物体的基因和蛋白质表达”，“卷”：“46”，《作者》：“Papatheodorou”，”年份“2018”，“杂志标题”：核酸研究“}，{”key“：”2019103013443949500_B10“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“1096”，”doi“：”10.1038\/nmeth.2639“，”article-title“：”Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profileing in single cells“，”volume“：10”，“author”：“Picelli”，“year”：“2013”，“journal-title”：“Nat.Methods”}，”{“key”：“201910313443949500 _B11“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”316“，“doi”：“10.1038\/nbt.3820”，“article-title”：“Nextflow支持可复制的计算工作流”，“volume”：“35”，“author”：“Di\u00a0Tommaso”，“year”：“2017”，“journal-title“：”Nat.Biotechsol。“}，{”key“：”2019103013443949500_B12“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first-pages“：”525“，”doi“：”10.1038\/nbt.3519“，”article-title“：”Near optimal probability RNA-seq quantification“，“volume”：“34”，“author”：“Bray”，“year”：“2016”，“journal-title”：“Nat.Biotechtol.”}，“key”：”2011910313443949500-B13“，”doi-asserted-by““：”crossref“，”first page“：”14049“，”doi“：”10.1038\/ncomms14049“，”article-title“：”单个细胞大规模并行数字转录图谱“，”volume“：”8“，”author“：”Zheng“，”year“：”2017“，”journal-title”：“Nat.Commun。“}，{”key“：”2019103013443949500_B14“，”first-page“：”1187“，”article-title“：”使用毫微升液滴对单个细胞进行高度并行的全基因组表达谱分析“，”volume“：“161”，“author”：“Macosco”，“year”：“2015”，“journal-title”：“Cell”}，”{“key”：“2019103011443949500_B15”，“doi-asserted-by”：“crossref”，”first page“65”，“doi”：“”10.1186\/s13059-019-1670-y“，”article-title“：”Alevin有效地从dscRNA-seq数据估计准确的基因丰度“，”volume“：”20“，”author“：”Srivastava“，”year“：”2019“，”journal-title”：“Genome Biol。“}，{”key“：”2019103013443949500_B16“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“63”，”doi“：”10.1186\/s13059-019-1662-y“，”article-title“：”EmptyDrops:“区分细胞与基于滴管的单细胞RNA测序数据中的空液滴”，“volume”：“20”，“author”：“Lun”，“year”：“2019”，“journal-title”：“Genome Biol.”_B17“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”15“，”doi“：”10.1186\/s13059-017-1382-0“，”article-title“：”SCANPY：大规模单细胞基因表达数据分析“，”volume“：“19”，“author”：“Wolf”，“year”：“2018”，“journal-title”：“Genome Biol”。“}，{”key“：”2019103013443949500_B18“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”首页“：”475“，”doi“：”10.1038\/s41592-018-0046-7“，”article-title“：”Bioconda:生命科学可持续综合软件分发“，”volume“：“15”，”author“：”Gruning“，”year“：”2018“，”journal-title”：“Nat.Methods”}，”{“key”：“201910313443949500-B19”，“doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”W537“，”doi“：”10.1093\/nar\/gky379“，”article-title“：”可访问、可复制和协作生物医学分析的Galaxy平台：“2018更新”，“卷”：“46”，“作者”：“Afgan”，“年份”：“2018”，“期刊标题”：“核酸研究”}，{“key”：“2019103013443949500_B20”，“doi-assert-by”：“Crosref”，”首页“：”1112“，”DOI“：”10.1093\/生物信息学\/btq099“，”article-title“：”用实验因子本体建模样本变量“，”volume“：”26“，”author“：”Malone“，”year“：”2010“，”journal-title”：“生物信息学”}，{“key”：“2019103013443949500_B21”，“DOI-asserted-by”：“crossref”，“first-page”：“648”，“DOI”：“10.1126\/science.1262110”，“article-title“：“人类基因组学。基因型-问题表达（GTEx）初步分析：人类多问题基因调控”，“卷”：“348”，“作者”：“GTEx联盟”，“年份”：“2015年”，“期刊标题”：“科学”}，{“关键”：“2019103013443949500_B22”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“789”，“doi”：“10.1111\/tpj.13415”，“文章标题”：Araport11:拟南芥参考基因组的完整重记”，“卷”：“89”，“作者”：“成”，“年份”：“2017”，“日志标题”：“植物J.”}]，“容器标题”：[“核酸研究”]，“原始标题”：[]，“语言”：“en”，“链接”：[{“URL”：“http://\/actical.oup.com/nar\/advance-article-pdf \/doi \/10.1093 \/nar \/gkz947 \/3030088 \/gkz 947.pdf“，“内容类型”：“应用程序\/pdf”，“内容版本”：“vor”，“intended-application”：“syndication”}，{“URL”：“http://\/articial.oup.com\/nar \\advance-aarticle-pfdf \/doi\/10.1093\/nar \/30330088 \/gkz947.pdf“，”内容类型“：”未指定“，”content-version“：”vor“，”intended-application“：”similarity-checking“}]，”deposed“：{”date-parts“：[[2019,10,30]]，”date-time“：”2019-10-30T19:20:06Z“，”timestamp“：1572463206000}，”score“：1，”resource“：{primary”：{“URL”：“https:\/\/academicial.oup.com/nar\/advance-article\/doi\/101093\/nar\/gkz947\/5609521”}}，“副标题”：[]，“短标题”：[]，“已发布”：{date-parts“：[[2019,10,30]]}，”references-count“：22，”URL“：”http://\/dx.doi.org\/10.1093\/nar\/gkz947“，”relation“：{}，“ISSN”：[“0305-1048”，“1362-4962”]，“ISSN-type”：[{“type”:“print”，“value”：“0305-048”}，{“类型”：“electronic”，“值”：“1362-9962”}]，“主题”：[]，“发布：{“日期部分”：[[2019,10,30]}}