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0K，Fiebig\u00a-0KM，Yee\u00a10DP，Thomas\u00a.0PD，Chan\u00aa0HS（1995）蛋白质折叠原理简单精确的模型。Protein Sci 4（4）：561\u2013602“，”journal-title“：”Protein Sci“}，{“key”：“2_CR14”，“volume-title”：“Using MPI2:message-passing interface的高级功能”，“author”：“W Gropp”，“year”：“1999”，“unstructured”：“Gropp\u00a0W，Lusk\u00a 0E，Thakur\u00a/0R（1999）Using MPI 2：message-passing interface.MIT Press，Cambridge”}，“key“：”2_CR15“，”doi-asserted-by“：”publisher“，”first page“：”358“，”doi“：”10.1007\/978-3-540-71618-1_40“，”volume“：“4331”，”author“：”F Hembecker“，”year“：”2007“，”unstructured“：”Hembecker\u00a0F，Lopes\u00a10HS，Godoy\u00a0 W\u00a 0Jr（2007）多维背包问题的粒子群优化。Lect Notes Compute Sci 4331:358\u2013365“，”journal-title“：”Lect Notess Compute Sci“}，{“key”：“2_CR16”，“unstructured”：“Krasnogor\u00a0N，Hart\u00a0 WE，Smith\u00aO J，Pelta\u00a 0DA（1999）蛋白质结构预测与进化算法国际遗传和进化计算会议论文集，加利福尼亚州圣马特奥，pp\u00a01596\u20131601“}，{“issue”：“17”，“key”：“2_CR17”，”doi-asserted-by“：“publisher”，“first 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Lopes“，”year“：”2008“，”unstructured“：”Lopes\u00a0HS（2008）蛋白质折叠问题的进化算法：综述和当前趋势。收录：《生物医学和生物信息学中的计算智能》，第\u00a0I卷。施普林格，海德堡，第297页\u2013315“｝，｛“密钥”：“2_CR21”，“doi断言者”：“出版商”，“首页”：“238”，“doi”：“10.1007\/11740698_21”，“卷”：“3871”，“作者”：“HS洛佩斯”，“年份”：“2005”，“非结构化”：“洛佩斯\u00a0HS，Scapin\u00a0MP（2005）使用2D疏水极性模型预测蛋白质结构的增强遗传算法。Lect Notes Compute Sci 3871:238\u2013246“，”journal-title“：”Lect Notess Compute Sci“}，{“key”：“2_CR22”，“doi-asserted-by”：“publisher”，“first page”：”154“，”doi“：”10.1007\/978-3-540-31996-2_15“，”volume“：”3448“，”author“：”MH Maruo“，”year“：”2005“，”unstructured“：”Maruu00a0MH，Lopes\u00a10HS，Delgado\u00a0 RB（2005）自适应进化参数：组合优化问题的编码方面。Lect Notes Compute Sci 3448:154\u2013165“，”journal-title“：”Lect Notess Compute Sci“}，{”issue“：”1“，”key“：”2_CR23“，”doi-asserted-by“：”publisher“，“first page”：“3”，”doi“：”10.1145\/272995“，”volume“：“8”，”author“：”M Matsumoto“，”year“：”1998“，”unstructured“：”Matsumoto\u00a0M，Nishimura\u00a 0T（1998年）Mersenne扭曲器：一个623维等分布均匀伪随机数生成器。ACM Trans Model Comput Simul 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