{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{-“日期-部件”:[[2024,8,3]],“日期-时间”:“2024-08-03T20:57:33Z”,“时间戳”:1722718653499},“参考-计数”:10,“出版商”:“牛津大学出版社(OUP)”,“问题”:“17”,“许可证”:[{“开始”:{:“日期-零件”:[2016,10,2]],“时间“:”2016-10-02T00:00:00Z“,”时间戳“:1475366400000},“content-version”:“vor”,“delay-in-days”:527,“URL”:“http://\/creativecommons.org\/licenses\/by\/4.0\/”}],“content-domain”:{“domain”:[],“crossmark-restriction”:false},”short-container-title“:[],”published-print“:{”date-parts“:[2015,9,1]]}”,“abstract”:“”摘要<\/jats:title>\n概要:ms-data-core-api是一个免费的开源库,用于开发计算蛋白质组学工具和管道。应用程序编程接口是用Java编写的,通过提供健壮的、可插入的编程接口和通用数据模型,可以快速创建工具。该数据模型以受控词汇本体论为基础,捕获了常见蛋白质组学实验工作流中包含的所有数据类型,从光谱到肽/蛋白质鉴定,再到定量结果。该库包含三种最常用的蛋白质组学标准倡议标准文件格式的读者:mzML、mzIdentML和mzTab。除了mzML之外,它还支持其他常见的质谱数据格式:dta、ms2、mgf、pkl、apl(基于文本)、mzXML和mzData(基于XML)。此外,它还可以用于读取PRIDE XML,PRIDE数据库使用的原始格式,该数据库是世界领先的蛋白质组学资源之一。最后,我们给出了一组算法和工具,其实现说明了使用库开发应用程序的简单性<\/jats:p>\n可用性和实现:该软件可在https:\/\/github.com//PRIDE-Utilities\/ms-data-core-api上免费获得<\/jats:p>\n补充信息:\u00a0生物信息学在线提供补充数据联系人:\u00a0juan@ebi.ac.uk“,”DOI“:”10.1093\/生物信息学“,”type“:”journal-article“,”created“:{”date-parts“:[[2015,4,25]],”date-time“:”2015-04-25T01:42Z“,”timestamp“:1429926702000},”page“:“2903-2905”,“source”:“Crossref”,“is-referenced-by-count”:28,“title”:[“ms-data-core-api:一个面向元数据的开放源计算蛋白质库麦克风“]”前缀“:”10.1093“,“卷”:“31”,“作者”:[{“given”:“Yasset”,“family”:“Perez-Riverol”,“sequence”:“first”,“affiliation”:[}“name”:“1欧洲分子生物学实验室,欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI),Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,UK,”}]},{“given”:“Julian”,“家族”:“Uszkoreit”,“序列”:“additional”,“附属机构”:[{“name”:“2鲁尔大学波鸿分校,Medizinisches Proteom Zenter,医学生物信息学,ZKF,E.142,德国波鸿大学D-44801和”}]},{“given”:“Aniel”,“family”:“Sanchez”,“sequence”:“additional”,“附属机构”:[{“name”:“3古巴哈瓦那市遗传工程和生物技术中心蛋白质组学系“}]},{“given”:“Tobias”,“family”:“Ternter”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1欧洲分子生物学实验室,欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI),Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,”}]},{given“:”Noemi“,”family“:”del Toro“,”sequence“:”additional“,”affiliation“:[{”name“:”1欧洲分子生物学实验室,欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI),Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,UK,“}]},{”given:“Henning”,“family”:“Hermjakob”,“sequence”:“additional”,“affiliance”:1欧洲分子生物学实验室,欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI),Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,UK,“}]},{“given”:“Juan Antonio”,“family”:“Vizca\u00edno”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1 European Molecular Biology Laboratory,Europeans Bionics Institute(EMBL/EBI),Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,UK,“}]},{“given”:“Rui”,“family”:“Wang”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1 European Molecular Biology Laboratory,Europeans Bioinformation Institute(EMBL-EBI),Wellcom Trust Genume Campums,Hinxston,Cambridge,哥伦比亚广播公司10 1SDdate-parts“:[[2015,4,24]]},”reference“:[{”key“:”2023020202222110400_btv250-B1“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:“2765”,”doi“:”10.1074\/mcp.O113.036681“,“article-title”:“mzTab数据交换格式:将基于质谱的蛋白质组学和代谢组学实验结果传达给更广泛的受众”,“volume”:“13”,“author”:“Griss”,“年份:“2014”,“期刊标题”:“分子和细胞蛋白质组学:MCP”},{“key”:“2023020202222110400_btv250-B2”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“M111 014381”,“doi”:“10.1074”\/MCP.M111.014381“,“article-title”:“基于质谱的蛋白质组学结果的mzIdentML数据标准”,“卷”:“11”,“作者”:“琼斯”,“年份”:“2012”,“期刊标题“:“分子与细胞蛋白质组学:MCP”},{“关键”:“2023020202222110400_btv250-B3”,“doi断言”:“crossref”,“首页”:“R110 000133”,“doi”:“10.1074\/MCP.R1100001013”,“文章标题”:“mzML\u2014a质谱数据的社区标准”,“卷”:“10”,“作者”:“Martens”,“年份”:“2011”,“期刊标题”:“Mol.Cell.proteomics MCP”},{“key”:“2023020202222110400_btv250-B4”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:”930“,“doi”:“10.1002\/pmic.20140302”,《article-title》:“Making proteomics data accessible and reusible:current state of proteomic databases and repositories”,“volume”:“15”,“author”:“Perez-Riverol”,”“year”:“2015”,“journal-title”:“Protomics”},{”key“:“2023020202222110400_btv250-B5”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“2269”,“doi”:“10.1016\/j.jprot.2012.01.029”,“article-title”:“使用肽描述符和支持向量机进行等电点优化”,“volume”:”75“,“author”:“Perez-Riverol”,”year“:”2012“,”journal-title“:”j.Proteomics“},{”key“20230202222110400_btv250-B6”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“3515”,“doi”:“10.1021\/ac303239g”,“article-title”:“HI-bone:基于前体质量和高强度片段离子识别苯异硫氰酸酯衍生肽的评分系统”,“volume”:”85“,“author”:“Perez-Riverol”,”2013“,”journal-title“:”Anal.Chem.“},{”key“:“202302020222210400_btv250-B7”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“63”,“doi”:“10.1016\/j.bbapap.2013.02.032”,“article-title”:“基于质谱的蛋白质组学的开源库和框架:开发人员的视角”,“volume”:《1844》,“author”:“Perez-Riverol”,《year》:“2014”,“journal title”:《Biochimica et Biophysica Acta》},{“key”:“202302020222210400_btv250-B8”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“D1063”,“doi”:“10.1093\/nar\/gks1262”,“article-title”:“蛋白质组学标识(PRIDE)数据库和相关工具:2013年状态”,“volume”:”41“,”author“:”Vizcaino“,”year“:”2013“,”journal-title“:”Nucleic Acids Res.“},{”key“2023020222222110400 _btv250-B9“,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“223”,“doi”:“10.1038\/nbt.2839”,“article-title”:“ProteomeXchange提供全球协调的蛋白质组学数据提交和传播”,“volume”:”32“,“author”:“Vizcaino”,”year“:”2014“,”journal-title“:”Nat.Biotechtol.“},{“key”::“135”,“DOI”:“10.1038\/nbt.2112”,“article-title”:“PRIDE Inspector:可视化和验证MS蛋白质组学数据的工具”,“volume”:“30”,“author”:“Wang”,“year”:“2012”,“journal-title“:”Nature Biotechtol.“}],“container-title:“https:\/\/cademicial.oup.com/bioninformatics\/article-pdf\/31\/17\/2903\/49035881\/bioinformatics_31_17_2903.pdf”,“content-type”:“application\/pdf”,“content-version”:“vor”,“intended-application”:“syndication”},{“URL”:“http:\//ademiciate.oup.com\/bioinformatics\-article-pdf\/31\/17\/2903\/4935881\/bionformatics _31_17”_2903.pdf“,”内容类型“:“unspecified”,“content-version”:“vor”,“intended-application”:“similarity-checking”}],“deposed”:{“date-parts”:[[2023,2,2],“date-time”:“2023-02-02T03:46:37Z”,“timestamp”:1675309597000},“score”:1,“resource”:{“primary”:“URL”:“https:\//ademicial.oup.com/bioinformatics\/article\/31\/17\/2903\/183125”}},[],“短标题”:[],”已发布“:{“date-parts”:[[2015,4,24]]},“references-count”:10,“journal-issue”:{问题:“17”,“published-print”:{“date-parts”:[2015,9,1]]}},”URL“:”http://\/dx.doi.org\/10.1093\/生物信息学\/btv250“,”关系“:{},‘ISSN’:[“1367-4811”,“1367-4803”],“ISSN-type”:[{“value”:“1367”7-4811“,”类型“:”电子“},{”值“:”1367-4803“,”型号“:”打印“}],”主题“:[],“已发布的其他”:{“日期部分”:[[2015,9,1]]},“已发布”:{“日期部分”:[[2015,4,24]]]}}