{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{-“日期-部件”：[[2024,8,4]]，“日期-时间”：“2024-08-04T15:14:23Z”，“时间戳”：1722784463910}，“参考-计数”：35，“出版商”：“牛津大学出版社（OUP）”，“问题”：“10”，“许可证”：[{“开始”：{“日期-零件”：[2016,1]]，“时间“：”2016-10-01T00:00:00Z“，”时间戳“：147528000000}，“content-version”：“vor”，“delay-in-days”：3106，“URL”：“http://\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc\/2.0\/uk\/”}]，“content-domain”：{“domain”:[]，“crossmark-restriction”：false}，”short-container-title“：[]，”published-print“：{”date-parts“：[[2008,5,15]]}”，“abstract”：“”摘要<\/jats:title>\n动机：高密度DNA微阵列为全面分析基因表达提供了有用的工具。然而，由于信号强度受到涉及探针\u2013靶杂交的复杂因素的影响，如杂交的非线性行为、非特异性杂交、探针和靶寡核苷酸的折叠等，因此仍然很难从观察到的微阵列数据中获得准确的表达水平。为了解决这个问题，提出了各种微阵列数据分析方法。在我们之前的报告中，我们提出了探针\u2013靶点杂交的基准分析，使用人工合成的寡核苷酸作为靶点，其中非特异性杂交的影响可以忽略不计。结果表明，上述模型仅在较窄的靶浓度范围内解释了探针\u2013靶杂交的行为。定量表达分析需要更精确的模型<\/jats:p>\n结果：实验表明，探针和靶分子的有限性都应该被用来解释杂交行为。在本文中，我们提出了Langmuir模型的一个扩展，它一致地再现了实验结果。在这个模型中，我们介绍了二级结构形成的影响，以及杂交后洗涤过程中探针\u2013靶双链的解离。该结果将为理解和分析微阵列实验提供有用的方法<\/jats:p>\n可用性：该方法是为R软件实现的，可以从我们的网站（http://\/www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp\/shimizu _lab\/FHarray\/）下载<\/jats:p>\n联系人：\u00a0furusawa@ist.osaka-u.ac.jp<\/jats:p>\n补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取<\/jats:p>“，”DOI“：”10.1093\/生物信息学\/btn109“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[[2008,4,1]]，”date-time“：”2008-04-01T00:26:20Z“，”timestamp“：1207009580000}，”page“：“1278-1285”，“source”：“Crossref”，“is-referenced-by-count”：42，“title”：[“高密度寡核苷酸微阵列杂交的改进物理化学模型”]，“前缀“：”10.1093“，”卷“：”24“，”作者“：[{”给定“：”Naoaki“，”家族“：”Ono“，”序列“：”first“，”affiliation“：[}”name“：”1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1山冈，2复杂系统生物学项目，ERATO，2-1山冈和3大阪大学前生物科学研究生院，1-3山冈，住田，日本大阪565-0871“}]}，{“给定”：“Shingo”，“家族”：“铃木”，“序列”：“附加“，”附属“：[{“name”：“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1山冈，2复杂系统生物学项目，ERATO，2-1山冈和3大阪大学前沿生物科学研究生院，1-3山冈，Suta，日本大阪565-0871”}]}，{“给定”：“Chikar“，”family“：”Furusawa“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1山冈，2复杂系统生物学项目，ERATO，2-1山冈，3大阪州立大学前沿生物科学研究生院，1-3山冈，Suita，日本大阪“}，{名称”：1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1山冈，2复杂系统生物学项目，ERATO，2-1山冈和3大阪大学前生物科学研究生院，1-3山冈，住地，日本大阪565-0871“}]}，{“给定”：“Tomoharu”，“家族”：“Agata”，“序列”：“附加“，”附属“：[{“name”：“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1山冈，2复杂系统生物学项目，ERATO，2-1山冈和3大阪大学前沿生物科学研究生院，1-3山冈，Suta，日本大阪565-0871”}]}，{“给定”：“Akiko“，”family“：”Kashiwagi“，“sequence”：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1山冈，2复杂系统生物学项目，ERATO，2-1山冈和3大阪大学前生物科学研究生院，1-3山冈，住地，日本大阪565-0871“}]}，{“给定”：“广岛”，“家族”：“清水”，“序列”：“附加”，“附属机构”：[{“名称”：“1大阪大学信息科学与技术研究生院生物信息工程系，2-1 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