{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{“日期-部分”：[[2024,6,19]]，“日期-时间”：“2024-06-19T22:32:37Z”，“时间戳”：1718836357206}，“引用-计数”：19，“出版商”：“牛津大学出版社（OUP）”，“问题”：“20”，“内容-域”：{-“域”：[]，“交叉标记-限制”：false}，”short-contain惰性物质“：[]，“published-print”：{“date-parts”：[[2007,10,15]]}，“abstract”：“摘要<\/jats:title>动机：基于相似性度量的聚类是贯穿科学数据分析的一个关键问题。最近，Frey和Dueck（2007a）提出了一种基于消息传递技术的强大的新算法，称为亲和传播（AP）。在AP中，每个集群由同一集群的所有其他数据点所指的公共样本来标识，并且样本必须指代它们自己。尽管已经证明了它的威力，但目前形式的AP仍存在一些缺点。每个簇只有一个样本的硬约束将AP限制在规则形状的簇类中，并导致次优性能，例如在分析基因表达数据时<\/jats:p>结果：通过放松AP硬约束可以克服这一限制。与最大化整体相似性的目标相比，新参数控制约束的重要性，并允许在每个数据点选择其最近邻居作为样本的简单情况和原始AP之间进行插值。由此产生的软约束仿射传播（SCAP）变得更具信息性、准确性，并导致更稳定的聚类。即使引入了新的先验自由参数，也降低了算法对外部调整的总体依赖性，随着鲁棒性的提高，参数选择的最优策略也越来越自然地出现。SCAP是根据生物基准数据进行测试的，尤其包括与各种癌症类型相关的微阵列数据。我们表明，该算法有效地揭示了数据集中存在的层次聚类结构。此外，它允许为每个簇提取稀疏的基因表达特征<\/jats:p>联系人：\u00a0leone@isi.it, sumedha@isi.it和weigt@isi.it“，”DOI“：”10.1093\/生物信息学“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[2007,9,26]]，”date-time“：”2007-09-26T02:14:39Z“，”timestamp“：1190772879000}，”page“：“2708-2715”，“source”：“Crossref”，“is-referenced-by-count”：100，“title”：[“通过软约束亲和传播聚类：基因表达的应用数据“]，”前缀“：”10.1093“，”volume“：”23“，”author“：[{”given“：“Michele”，”family“：”Leone“，”sequence“：”first“，”affiliation“：[[{“name”：“科学交流研究所，Viale Settimio Severo 65，Villa Gualino，I-10133 Torino，Italy”}]}，{“family”：“Sumedha”，“sequence”：“additional”，“affiliance”：[{'name“：”科学交流研究所，Viale Settimio Severo 65，Villa Gualino，I-10133 Torino，Italy“}]}，{“given”：“Martin”，“family”：“Weigt”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“科学交流研究院，Viale-Settimio Servo 65，Ville Guali诺，I-10133-Torino，Italia”}]}]，“成员”：“286”，“在线发布”：{“date-parts“：[[2007,9,25]]}，”reference“：[{”key“：”2023041105592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“503”，”doi“：”10.1038\/3500501“，“article-title”：“通过基因表达谱鉴定的弥漫性大B细胞淋巴瘤的不同类型”，“volume”：“403”，“author”：“Alizadeh”，“year”：“2000”，“journal-title“：”Nature“}，{“key”“：”2023041105592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”3251“，”doi“：”10.1103\/PhysRevLett.76.3251“、”article-title“：”数据的超顺磁聚类“，”volume“：“76”，”author“：”Blatt“，”year“：”1996“，”journal-title”：“Phys。Rev.Lett“}，{“key”：“2023041105592693600_”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“first page”：”030201“，“doi”：“10.1103\/PhysRevLett.96.03021”，“article-title”：“通过离散突触网络中的消息传递进行学习”，“volume”：：“96”，“author”：“Braunstein”，“year”：“2006”，“journal-title“：”Phys.Rev.Lett}，}“密钥”：“2041105592693600_”，“doi-asserted-by”：“crossref“，”first page“：”3583“，”DOI“：”10.1093\/生物信息学\/bth447“，”article-title“：”BagBoosting for tumor classification with gene expression data“，“volume”：“20”，“author”：“Dettling”，“year”：“2004”，“journal-title”：“bioinformatics”}，{“key”：”20230411055926936000_“，”volume-title：“Pattern classification and Scene Analysis”，“作者”：“Duda”，“年份”：“1973年），｛“key”：“2023041105592693600_”，“doi asserted by”：“crossref”，“first page”：“972”，“doi”：“10.1126\/science.1136800”，“文章标题”：“通过在数据点之间传递消息进行聚类”，“volume”：“315”，“author”：“Frey”，“year”：“2007”，“journal title”：“science”｝，｛“key”：“2023041105592693600_”，“文章标题”：“亲和传播的混合建模”author“：”Frey“，”year“：”2007“}，{”key“：”2023041105592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“531”，”doi“：”10.1126\/science.286.5439.531“，”article-title“：”癌症的分子分类：基因表达监测的类别发现和预测“，”volume“：2023041105592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”volume-title“：”组合优化问题中的相变“，”author“：”Hartmann“，”year“：”2005“，”doi“：”10.1002\/3527606734“}，{”key“：”20230411005592693600_“，“，”卷：“31”，“作者”：“Jain”，“年份”：“1999”，“新闻标题”：“ACM计算”。Surv“}，{”key“：”2023041105592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“11111”，”doi“：”10.1088\/0305-4470\/36\/43\/030“，”article-title“：”A CDMA multi-user detection algorithm on based of confidence propagation“，”volume“:”36“，”author“：”Kabashima“，”year“：”2003“，”journal title“：“J.Phys.A”}，”{“key”：“20230411005592696”3600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”673“，”DOI“：”10.1038\/89044“，”article-title“：”使用基因表达谱和人工神经网络对癌症进行分类和诊断预测“，”volume“：“6”，”author“：”Khan“，”year“：”2001“，”journal-title”：“Nat.Med”}，{“key”：“2023041105592693600_”，”DOI-asserted-by“：”crossref.“，”首页“：“1”，”DOI:“10.1109 \/18.910572“，“文章标题”：“因子图和总和算法”，“卷”：“47”，“作者”：“Kschichang”，“年份”：“2001”，“期刊标题”：《IEEE Trans。通知。理论“}，{“key”：“2023041105592693600_”，“first-page”：“281”，“article-title”：“多元观测分类和分析的一些方法”，“author”：“MacQueen”，“year”：“1967”}，“key“：”20230411005592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first-page:“812”，“doi”：“10.1126\/science.1073287”，“article-titel”：“随机可满足性问题的分析和算法解”，“卷”：“297”，“作者”：“M\u00e9zard”，“年份”：“2002”，“期刊标题”：“科学”}，{“关键字”：“2023041105592693600_”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“436”，“doi”：“10.1038\/415436a”，“文章标题”：基于基因表达的中枢神经系统胚胎性肿瘤预后预测”，“体积”：“415”，“作者”：“Pomeroy”，“年份”：“2002”，“期刊标题”：“自然”}，{“关键字”：“2023041105592693600_”，“文章标题”：”成对聚类和图形模型“，“作者“：”Shental“，”年份“：”2003“}，”{“key“：”202304105592693000_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”首页“：”888“，”DOI“：”10.1109\/34.868688“，“文章标题”：“标准化切割和图像分割”，“卷”：“22”，“作者”：“史”，“年份”：“2000”，“期刊标题”：”IEEE Trans。模式分析。机器。Intell“}，{”key“：”2023041105592693600_“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“2282”，”doi“：”10.1109\/TIT.2005.850085“，”article-title“：”Belief production and generalizations“，”volume“：51”，“author”：“Yedidia”，“year”：“2005”，“journal-title”：“IEEE Trans.Inform.Theory”}]，“containerti-title”：[“生物信息学”]，“original-title:[]，“语言”：“en”，“链接“：[{“URL”：“https:\/\/actical.oup.com/bioninformatics\/article-pdf\/23\/20\/2708\/49818691\/bioinformatics_23_20_2708.pdf”，“content-type”：“application\/pdf”，“content-version”：“vor”，“intended-application”：“syndication”}，{“URL”：“https:\/\\adicial.oup.com\/bio-informatics \/articel-pdf\/23\/20\/27818691\/bioinformatics_23_20_2708.pdf“，”content-type“：”unspecified“，”content-version“：”vor“，”intended-application“：”similarity-checking“}”，“deposed”：{“date-parts”：[[2023,5,14]]，“date-time”：“2023-05-14T07:04:10Z”，“timestamp”：1684047850000}，“score”：1，“resource”：{primary“：”https://ademicial.oup.com/bioinformatics\/article\/23\/20\/2708\/230273“}}，”副标题“：[]，”短标题“：[]，”发布“：{“date-parts”：[[2007,9,25]]}，“references-count”：19，“journal-issue”：{问题：“20”，“published-print”：{“date-ports”：[[2007,10,15]]}}，”URL“：”http://\/dx.doi.org\/10.1093\/生物信息学\/btm414“，”关系“：{}”，“ISSN”：[“1367-4811”，“1367-4803”]，“ISSN-type”：[{“值“：”1367-4811“，”类型“：”电子“}，{“值”：“1367-4803”，“类型”：“打印”}]，“主题：[]，“published-other”：{“date-parts”：[[2007,10,15]]}