{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{-“日期-部件”:[[2024,6,25]],“日期-时间”:“2024-06-25T11:52:06Z”,“时间戳”:1719316326722],“参考-计数”:15,“出版商”:“牛津大学出版社(OUP)”,“发行”:“17”,“许可证”:[{“开始”:{-date-parts“:[2016,10,2]],“时间”:“2016-10-02T00:00:00Z”,“时间戳”:1475366400000},“content-version”:“vor”,“delay-in-days”:772,“URL”:“http://\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc\/3.0”}],“content-domain”:{“domain”:[],“crossmark-restriction”:false},”short-container-title“:[],”published-print“:{”date-parts“:[[2014,9,1]]}”,“abstract”:“”摘要<\/jats:title>\n动机:染色体的空间构象对基因调控和表达有着深刻的影响。Hi-C技术可以评估基因组上任意一对基因座之间的空间邻近性。它会生成一个数据矩阵,其中会出现对应于(自)交互区域的块。这些区块的划分对于更好地理解染色质的空间组织至关重要。从计算的角度来看,这导致了二维分割问题<\/jats:p>\n结果:我们专注于检测顺式相互作用区域,这在观测数据中似乎很突出。我们定义了一个块分割模型来检测这些区域。我们证明了关于块边界的最大似然可以用标准动态规划应用的一维分割问题来重新表述。通过对合成数据和重采样数据的仿真研究,评估了所提方法的性能。对公共数据的比较研究表明,与生物确认区域的一致性很好<\/jats:p>\n可用性和实现:HiCseg R包可从综合R档案网络和相应作者的网页上获得<\/jats:p>\n联系人:\u00a0celine.levy-leduc@agroparistech.fr“,”DOI“:”10.1093“,”生物信息学“,”type“:”journal-article“,”created“:{”date-parts“:[[2014,8,26]],”date-time“:”2014-08-26T11:23:57Z“,”timestamp“:1409052237000},”page“:“i386-i392”,“source”:“Crossref”,“is-referenced-by-count”:131,“title”:[“用于分析Hi-C数据的二维分段”],“前缀”:“10.1093“,”卷“:”30“,”author“:[{”given“:”Celine“,”family“:”L\u00e9vy-Leduct“,”sequence“:”first“,”affiliation“:[}”name“:”1AgroParisTech\/INRA MIA 518,75005 Paris and 2UMR de G\u00e 9n\u00e9 tique V\u00e_9g\u00e-9tale,INRA\/Univ.Paris-Sud\/CNRS,91190 Gif-sur-Yvette,France“}]},{”given“given”:“M.”,“family”:“Dela”ttre“,”sequence“:”additional“,”affiliation“:[{”name“:”1 AgroParisTech \/INRA MIA 518,75005巴黎和2UMR de G\u00e9n \u00e 9tique V\u00e_9g \u00e-9tale,INRA\/Univ.Paris-Sud \/CNRS,91190 Gif-sur-Yvette,France“}]},{“given”:“T.”,“family”:“Mary-Huard”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1 AgroParisTech \/INRA MI 518,7505巴黎和2 UMR de G \u00 e9n\u00e9tique 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