{“状态”：“确定”，“消息类型”：“工作”，“信息版本”：“1.0.0”，“邮件”：{“索引”：{“日期部分”：[[2024,4,2]，“日期时间”：“2024-04-02T12:55:54Z”，“时间戳”：1712062554783}，“引用-计数”：30，“出版商”：“牛津大学出版社（OUP）”，“问题”：“2”，“许可证”：[{“开始”：}“日期部分“：[2024,1,23]]，“日期-时间”：“2024-01-23T00:00:00Z”，“时间戳”：170596800000}，“content-version”：“vor”，“delay-in-days”：1，“URL”：“https:\/\/creativecommons.org\/licenses\/by-nc\/4.0\/”}]，“funder”：[{“DOI”：“10.13039\/501100012166”，“name”：“中国国家重点研发计划”，“DOI-asserted-by”：“publisher”，“award”：[“2023YFC2605400”]}，{“DOI”：”10.13039\\501100012226“，”名称“：“中央高校基本科研业务费”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“adward”：[“2023JBMC011”]}，{“doi”：“10.13039\/501100001809”，“name”：“国家自然科学基金”，“doi-asserted-by”:“publisher”，“award”：[”32288101“，”32030020“，”31900418“，”12271026“]}：“英国皇家学会-牛顿高级研究员”，“奖项”：[“NAF\\R1\\191094”]}，{“DOI”：“10.13039\\501100004826”，“名称”：“北京自然科学基金”，“DOI-asserted-by”：“publisher”，“奖”：[”L222051“]}”，{”name“：“CFFF计算平台和复旦大学人类现象数据中心”}]，“内容域”：{“域”：[]，“交叉标记限制”：false｝，“短容器标题”：[]，“已发布的印刷品”：｛“日期部分”：[[2024,1,22]}｝，“摘要”：“摘要<\/jats:title>\n通过分析祖先染色体束的长度，已经提出了各种方法来重建混合历史，例如估计混合时间和混合事件的数量。然而，现有的方法没有明确考虑复杂混合结构，该结构表征了混合过程中不同祖先种群的连接和混合模式，而是假设一个简化的逐个顺序混合模型。在本研究中，我们提出了一种新的方法，即考虑非顺序混合结构来重建混合历史。具体来说，我们引入了一个包含四个祖先种群的层次混合模型，并开发了一种新的方法，称为HierarchyMix，该方法使用祖先域的长度和基因组中祖先切换的数量来重建四向混合历史。HierarchyMix通过使用贝叶斯信息准则原理自动选择最佳混合料模型，有效地估计了相应的混合料参数。仿真研究证实了HierarchyMix的有效性和鲁棒性。我们还将HierarchyMix应用于维吾尔族和哈萨克族，使我们能够重建中亚人的混合历史。我们的结果强调了考虑复杂混合结构的重要性，并证明了HierarchyMix是分析复杂混合事件的有用工具<\/jats:p>“，”DOI“：”10.1093\/bib\/bbad540“，”type“：”journal-article“，”created“：{”date-parts“：[2024,1,23]]，”date-time“：”2024-01-23T16:49:48Z“，”timestamp“：170602858000}，”source“：“Crossref”，“is-referenced-by-count”：1，“title”：[“使用层次模型重建复杂混合历史”]，“前缀”：“10.1093”，“卷”：“25”，“作者”：[{“给定”：“施”，“family“：”Zhang“，”sequence“：”first“，”affiliation“：[{”name“：”北京交通大学数学与统计学院，北京，100044，中国“}]}，{”given“：”Rui“，”family”：“Zhang”，”se序列“：”additional“，”feliation“:[{“name”：“”中国科学院上海营养与健康研究所计算生物学重点实验室，中国科学院，上海200031中国科学院中科院上海营养与健康研究所计算生物学重点实验室，中国科学院上海200031“}]}，{”given“：”Lu“，”family“：”Yang“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”北京交通大学数学与统计学院，北京，100044“}]}，{“给定”：“常”，“家庭”：“刘”，“序列”：“附加”，“隶属关系”：[{“名称”：“中国科学院中科院上海营养与健康研究所计算生物学重点实验室，中国科学院上海200031“}]}，{”given“：”Yuting“，”family“：”Liu“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”北京交通大学数学与统计学院，中国北京，100044“}]}，{“given”：“Xumin”，“family”：“Ni”，“sequence”：“additional”，“affiliation”：[{“name”：“北京交通大学数理统计学院，北京，100044}，”{ORCID“：”http://\/ORCID.org\/0000-0002-1975-1002“，”authenticated-orcid“：false，”given“：”Shuhua“，”family“：”Xu“，”sequence“：”additional“，”affiliation“：[{”name“：”基因工程国家重点实验室，人类表型研究所，张江复旦国际创新中心，生命科学学院进化生物学中心，肝外科和移植肝癌研究所，中山医院，200032，中国“}，{”名称“：”复旦大学、人类表型研究所、张江复旦国际创新中心、生命科学学院进化生物学中心、肝脏外科和移植肝癌研究所、中山医院“}，{”名称“：”当代人类学教育部重点实验室，遗传与发展协同创新中心，中国上海201203上海理工大学生命科学与技术学院，中国上海，201210“}]}]，“成员”：“286”，“在线发布”：{“日期部分”：[[2024,1,22]]}，“参考”：[{“问题”：“6172”，“密钥”：“2024012316361188400_ref1”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“747”，“doi”：“10.1126\/Science.1243518”，“文章标题”：“人类混合体历史遗传图谱”，“卷”：“343”，“作者”：“Hellenthal”，“年份”：“2014”，“期刊标题”：“科学”}，{“问题”：“3”，”关键“：“2024012316361188400_ref2”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“953”，‘doi’：“10.1534\/genestic.114.162362”，‘文章标题’：“混合体的长度”，卷：“197”，‘作者’：“梁“，”年份“：”2014“，”journal-title“：”Genetics“}，{”issue“：”2“，”key“：”2024012316361188400_ref3“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“607”，”doi“：”10.1534\/genestics.112.139808“，”article-title”：“当地祖先的群体遗传学模型”，“volume”：“191”，“author”：“Gravel”，”year“：”2012“，”journal-title“”：“Genetics”}，}“issue”：“2”，“key”：“2024012316361188400_ref4”，“doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”711“，”doi“：”10.1534\/genestics.108.098095“，”article-title“：”从移民区长度推断移民率的历史变化“，”volume“：“181”，”author“：”Pool“，”year“：”2009“，”journal-title：“genetics”}，{“issue”：“2”，“key”：“2024012316361188400_ref5”，”doi-assert-by“：“R19“，”DOI“：”10.1186\/gb-2011-12-2-R19“，”article-title“：”通过全基因组数据的小波变换分析确定混合年龄“，”volume“：”12“，”author“：”Pugach“，”year“：”2011“，”journal-title”：“genome Biol”}，{“issue”：“5”，“key”：“2024012316361188400_ref6”，“DOI-asserted-by”：“crossref”，“first-page”：“849”，“DOI”：“10.1016\/j.ajhg.2012.09.008“，”article-title“：“通过祖传染色体片段的经验和模拟全基因组分布探索种群混合动力学”，“卷”：“91”，“作者”：“Jin”，“年份”：“2012”，“期刊标题”：“美国人类遗传学杂志”}，{“问题”：“7”，“关键”：“2024012316361188400_ref7”，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”930“，”doi“：”10.1038 \/ejhg.2013.265“，“文章标题”：“混合基因组中祖先染色体片段的分布及其对推断种群历史和混合图谱的影响”，“卷”：“22”，“作者”：“金”，“年份”：“2014”，“期刊标题”：《欧洲人类遗传学杂志》}，{“关键词”：“2024012316361188400_ref8”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“20048”DOI“：”10.1038\/srep20048“，”article-title“：”一般混合模型下祖先足迹的长度分布及其在人口历史推断中的应用“，”volume“：”6“，”author“：”Ni“，”year“：”2016“，”journal-title”：“Sci Rep”}，{“issue”：“1”，“key”：“2024012316361188400_ref9”，“DOI-asserted-by”：“crossref”，“first-page”：“52”，“DOI”：“”10.1038\/s41437-017-0041-2“，“文章标题”：“根据祖先足迹的长度分布推断多波外加剂”，“卷”：“121”，“作者”：“Ni”，年：“2018”，“期刊标题”：”遗传（爱丁堡）“}，{“问题”：“1”，“关键”：“2024012316361188400_ref10”，“doi-asserted-by”：“crossref”，”第一页“133”，《doi》：“10.1038\/s41431-018-0259-3”，“article-title“：“MultiWaver 2.0:建模离散和连续的基因流以重建复杂的混合群体”，“volume”：“27”，“author”：“Ni”，“year”：“2019”，“journal-title”：“Eur J Hum Genet”}，{“issue”：“1”，“key”：用ArchaicSeeker 2.0精炼欧亚大陆古代混合物模型“，”卷“：”12“，”作者“：”元“，”年“：”2021“，”期刊标题“：”国家公社“}，{“key”：“2024012316361188400_ref12”，“article-title”：“MultiWaverX：建模潜在性别偏见混合物历史”，“卷”：“23”，“作者”：“Zhang”，“年份”：“”2022“，”杂志标题“简要生物信息”}，}“问题”：“3”，“key”：“2024012316361188400_ref13”，“doi断言者”：“crossref”，“首页”：“371”，“doi”：“10.1016\/j.ajhg.202020.02.002”，“文章标题”：“通过精细规模迁移和单倍型分析揭示的美国人口历史”，“卷”：“106”，“作者”：“Dai”，“年份”：“2020”，“期刊标题”：“美国人类遗传学杂志”}，{issue“：”14“，”key“：”2024012316361188400_ref14“，“doi-asserted-by”：“crossref”，“doi”：“10.1126\/sciadv.abd6690”，“article-title”：“古新疆有丝分裂基因组显示高度混合的遗传多样性”，“volume”：“7”，“author”：“Wang”，“year”：“2021”，“journal-title“：”Sci Adv“}”，{“issue”：“10”，“key”：”2024012316361188400 _ref15“，”doi-asserve ted-by“：”crossref“，”first page“：”2572“，”DOI“：”10.1093\/molbev\/msx177“，”article-title“：”新疆维吾尔族的遗传史提示了欧亚大陆青铜时代的多途径接触“，”volume“：“34”，”author“：”Feng“，”year“：”2017“，”journal-title”：“Mol Biol Evolo”}，{“issue”：“7481”，“key”：“2024012316361188400_ref16”，“DOI-asserted-by”：”crossref.“，”首页“：“87”，“DOI“：”10.1038\/nature12736“，”article-title“：”旧石器时代晚期西伯利亚基因组揭示了美洲土著的双重祖先“，”volume“：”505“，”author“：”Raghavan“，”year“：”2014“，”journal-title”：“Nature”}，{“issue”：“506”，“key”：“2024012316361188400_ref17”，“first page”：”1“，”article-title“：”AdmixSim 2:用于建模复杂种群混合的前向时间模拟器“，”volume“：”22“，”author“：”Zhang“，”year“：”2021“，”journal-title“：”BMC Bioinformatics“}，{“issue”：“7571”，“key”：“2024012316361188400_ref18”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“first-page”：“68”，“doi”：“10.1038\/nature15393”，“article-title”：“人类遗传变异的全球参考文献”，“卷”：“526”，“作者”：“联盟”，“年份”：“2015”，“期刊标题”：“自然”}，{“问题”：“7624”，“关键”：“2024012316361188400_ref19”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“238”，“doi”：“10.1038\/nature19792”，“文章标题”：volume“：“538”，“author”：“Pagani”，“year”：“2016”，“journal-title”：“Nature”}，{“issue”：“2”，“key”：“2024012316361188400_ref20”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“first page”：《278》，“doi”：“10.1016\/j.ajhg.2013.06.020”，《article-title》：“RFMix:一种快速稳健的本地历史推理的判别建模方法”，“volume”：“枫树”，“年份”：2013年”，“期刊标题”：“Am J Human Genetics”}，｛“issue”：“4”，“key”：“2024012316361188400_ref21”，“doi断言”：“crossref”，“doi”：“10.1371\/journal.pgen.1004234”，“文章标题”：“跨全相关谱的单倍型阶段划分的一般方法”，“volume”：“10”，“author”：“O'Connell”，“year”：“2014”，“期刊标题”：“PLoS Genet”}，｛“key”：“2024012316361188400_ref22“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：”8“，”doi“：”10.1186\/1741-7007-8-15“，”article-title“：”早在青铜器时代早期，塔里木盆地就有西向混合人口居住的证据“，”volume“：“：”crossref“，”first-page“：”62“，”DOI“：”10.1126\/science.abk1534“，”article-title“：”新疆人口历史背后的青铜和铁器时代人口运动“，”volume“：”376“，”author“：”Kumar“，”year“：”2022“，”journal-title”：“science”}，{“issue”：“3”，“key”：“2024012316361188400_ref24”，“DOI-asserted-by”：“crossrev”，“first-page:”1065“，”DOI“：“10.1534\/遗传学112.145037“，”article-title“：”人类历史中的古代混合体“，”volume“：”192“，”author“：”Patterson“，”year“：”2012“，”journal-title”：“遗传学”}，{“issue”：“4”，“key”：“2024012316361188400_ref25”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“1233”，“doi”：“10.1534\/遗传学”，“article-title”利用连锁不平衡推断人类混合历史“，“volume”：“193”，“author”：“Loh”，“year”：“2013”，“journal-title”：“Genetics”}，{“issue”：“2”，“key”：”2024012316361188400_ref26“，“doi-asserted-by”：“crossref”，”first-page:“415”，“doi”：“10.1002\/ajpa.20188”，“article-title“：”用于基于遗传的人口差异研究的人类世代间隔的跨文化估计”，“卷”：“128”，“作者”：“芬纳”，“年份”：“2005年”，“期刊标题”：“美国物理人类学杂志”}，{“期刊”：“1542”，“关键词”：“2024012316361188400_ref27”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“941”，“doi”：“10.1098\/rspb.2004.2698”，“article-title”：“草原中的解开迁徙：古代中亚人的线粒体DNA序列”，“卷”：“271”，“作者”：“拉鲁扎·福克斯”，“年份”：“2004年”，“期刊标题”：“生物科学进展”}，{“关键”：“2024012316361188400_ref28”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“78”，“doi”：“10.1186”\/s12863-015-0237-5”，“文章标题”：小河墓地古代人类线粒体DNA分析：对中国塔里木盆地史前人口运动的认识”，“卷”：“16”，“作者”：“李”，“年份”：“2015”，“期刊标题”：“BMC基因”}，{“问题”：“7518”，“关键”：“2024012316361188400_ref29”，“doi-asserted-by”：“crossref”，“首页”：“409”，“doi”：“10.1038\/nature13673”，“article-title“：”古代人类基因组暗示了现代欧洲人的三个祖先种群“，“volume”：“513”，“author”：“Lazaridis”，“year”：“2014”，“journal-title”：“Nature”}，{“issue”：“3”，”key“：”2024012316361188400_ref30“，”doi-asserted-by“：”crossref“，”first page“：“322”，“doi”：“10.1016\/j.ajhg.2008.08.001”，“article-title”维吾尔族混合基因的全基因组分析和疾病基因发现的高密度混合图谱”，“卷”：“83”，“作者”：“徐”，“年份”：“2008”，“期刊标题”：“美国人类遗传学杂志”}]，“容器标题”：[“生物信息学简介”]，“原始标题”：[]，“语言”：“en”，“链接”：[{“URL”：“https:\/\/actical.oup.com/bib\/article-pdf\/25\/2\/bbad540\/56325946\/bbad 540.pdf“，“内容类型”：“应用程序\/pdf”，“内容版本”：“vor”，“intended-application”：“联合”}，{“URL”：“https:\///actical.comp.com/bib\-article-pdf\/25 \/2\bbad540\/56625946\/bbad540.pdf”，“content-type”：“未指定“，”content-version“：”vor“，”预期应用程序”：“相似性检查”｝]，“存放的”：｛“日期部分”：[[2024,1,23]]，“日期时间”：“2024-01-23T16:50:22Z”，“时间戳”：1706028622000｝，“分数”：1，“资源”：｛“主要”：｛“URL”：“https:\/\/architec.oup.com\/bib\/article\/doi\/10.1093\/bib\/bbad540\/7584785”｝，“副标题”：[]，“短标题”：[]，“发布的”：｛“日期部分”：[[2024,1,22]]}，”references-count“：30，”journal-issue“：{”issue“：“2”，“published-print”：{“date-parts”：[[2024,1,22]]}}，“URL”：“http://\/dx.doi.org\/10.1093\/bbad540”，“relationship”：{}，”ISSN“：[”1467-5463“，”1477-4054“]，”ISSN-type“：[{”value“：”1467-5563“，“type”：“print”}，{“value”：1477-4054“，”type“：”electronic“}]，”subject“：[]，”published-other“：{”date-parts“：[2024,3,1]]}，“发布的“：{“日期部分”：[[2024,1,22]]}}}