{“状态”:“确定”,“消息类型”:“工作”,“信息版本”:“1.0.0”,“邮件”:{“索引”:{-“日期-部件”:[[2024,6,24]],“日期-时间”:“2024-06-24T19:52:45Z”,“时间戳”:1719258765966},“参考-计数”:12,“出版商”:“牛津大学出版社(OUP)”,“问题”:“23”,“许可证”:[{“开始”:{:“日期-零件”:[2016,10,2]],“时间“:”2016-10-02T00:00:00Z“,”时间戳“:1475366400000},“content-version”:“vor”,“delay-in-days”:2567,“URL”:“http://\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc\/2.0\/uk\/”}],“content-domain”:{“domain”:[],“crossmark-restriction”:false},”short-container-title“:[],”published-print“:{”date-parts“:[2009,12]]}”,“abstract”:“”摘要<\/jats:title>\n概要:MOODS(MOtif Occurrence Detection Suite)是一个软件包,用于根据DNA序列匹配位置权重矩阵。MOODS实现了最先进的在线匹配算法,与简单的强制搜索相比,扫描速度要快得多。MOODS是用C++编写的,带有流行的BioPerl和Biopython工具包的绑定。它可以很容易地适应不同的目的,并集成到现有的工作流中。它也可以用作C++库<\/jats:p>\n可用性:包含文档和使用示例的软件包可在http://www.cs.helsinki.fi\/group\/pssmfind上获得。源代码也可以根据GNU通用公共许可证(GPL)的条款获得<\/jats:p>\n联系人:\u00a0janne.h.korhonen@helsinki.fi<\/jats:p>“,”DOI“:”10.1093\/生物信息学\/btp554“,”type“:”期刊文章“,”created“:{”日期部分“:[[2009,9,23]],”日期时间“:”2009-09-23T01:21:44Z“,”时间戳“:1253668904000},”page“:”3181-3182“,”source“:”Crossref“,”被计数引用“:147,”title“:[”MOODS:快速搜索DNA序列中的位置权重矩阵匹配“],”prefix“:”10.1093“,”volume“:”25“,”author“:[{“given”:“Janne”,“family”:“Korhonen”,“sequence”:“first”,“affiliation”:“{“name”:“1芬兰赫尔辛基大学赫尔辛基信息技术研究所计算机科学系和2意大利帕多瓦大学信息工程系”}]},{“given”Martinm\u00e4ki“,”sequence“:”additional“,”affiliation“:[{”name“:”1芬兰赫尔辛基大学计算机科学和赫尔辛基信息技术研究所系和2意大利帕多瓦大学信息工程系“}]},{”given“:”Cinzia“,”family“:”Pizzi“,”sequence“:”additionable“,”affiliation“:[{“name”:“1芬兰赫尔辛基大学计算机科学和赫尔辛基信息技术研究所系,2意大利帕多瓦大学信息工程系”}]},{“given”:“Pasi”,“family”:“Rastas”,“sequence”:“additional”,“affiliance”:[{name”:1芬兰赫尔辛基大学计算机科学和赫尔辛基信息技术研究所系和2意大利帕多瓦大学信息工程系“}]},{“given”:“Esko”,“family”:“Ukkonen”,“sequence”:“additional”,“affiliation”:[{“name”:“1芬兰赫尔辛基大学计算机科学和赫尔辛基信息技术研究所系和2意大利帕多瓦大学信息工程系“}]}],“成员”:“286”,“在线发布”:{“日期-部件”:[[2009,9,22]]},“引用”:[{“密钥”:“2023013112174936600_B1”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页“:”389“,”DOI“:”10.1186\/1471-2105-7-389“;”article-title“:”匹配位置特定评分矩阵的快速基于索引的算法“,”volume“:”7“,”author“:”Beckstette“,”year“:”2006“,”journal-title”:“BMC生物信息学”},{“key”:“2023013112174936600_B2”,“DOI-asserted-by”:“crossref”,”first page“:“70”,“DOI”:“10.1186\/1471-2105-6-70”article-title“:”Paircomp、FamilyRelationsII和Cartweel:种间序列比较工具“,”卷“:”6“,”作者“:”Brown“,”年份“:”2005“,”期刊标题“:”BMC生物信息学“},{”key“:”2023013112174936600_B3“,”doi-asserted-by“:”crossref“,“first page”:“1422”,“doi”:“10.1093\/生物信息学\/btp163”,“article-title”:“Biopython:用于计算分子生物学和生物信息学的免费Python工具”,“卷”:“25”,“作者”:“Cock”,“年份”:“2009”,“期刊标题”:“生物信息学”},{“关键字”:“2023013112174936600_B4”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“1135”,“doi”:“10.1093\/生物信息学\/18.81.135”,“article-title”:“TFBS:转录因子结合位点分析的计算框架”,“卷”:“18”,“作者”:“Lenhard”,“年份”:“2002”,“期刊标题”:“生物信息学”},{“关键字”:“2023013112174936600_B5”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“首页”:“481”,“doi”:“10.1007\/978-3642-00982-2_41”,“文章标题”:自重叠出现与加权匹配的Knuth-Morris-Pratt算法”,“volume-title”:“第三届语言与自动机理论与应用国际会议论文集”,“author”:“Liefohe”,“year”:“2009”},{“key”:“2023013112174936600_B6”,“doi-asserted-by”:“crossref”,《first page》:“374”,“doi”:“10.1093\/nar\/gkg108”,“article-title“:”TRANSFAC(R):转录调控,从模式到轮廓“,”volume“:”31“,”author“:”Matys“,”year“:”2003“,”journal-title”:“核酸研究”},{“key”:“2023013112174936600_B7”,“doi-asserted-by”:“crossref”,“first page”:”239“,”doi“:”10.1007\/978-3-540-71233-6_19“位置特定评分矩阵的快速搜索算法”,“卷-时间”:“生物信息学研究与发展会议(BIRD)论文集”,“作者”:“Pizzi”,“年份”:“2007”},{“关键字”:“2023013112174936600_B8”,“文章-时间”,“寻找线性时间内位置权重矩阵的显著匹配”,“作家”:“皮齐”,“年”:“2009”,“journal-title“:”IEEE\/ACM传输计算。生物信息。“},{”key“:”2023013112174936600_B9“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first-page“:”276“,”doi“:”10.1007\/978-3-540-75530-2_25“,”article-title“:”加权匹配算法“,”volume-title”:“字符串处理与信息检索国际研讨会论文集(SPIRE)”,“author”:“Salmela”,“year”:“2007”},”{“key”:“”2023013112174936600_B10“,“首页”:“89”,“文章标题”:“计算在序列中发现模式的概率的方法”,“卷”:“5”,“作者”:“斯塔登”,“年份”:“1989”,“期刊标题”:”计算。申请。Biosci公司。“},{”key“:”2023013112174936600_B11“,”doi-asserted-by“:”crossref“,”first-page“:”2997“,”doi“:”10.1093\/nar\/10.9.2997“,”article-title“:”使用\u2018perceptron\u2019算法区分大肠杆菌中的翻译起始位点“,”volume“:“10”,“author”:“Stormo”,“year”:“1982”,“journal-title”:“Nucleic Acids Res.”},}“key”:“”2023013112174936600_B12”,“doi asserted by”:“crossref”,“首页”:“233”,“doi”:“10.1093\/生物信息学\/16.3.233”,“文章标题”:“使用评分矩阵对序列函数进行快速概率分析”,“卷”:“16”,“作者”:“Wu”,“年份”:“2000”,“期刊标题”:“生物信息学”}],“容器标题”:[“生物信息学”],“原标题”:[],“language“:”en“,”link“:[{”URL“:”https:\/\/actical.oup.com/bioninformatics\/article-pdf\/25\/23\/3181\/48997337\/bioinformatics_25_23_3181.pdf“,”content-type“:”application\/pdf“、”content-version“:”vor“、”intended-application“:”syndication“},{”URL“:”https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article-pdf\/25\/23\/3181\/48997337\/bioinformatics_25_23_3181.pdf“,”content-type“:”unspecified“,”content-version“:”vor“,”intended-application“:”similarity-checking“}”,“deposed”:{“date-parts”:[2023,1,31]],“date-time”:“2023-01-31T21:57:09Z”,“timestamp”:1675202229000},“score”:1,“资源:{“主”:{URL“:”https:\/\/cademicial.oup.com/bioinformatics\/article\/25\/23\/3181\/215705“}},”subtitle“:[],”shorttitle“:[],”issued“:{”date-parts“:[[2009,9,22]]},“references-count”:12,“journal-issue”:{“issue”:“23”,“published-print”:{”date-ports“:[2009,12]]}}、“URL”:“http://\/dx。doi.org \/10.1093 \/生物信息学\/btp554“,”关系“:{},”ISSN“:[”1367-4811“,”1367-4803“],“issn-type”:[{“value”:“1367-4811”,“type”:“electronic”},{“value”:“367-4803”,“type”:“print”}],“subject”:[],“published-other”:{“date-parts”:[[2009,12,1]]},“publish”:{“date-ports”:[2009,9,22]]}}}}