{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{-“日期-部件”：[[2024,6,3]]，“日期-时间”：“2024-06-03T20:01:02Z”，“时间戳”：1717444862600}，“参考-计数”：8，“出版商”：“牛津大学出版社（OUP）”，“问题”：“4”，“许可证”：[{“开始”：{/“日期-零件”：[2016,11,22]]，”日期-时间“：”2016-11-22T00:00:00Z“，”时间戳“：1479772800000}，“content-version”：“vor”，“delay-in-days”：0，“URL”：“https://ademicial.oup.com/journals\/pages\/about_us\/legal\/notices”}]，“出资人”：[{“DOI”：“10.13039\/501100001742”，“名称”：“美国国家科学基金会”，“DOI-asserted-by”：“publisher”，“奖项”：[“IOS\u2013 1339156”，“IOS\ u2013 1444490”]}]，”content域“：{”域“：[]，“crossmark-restriction”：false}，“short-container-title”：[]，“published-print”：{“date-parts”：[[2017,2,15]]}，”抽象“：”摘要<\/jats:title>\n\n个摘要<\/jats:title>\n多倍体事件发生后，基因组通过一种称为分馏的过程，基因含量发生了大规模减少。重要的是，分离过程并不总是随机的，在某些物种中可以观察到同源染色体保留或丢失更多基因的偏差。表征整个基因组分馏的过程需要识别基因组中的同步区域，然后对这些同步数据集进行后处理，以识别和绘制基因保留模式。我们开发了一种工具FractBias，用于计算和可视化整个基因组的基因保留和分馏模式。通过与SynMap及其父平台CoGe集成，组装好的基因组被预先加载并可用于分析，同时允许研究人员将自己的数据与安全选项集成，以保密或公开<\/jats:p>\n<\/jats:sec>\n\n个可用性和实施<\/jats:title>\nFractBias可以在https:\/\/genomevolution.org\/CoGe\/SynMap.pl上作为web应用程序免费提供。该软件是开源的（MIT许可证），可通过Python 2.7或iPython笔记本电脑执行，并可在GitHub（https:\//goo.gl\/PaAtqy）上获得。FractBias的文档可在CoGepedia（https:\/\/goo.gl\/ou9dt6）上找到\n个补充信息<\/jats:title>\n补充数据可在生物信息学网站上获得<\/jats:p>\n“，”DOI“：”10.1093\/生物信息学“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[[2016,10,24]]，”date-time“：”2016-10-24T19:05:28Z“，”timestamp“：1477335928000}“，”page“：“552-554”，“source”：“Crossref”，“is-referenced-by-count”：18，“title”：[“FractBias：评估多倍体后分馏偏差的图形工具“]，”前缀“：”10.1093“，”卷“：”33“，”作者“：[{”给定“：”布莱克L“，”家族“：”乔伊斯“，”序列“：”第一“，”从属“：[}”名称“：”美国亚利桑那大学植物科学学院生物五研究所“}]}，{给定“：additional“，”affiliation“：[{“name”：“Genetis GIDP，University of Arizona，Tucson，AZ，USA”}]}，{“given”：“Sean”，“family”：“Davey”，“sequence”：“additional”，“affiliation:[{”name“：”BIO5 Institute，School of Plant Sciences，Universition of Arizon，Tucsona，USA“}]}，{”given“：”Matthew“，”family“：”Bomhoff“，”sequence“：”additional美国亚利桑那州图森市亚利桑纳大学植物科学学院BIO5研究所“}]}，{“given”：“James C”，“family”：“Schnable”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“Department of Agronomy and Horticulture，University of Nebraska-Lincoln，Lincoln，NE，USA”}，}“giving”：“Eric”，“家族”：“Lyons”，“序列”：“附加”，“从属关系”：[[{”name“：”美国亚利桑那大学植物科学学院BIO5研究所“}，{”name“：”Genetis GIDP，University of Arizona，Tucson，AZ，USA“}]}]，”member“：”286“，”published-online“：{”date-parts“：[[2016,11,22]]}，”reference“：[{”key“：”2023020204431157700_btw666-B1“，”first page“：“131”，”article-title“：”分馏突变和去除植物中不必要或表达较少DNA的机制的类似后果”，“卷”：“15”，“作者”：“Freeling”，“年份”：“2012年”，“期刊标题”：“基因组研究分子遗传学”}，{“关键”：“2023020204431157700_btw666-B2”，“doi-asserted-by”：“crossref”，《首页》：“935”，“doi”：“10.1093\/遗传学\/166.2.935”article-title“：“基因组复制、分馏和监管新颖性的起源”，“卷”：“166”，“作者”：“Langham”，“年份”：“2004”，“期刊标题”：“遗传学”}，{“关键”：“2023020204431157700_btw666-B3”，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”181“，“doi”：“10.1007 \/s12042-008-9017-y”，“article-title”：“非模型基因组的价值，以及一个使用CoGe中的SynMap来剖析早于rosids的六倍体的例子，“卷”：“1”，“作者”：“Lyons”，“年”：“2008”，“期刊标题”：“Trop。植物生物学“}，{”key“：”2023020204431157700_btw666-B4“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“4069”，”doi“：”10.1073\/pnas.1101368108“，”article-title“：”通过基因组优势和古老和正在进行的基因丢失区分玉米亚基因组“，”volume“：108”，“author”：“Schnable”，“year”：“2011”，“journal-title”：“Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.“}”，{“key”：“2023020204431157700_btw666-B5”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“151”，”doi“：“10.1038\/51515a”，“article-title”：“交互式笔记本：共享代码”，“volume”：”515“，“author”：“Shen”，“year”：“2014”，“journal-title“：”Nature“}”文章标题“：“通过整数编程筛选成对基因组比较中的合成酶块”，“volume”：“1212”，“author”：“Tang”，“year”：“2011”，“journal-title”：“BMC生物信息学”}，{“key”：”2023020204431157700_btw666-B7“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”1563“，”doi“10.1534”遗传学.11.137349“，”article-title“：“芸苔属rapa分馏和外显子缺失的改变模式支持古六倍体的两步模型”，“卷”：“190”，“作者”：“唐”，“年份”：“2012”，“期刊标题”：“遗传学”}，{“关键”：“2023020204431157700_btw666-B8”，“doi-asserted-by”：“crossref”，《首页》：“934”，“doi”：“10.1101\/gr.4708406”，“article-title”：“根据拟南芥祖先的四倍体，基因优先从一个同源同源基因中删除，留下富含剂量敏感基因的簇”，“数量”：“16”，“作者”：“托马斯”，“年份”：“2006”，“日志标题”：“基因组研究”}]，“容器标题”：[“生物信息学”]，“原始标题”：[]，“语言”：“en”，“链接”：[{“URL”：“https:\/\/学术.oup.com/bioninformatics\/article-pdf\/33\/4\/552\/49037940\/bioinformatics_33_4_552.pdf”，“内容类型”：“应用程序\/pdf”，“content-version”：“vor”，“intended-application”：“syndication”}，{“URL”：“http:\/\/acticial.oup.com\/bioinformatics\-article-pdf\/33 \/4\-552\/4937940\/bioinformatics_33_4”52.pdf“，”content-type“：”未指定“，“content-version”：“vor”，“intended-application”：“similarity-checking”}]，“deposed”：{“date-parts”：[[2023,2,2]，“date-time”：“2023-02-02T04:48:10Z”，“timestamp”：1675313290000}，“score”：1，“resource”：{“primary”：“{“URL”：“https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article\/33\/4\/552\/2617574”}}，”副标题：[]，“editor”：[{“given”：“Alfonso”，“family”：“Valencia”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[]}]，“short title”：[]，“issued”：{“date-parts”：[[2016,11,22]]}，“ISSN”：[“1367-4803”，“1367-4811”]，“ISSN-type”：[{“value”：“1367-4.803”，“type”：“print”}，{“value”：”1367-4811“，”type“：”electronic“}]，“subject”：[]，“published-other”：{“date-parts”：[[2017,2,15]]}，“publisher”：}“dateparts”：[2016,11,22]]}}}