{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{“日期-部件”:[[2024,4,7]],“日期-时间”:“2024-04-07T09:51:18Z”,“时间戳”:1712483478968},“参考-计数”:38,“出版商”:“牛津大学出版社(OUP)”,“发行”:“7”,“许可证”:[{“开始”:{-“日期-零件”:[2016,10,2]],“时间”:“2016-10-02T00:00:00Z”,“时间戳”:1475366400000},“content-version”:“vor”,“delay-in-days”:1048,“URL”:“http://\/creativecommons.org\/licenses\/by\/3.0\/”}],“content-domain”:{“domain”:[],“crossmark-restriction”:false},”short-container-title“:[],”published-print“:{”date-parts“:[2014,4,1]]}”,“abstract”:“”摘要<\/jats:title>\n动机:尽管基于约束的敲除菌株通量分析促进了微生物中理想代谢物的产生,但目前的筛选方法对可以同时分析的敲除数量造成了限制<\/jats:p>\n结果:在这里,我们提出了一种新的筛选方法,命名为FastPros。在这种方法中,通过对流量平衡分析中的约束条件进行影子定价来评估特定代谢物产生的给定反应淘汰的潜力,从而生成筛选分数以获得候选淘汰集。为了评估FastPros的性能,我们筛选了敲除集,以在整个大肠杆菌代谢网络中产生每种代谢物。我们发现,在生物量最大化条件下,通过添加多达25个反应敲除,可以产生75%的这些代谢物。此外,我们证明将FastPros与另一种筛选方法OptKnock结合使用可以进一步提高目标代谢产物的生产率<\/jats:p>\n可用性和实现:源代码可在http://\/www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp\/shimizu _lab\/FastPros\/上免费获得,在MATLAB和COBRA工具箱中实现<\/jats:p>\n联系人:\u00a0chikara.furusawa@riken.jpshimizu@ist.osaka-u.ac.jp<\/jats:p>\n补充信息:\u00a0生物信息学在线提供补充数据<\/jats:p>“,”DOI“:”10.1093\/生物信息学\/btt672“,”type“:”期刊文章“,”created“:{”日期部分“:[[2013,11,21]],”日期时间“:”2013-11-21T01:25:33Z“,”时间戳“:1384997133000},”page“:”981-987“,”source“:”Crossref“,”被计数引用“:40,”title“:[”FastPros:代谢工程反应敲除策略筛选“],”prefix“:”10.1093“,”卷“:”30“,”作者“:[{”给定“:”佐藤“,”家族“:”Ohno“,”序列“:”第一“,”隶属关系“:[[{“名称”:“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系,1-5山冈,住田,大阪565-0871和2定量生物中心(QBiC),日本大阪住田,福禄代6-2-3号,住田565-0874”}]},{“given”:“Hiroshi”,“family”:“Shimizu”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系,1-5 Yamadaoka,Suta,Osaka 565-0871和2定量生物中心(QBiC),RIKEN,6-2-3 Furuedai,Suta:“Chikara”,“family”:“Furusawa”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系,1-5山冈,秀田,大阪565-0871和2定量生物中心(QBiC),RIKEN,6-2-3 Furuedai,秀田:“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系,1-5山道冈,住地,大阪565-0871;2定量生物学中心(QBiC),日本大阪住地,福禄代6-2-3,住地565-0874”}]],“成员”:“286”,“在线发布”:{“日期部分”:[[2013,11,19]]},“参考”:[{“关键”:“2023012710461005800_btt672-B1”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“155”,《doi》:“10.1016\/j.ymben.2004.12.003”,“article-title”:“确定大肠杆菌中番茄红素生物合成代谢工程的基因靶点”,“volume”:”7“,“author”:“Alper”,“year”:“2005”,“journal-title“:”Metab.Eng.“},{”key“:”202301271061005800_bt672-B2“,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“305”,”doi“:”10.1016\/j.ymben.2007.08.003“,”article-title“:”生产1-丁醇的大肠杆菌代谢工程“,”volume“:”10“,”author“:”Atsumi“,”year“:”2008“,”journal title“:“:”2006.0008“,”doi“:“10.1038\/msb4100050”,“article-title”:“大肠杆菌K-12框架内单基因敲除突变体的构建:Keio集合”,“volume”:“2”,“author”:“Baba”,“year”:“2006”,“journal-title“:”Mol.Syst.Biol.“},{”key“:”2023012710461005800_bt672-B4“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:“159”,“doi”:“10.1016\/j.ym 2011年1月3日“,“article-title”:“从零到英雄\u2013谷氨酸棒杆菌生产赖氨酸的基于设计的系统代谢工程”,“卷”:“13”,“作者”:“Becker”,“年份”:“2011”,“日志标题”:“Metab.Eng.”},{“key”:“2023012710461005800_bt672-B5”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“647”,“doi”:“10.1002\/bit.10803”,“artice-title“:“OptKnock:用于确定微生物菌株优化的基因敲除策略的双层编程框架”,“volume”:“84”,“author”:“Burgard”,“year”:“2003”,“journal-title”:“Biotechtol.Bioeng.”},{“key”:”2023012710461005800_btt672-B6“,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first-page:”93“,“doi”:“10.1186\/1471-2105-13-93”,“article-title“:“非天然代谢物生产中异源途径设计的电子平台”,“卷”:“13”,“作者”:“Chatsurachai”,“年份”:“2012”,“期刊标题”:“BMC生物信息学”},{“关键”:“2023012710461005800_btt672-B7”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“35”,“doi”:“10.1186\/1752-0509-4-35”,“文章标题”:“生产所需化学品的新型合成路径预测”,“卷”:“4”,“作者”:“Cho”,“年份”:“2010年”,“期刊标题”:“BMC系统生物学”},{“关键”:“2023012710461005800_btt672-B8”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“659”,“doi”:“10.1038”:“使用大肠杆菌进行基因组尺度代谢重建的应用范围不断扩大”,“卷”:“26”,“作者”:“Feist”,“年份”:“2008”,“期刊标题”:“Nat.Biotechtol.”},{“key”:“2023012710461005800_btt672-B9”,“doi-asserted-by”:“crossref”,《首页》:“121”,”doi“10.1038\/msb4100155”,“article-title”:“大肠杆菌K-12 MG1655的基因组代谢重建,包含1260个ORF和热力学信息”,“卷”:“3”,“作者”:“Feist”,“年份”:“2007年”,“期刊标题”:“分子系统生物学”},{“键”:“2023012710461005800_btt672-B10”,“doi-asserted-by”:“crossref”,《首页》:“643”,《doi》:“10.1002\/bit.20542”,“article-title”:“用于生产乳酸的大肠杆菌的电子设计和适应性进化”,“卷”:“91”,“作者”:“Fong”,“年份”:“2005”,“期刊标题”:“生物技术。生物工程”},{“关键”:“2023012710461005800_btt672-B11”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“e13576”,“doi”:“10.1371”,期刊pone.0013576”:“细菌磷酸甘油酸突变酶的进化:经历基因损失、获得和横向转移的非同源同功能酶”,“卷”:“5”,“作者”:“Foster”,“年”:“2010”,“期刊标题”:“PLoS One”},{“键”:“2023012710461005800_btt672-B12”,“doi断言”:“crossref”,“首页”:“1355”,“doi”:“10.1126\/science.1193990”,“article-title”:“通过代谢工程制造分子”,“volume”:“330”,“author”:“Keasling”,“year”:“2010”,“journal-title“:”Science“},{“key”:”2023012710461005800_btt672-B38“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”53“,”doi“:”10.1186\/1752-0509-453“:“OptORF:微生物菌株代谢工程的最佳代谢和调节扰动”,“volume”:“4”,“author”:“Kim”,“year”:“2010”,“journal-title”:“BMC Syst.Biol.”},{“key”:”2023012710461005800_btt672-B13“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”e24162“,“doi”:“10.1371 \/journal.pone.0024162”,“article-title“:“大规模双水平应变设计方法和混合整数编程解决方案技术”,“卷”:“6”,“作者”:“Kim”,“年份”:“2011年”,“日志标题”:“PLoS One”},{“键”:“2023012710461005800_btt672-B14”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“34”,“doi”:“10.1038\/234034a0”,“文章标题”:”集合之间的距离“,卷”:”234“作者”:“Levanodowsky”,“year”:“1971”,“journal-title”:“Nature”},{“key”:“2023012710461005800_btt672-B15”,“doi-asserted-by”:“crossref”,”first page“:”390“,”doi“:”10.1038\/msb.2010.47“,”article-title“:”进化大肠杆菌的Omic数据与基因组模型计算的最佳生长一致“,”volume“:“6”,”author“:”Lewis“,”year“:”2010“,”journal-title“”:“Mol.Syst.Biol.”},{“key”:“2023012710461005800_btt672-B16”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“1707”,“doi”:“10.1016\/j.compchemeng.2007.08.009”,“article-title”:“使用约束遗传算法对生化反应网络进行多目标稳态优化”,“卷”:“32”,“作者”:“链接”,“年份”:“2008”,“新闻标题”:“Comput.Chem.Eng.”},{“key”:“2023012710461005800_btt672-B17”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“296”,“doi”:“10.1038\/msb.2009.57”,,“article-title”:“使用局部搜索大规模识别遗传设计策略”,“volume”:”5“,“author”:“Lun”,“year”:“2009”,“journal-title“:”Mol.Syst.Biol.2023012710461005800_btt672-B18“,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“264”,“doi”:“10.1016\/j.ymben.2003.09.002”,“article-title”:“基于约束的基因组尺度代谢模型中替代最优解的影响”,“volume”:”5“,“author”:“Mahadevan”,“year”:“2003”,“journal-title“:”Metab.Eng.“},{“key”:,“首页”:“320”,“DOI”:“10.1038\/msb.2009.77”,“文章标题”:“基因组尺度代谢重建的应用”,“卷”:“5”,“作者”:“Oberhardt”,“年份”:“2009”,“期刊标题”:《分子系统生物学》},{“key”:“2023012710461005800_bt672-B20”,“DOI-asserted-by”:“crossref”,”首页“221”,“DOI”:”10.1016\/j.jbiosc.2012.09.004“,“文章标题”:“在电子筛选三反应敲除大肠杆菌菌株中过量生产有用代谢物”,“卷”:“115”,“作者”:“Ohno”,“年份”:“2013年”,“期刊标题”:“J.Biosci.Bioeng.”},{“键”:“2023012710461005800_bt672-B21”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“245”,“doi”:“10.1038\/nbt.1614”,“article-title”:“什么是通量平衡分析?”,“volume”:“28”,“author”:“Orth”,“year”:“2010”,“journal-title”:“Nat.Biotechtol.”},{“key”:”2023012710461005800_btt672-B22“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”7797“,”doi“:”10.1073\/pnas.0702609104“,”article-title“:“基于转录组分析和硅基因敲除模拟的大肠杆菌代谢工程生产l-缬氨酸”,“卷”:“104”,“作者”:“公园”,“年份”:“2007年”,“期刊标题”:“美国国家科学院院刊”},{“键”:“2023012710461005800_btt672-B23”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“308”,“doi”:“10.1186\/1471-2105-6-308”,“article-title”:“进化编程作为电子代谢工程平台”,“volume”:“6”,“author”:“Patil”,“year”:“2005”,“journal-title“:”BMC生物信息学“},{“key”:”2023012710461005800_bt672-B24“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”1“,”doi“:”10.1016\/j.ymben.2005.08.003“,”article-title“:“一个用于识别微生物系统中过量生产的反应激活/抑制或消除候选物的优化框架”,“卷”:“8”,“作者”:“Pharkya”,“年份”:“2006”,“期刊标题”:“Metab.Eng.”},{“键”:“2023012710461005800_btt672-B25”,“doi断言”:“crossref”,“首页”:“2367”,“doi”:“10.1101\/gr.28272004”,“article-title”:“OptStreak:微生物生产系统重新设计的计算框架”,“volume”:“14”,“author”:“Pharkya”,“year”:“2004”,“journal-title“:“Genome Res.”},{“key”:”2023012710461005800_bt672-B26“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“45”,“doi”:“10.1186\/1752-0509-445”,”article-title“:“OptFlux:一个用于电子代谢工程的开源软件平台”,“volume”:“4”,“author”:“Rocha”,“year”:“2010”,“journal-title”:“BMC Syst.Biol.”},{“key”:”2023012710461005800_bt672-B27“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first page“:”563“,“doi”:“10.1016\/S1389-1723(02)80196-7”,”article-title“:“代谢工程\u2013整合分子育种和生物过程系统工程方法”,“卷”:“94”,“作者”:“清水”,“年份”:“2002”,“期刊标题”:“J.Biosci.Bioeng.”},{“关键”:“2023012710461005800_btt672-B28”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“43”,“doi”:“10.1186\/1475-2859-8-43”,《文章标题》:“谷氨酸棒杆菌基因组尺度代谢模型的开发和实验验证”,“卷”:“8”,“作者”:“Shinfuku”,“年份”:“2009”,“期刊标题”:“Microb.Cell Fact.”},{“key”:“2023012710461005800_btt672-B29”,“volume-title”:“代谢工程:原理和方法”,“author”:“Stephanopoulos”,“year”:“1998”},{“key”:“2023012710461005800_btt672-B30”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“536”,“doi”:“10.1093\/生物信息学\/btp704”,“article-title”:“预测化学生产的代谢工程淘汰策略:竞争途径的解释”,“volume”:”26“,”author“:”Tepper“,”year“2010”,“journal-title“:”生物信息学“}”,{“key”:“2023012710461005800_btt672-B31”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“1”,”doi“:“10.1016\/j.gene.2013.03.017”,“article-title”:“代谢网络分析方法比较及在代谢工程中的应用”,“volume”:”521“,”author“:”Tomar“,”year“2013”,“journal-title“:”gene“}”,{“key”:,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:“781”,“doi”:“10.1038\/nmeth.1240”,“article-title”:“高通量,大肠杆菌遗传互作的定量分析”,“volume”:”5“,“author”:“Typas”,“year”:“2008”,“journal-title“:”Nat.Methods“},{“key”:24英寸,“doi”:“10.1128\/aem.60.10.3724-3731.1994”,“article-title”:“计量通量平衡模型定量预测野生型大肠杆菌W3110的生长和代谢副产物分泌”,“volume”:“60”,“author”:“Varma”,“year”:“1994”,《journal-title》:“Appl.Environ.Microbiol.”},{“key”:《2023012710461005800_bt672-B34》,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“445”,“DOI”:“10.1038\/nchembio.580”,“文章标题”:“大肠杆菌直接生产1,4-丁二醇的代谢工程”,“卷”:“7”,“作者”:“Yim”,“年份”:“2011”,“期刊标题”:《自然化学生物学》},{“关键词”:“2023012710461005800_btt672-B35”,I“:”10.1007\/s00253-011-3559-x“,“文章标题”:“聚囊藻PCC6803基因组级代谢模型的重建和验证”,“卷”:“92”,“作者”:“Yoshikawa”,“年份”:“2011”,“期刊标题”:“Appl.Microbiol.Biotechnol.”},{“密钥”:“2023012710461005800_btt672-B36”,“doi断言”:“crossref”,“首页”:“17”,“doi”:“10.1007\/s00250300624”,“文章标题”:“木质纤维素生产燃料乙醇:代谢工程和过程集成的挑战”,“卷”:“56”,“作者”:“扎尔迪瓦尔”,“年份”:“2001”,“期刊标题”:“应用微生物生物技术”},{“关键”:“2023012710461005800_btt672-B37”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“672”,“doi”:“10.1016\/j.ymben.2012.09.005”,“article-title”:“代谢网络中的数学优化应用”,“volume”:“14”,“author”:“Zomorrodi”,“year”:“2012”,“journal title”:“Metab.Eng.”}],“container-title”:[“Bioinformatics”],“original-title“:[],“language”:“en”,“link”:[{“URL”:“https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformationalismics\/article-pdf\/30\/7\/981\/4892265\/Bioinformatics_30_7_981.pdf“”,“content-type”:“application\/pdf”,“content-version”:“vor”,“intended-application”:“syndication”},{“URL”:“https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article-pdf \/30\/7\/981\/4892265\/bioinformatics_30_7_981.pdf”,“内容类型”:“未指定”,“content-version“vor“,intended-application“:”相似性检查“}],“存放”:{“日期段”“”用法:[2023,1,27]],“日期-时间”:“2023-01-27T11:21:48Z”,“时间戳”:1674818508000},“分数”:1,“资源”:{“主要”:{“URL”:“https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article\/30\/7\/981\/233905”}},”副标题“:[],”短标题“:[],”已发布“:{”日期-部分“:[2013,11,19]]},新闻发布:{“发布”:“7”,“发布-打印”:{:[[2014,4,1]]}},“URL”:“http://\/dx.doi.org\/10.1093\/生物信息学\/btt672”,“关系”:{},”ISSN“:[”1367-4811“,”1367-4803“],”ISSN-type“:[{”value“:”1367-4911“,rts“:[[2014,4,1]]},“已发布”:{“日期部分”:[[2013,11,19]]}}}