{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{“日期-部分”:[[2024,9,12],“日期-时间”:“2024-09-12T11:54:32Z”,“时间戳”:1726142072846},“引用-计数”:11,“出版商”:“牛津大学出版社(OUP)”,“问题”:“15”,“内容-域”:{-“域”:[],“交叉标记限制”:false},”short-contain惰性物质“:[],“published-print”:{“日期部分”:[[2015,8,1]]},“摘要”:“摘要<\/jats:title>\n动机:bio-samtools是samtools的Ruby语言接口,SAMtool是一个非常流行的库,它提供了一些实用程序,用于以sequence Alignment\/Map格式操作高通量序列比对。Ruby的进步,现在允许我们改进分析功能并增加bio-samtools实用程序,允许用户使用极少量的代码完成大量分析。bio-samtools也可以很容易地开发,以包括其他samtools方法,从而与最新的SAMtool版本保持同步<\/jats:p>\n结果:我们为SAMtools发出的MPileup和Variant Call Format(VCF)数据格式添加了新的Ruby类,并为变量分析引入了更多的分析方法,包括替代等位基因计算和SNP的等位基因频率调用。我们对bio-samtools的新实现还确保了samtools库的所有功能现在都得到支持,并且bio-samtools可以很容易地扩展,以包括samtools中未来的更改。bio-samtools2还提供了允许用户直接生成对齐数据可视化的方法<\/jats:p>\n可用性和实现:bio-samtools可以作为BioGem从http://www.biogems.info获得,也可以作为源代码从https:\/\/github.com/helios\/bioruby-samtools获得,这是麻省理工学院的许可证<\/jats:p>\n联系人:\u00a0dan.maclean@tsl.ac.uk“,”DOI“:”10.1093\/生物信息学“,”type“:”journal-article“,”created“:{”date-parts“:[[2015,3,30]],”date-time“:”2015-03-30T00:12:02Z“,”timestamp“:1427674322000},”page“:“2565-2567”,“source”:“Crossref”,“is-referenced-by-count”:73,“title”:[“bio-samtools 2:Ruby“]中使用samtools分析和可视化序列和比对数据的包,前缀:“10.1093”,卷:“31”,作者:[{“given”:“Graham J.”,“family”:“Etherington”,“sequence”:“first”,“affiliation”:[{“name”:“1The Sainsbury Laboratory and”}]},{“given”:“Ricardo H”,“家族”:“Ramirez-Gonzalez”,“序列”:“additional“,”affiliation“:[{“name”:“2 The Genome Analysis Centre,Norwich Research Park,Norwitch NR4 7UH,UK”}]},{“given”:“Dan”,“family”:“MacLean”,“sequence”:“additional”,“affiliation:[{”name“:”1 The Sainsbury Laboratory and“}]}],“member”:“286”,“published online”:{“date-parts”:[2015,3,29]]}_btv178-B1“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”1035“,”doi“:”10.1093\/生物信息学\/bts080“,”article-title“:”Biogem:一种有效的基于工具的方法,用于扩大生物信息学中的开放源码软件开发”,“volume”:“28”,“author”:“Bonnal”,“year”:“2012”,“journal-title”:“生物信息学”},{“key”:”2023051308484489300_btv178-B2“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”2156“,”doi“:”10.1093\/生物信息学\/btr330“,“article-title”:“The variant call format and vcftools”,“volume”:“27”,“author”:“Danecek”,“year”:“2011”,“journal-title“:”bioinformatics“}”,{“key”:”20230513084489300_btv178-B3“,”doi-assert-by“”:”crosdref“”,“首页”:“R25”,“doi”:“10.1186\/gb-2009-10-3-R25”,“article-title“:“短dna序列与人类基因组的超快速和记忆效率比对”,“卷”:“10”,“作者”:“Langmead”,“年份”:“2009年”,“期刊标题”:“基因组生物学”。“},{”key“:”2023051308484489300_btv178-B4“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first-page“:”589“,”doi“:”10.1093\/生物信息学\/btp698“,”article-title“:”使用burrows-wheeler变换快速准确长读对齐“,”volume“:“26”,“author”:“Li”,“year”:“2010”,“journal-title”:“生物信息学”},”{“key”:“20230513088989300_bbv178-B5”,“”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”2078“,”doi“:”10.1093\/生物信息学\/btp352“,”article-title“:”The sequence alignment\/map format and samtools“,”volume“:“25”,“author”:“Li”,“year”:“2009”,“journal-title”:“bioinformatics”},{“key”:“2023051308484489300_btv178-B6”,“doi-assert-by”:”cross-ref“,“first pages”:“713”,“doi”:“”10.1093\/生物信息学\/btn025“,”article-title“:“肥皂:短寡核苷酸比对程序”,“卷”:“24”,“作者”:“李”,“年份”:“2008”,“日志标题”:“生物信息学”},{“键”:“2023051308484489300_btv178-B7”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“1297”,”doi“10.1101\/gr.107524.110”,“article-title”:“基因组分析工具包:用于分析下一代dna测序数据的mapreduce框架”,“卷”:“20”,“作者”:“McKenna”,“年份”:“2010”,“日志标题”:“基因组研究”},{“键”:“2023051308484489300_btv178-B8”,“卷标”:“Rsamtools:二进制对齐(BAM),FASTA变量调用(BCF),和tabix文件导入”,“作家”:“Morgan”,“年”:“2013“},{”key“:”2023051308484489300_btv178-B9“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first-pages“:”6“,”doi“:”10.1186\/1751-0473-7-6“,”article-title“:”Bio-samtools:samtools的Ruby绑定,用于访问包含高通量序列比对的bam文件的库“,”volume“:“7”,“author”:“Ramirez-Gonzalez”,“year”:“2012”,“journal-title”:“”源代码生物。医学“}”,{“key”:“2023051308484489300_btv178-B10”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:”1611“,“doi”:“10.1101\/gr.361602”,“article-title”:“The bioperl toolkit:Perl modules for The life sciences”,“volume”::“12”,“author”:“Stajich”,“year”:“2002”,“journal-title“:”Genome Res.11“,”作者“:”维基百科“,”年份“:”2014“}],“container-title”:[“Bioninformatics”],“original-title“:[],“language”:“en”,“link”:[{“URL”:“https:\\/acticate.oup.com/bioninformations\/article-pdf\/31\/15\/2565\/50306698\/Bioinformatics_31_15_2565.pdf”,“content-type”:“application\/pdf”,“content-version”:“vor”,“intended-application”:“syndication”},{“URL”:“https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article-pdf\/31\/15\/2565\/50306698\/bioinformatics_31_15_2565.pdf”,“内容类型”:“未指定”,“content-version”:“vor”,“intended-application”:“相似性检查”}],“存放”:{“日期-部分”:[2023,5,13]],“日期-时间”:“2023-05-13T08:49:00Z”,“时间戳”:1683967740000},“分数”:1,“资源”:{“主要”:{“URL”:“https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article\/31\/15\/2565\/188503”}},“副标题”:[],“短标题”:[],“已发布”:{日期部分:[[2015,3,29]]},”参考计数“:11,”期刊发行“:{”发行“:“15”,”published-print“:}”日期部分“:[2015,8,1]]}}dx.doi.org \/10.1093 \/生物信息学\/btv178“,”关系“:{},”ISSN“:[”1367-4811“,“1367-4803”],“issn-type”:[{“value”:“1367-4811”,“type”(类型):“electronic”},{“value”(值