{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{“日期-部分”:[[2024,6,30]],“日期-时间”:“2024-06-30T23:07:17Z”,“时间戳”:1719788837482},“引用-计数”:45,“出版商”:“牛津大学出版社(OUP)”,“问题”:“3”,“内容-域”:{-“域”:[],“交叉标记限制”:false},”short-contain惰性物质“:[],“published-print”:{“date-parts”:[[2012,2,1]]},“abstract”:“摘要<\/jats:title>\n动机:代谢组学是一个迅速发展的领域,有望为癌症、糖尿病和其他复杂疾病的基因型\u2013表型关系提供见解。信息学面临的主要挑战之一是提供工具,将代谢产物数据与其他类型的高通量分子数据(例如转录组学、蛋白质组学)联系起来,并结合先前的通路和分子相互作用知识<\/jats:p>\n结果:我们描述了我们工具Metscape的一个新的、经过实质性重新设计的版本,它允许用户输入代谢物、基因和通路的实验数据,并在相关代谢网络的上下文中显示这些数据。Metscape 2使用一个内部关系数据库,该数据库集成了来自KEGG和EHMN数据库的数据。该工具的新版本允许用户从表达谱数据中识别丰富的路径,构建和分析基因和代谢物网络,并可视化基因/代谢物数据的变化。我们证明了Metscape在注释与败血症诱导的急性肺损伤发病机制有关的人类和小鼠代谢产物的分子途径、分析胰腺导管腺癌的基因表达和代谢产物数据方面的应用,以及用于鉴定与癌症和炎症有关的候选代谢物<\/jats:p>\n可用性:Metscape是美国国立卫生研究院支持的国家生物医学信息集成中心(NCIBI)工具套件的一部分,可从http://Metscape.NCIBI.org免费获得。可以从http://cytoscape.org下载或通过cytoscape插件管理器安装<\/jats:p>\n联系人:\u00a0metscape-help@umich.edu; akarnovs@umich.edu<\/jats:p>\n补充信息:\u00a0生物信息学在线提供补充数据<\/jats:p>“,”DOI“:”10.1093\/生物信息学\/btr661“,”type“:”journal-article“,”created“:{”date-parts“:[[2011,12,2],”date-time“:”2011-12-02T04:38:17Z“,”timestamp“:1322800697000},”page“:“373-380”,“source”:“Crossref”,”is-referenced-by-count“:348,”title“:[”Metscape 2生物信息学工具,用于代谢组学和基因表达数据的分析和可视化“],”前缀“:”10.1093“,”卷“:”28“,”作者“:[{”给定“:”Alla“,”家族“:”Karnovsky“,”序列“:”first“,”affiliation“:[}”name“:”1计算医学和生物信息学中心,2美国密歇根大学安娜堡综合生物医学信息学国家中心,MI 48109-2218,3维罗纳大学病理学系生物医学计算中心,Strada le Grazie,8 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