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P(1994年)RNA二级结构的快速折叠和比较。莫纳什化学125:167\u2013188。https:\/\/doi.org\/10.1007\/BF00818163“,”journal-title“:”Monatsh Chem“},{“key”:“330_CR26”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“first page”:”D148“,”doi“:”10.1093\/nar\/gkz896“,”volume“:”48“,“author”:”HY Huang“,”年份“:”2019“,”非结构化“:”黄HY、林YCD、李J、黄KY、Shrestha S、洪HC、唐Y、陈YG、靳CN、于Y、徐JT、李YM、蔡XX、周ZY、陈XH、裴YY、胡L、苏JJ、崔SD、王F、谢YY、丁SY、罗MF、周CH、常NW、陈KW、程YH、万XH、徐WL、李TY、魏FX、黄HD(2019a)miRTarBase 2020:实验验证的microRNA-target相互作用数据库更新。核酸研究48:D148\u2013D154。https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gkz896“,”journal-title“:”Nucl Acids Res“},{”key“:”330_CR27“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“2967”,“doi”:“10.2147\/OTT.S202528”,“volume”:“12”,“author”:“Y Huang”,“year”:“2019”,“unstructured”:“Huang Y,Zhang C,Zhou Y(2019b)LncRNA MIR100HG通过下调miR-204-5p促进喉癌中癌细胞的增殖、迁移和侵袭。Onco目标Ther 12:2967\u20132973。https:\/\/doi.org\/10.2147\/OTT。S202528“,”journal-title“:”Onco Targets Ther“},{”key“:”330_CR28“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first 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V、Tammana H、Gingeras TR(2007)RNA图谱揭示了新的RNA类别和普适转录的可能功能。《科学》316:1484\u20131488“,“期刊标题”:“科学”},{“关键字”:“330_CR31”,“doi-asserted-by”:“出版商”,“首页”:“D101”,“doi”:“10.1093\/nar\/gkz1036”,“卷”:“48”,“作者”:“D Karagkouni”,“年份”:“2020”,“非结构化”:“Karagkuni D,Paraskevopoulou MD,Tastsoglou S,Skoufos G,Karavangeli A,Pierros V,哈齐格奥尔股份公司Zacharopoulou E(2020年)DIANA-LncBase v3:对非编码转录物上实验支持的miRNA靶点进行索引。核酸研究48:D101\u2013D110。https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gkz1036“,”journal-title“:”Nucl Acids Res“},{”key“:”330_CR32“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”首页“:”D493“,”doi“:”10.1093\/nar\/gkh103“,”volume“:“32”,”author“:”D Karolchik“,”year“:”2004“,”unstructured“:”KarolchikD,Hinrichs AS,Furey TS,Roskin KM、Sugnet CW、Haussler D、Kent WJ(2004)UCSC表格浏览器数据检索工具。核酸研究32:D493\u2013D496。https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gkh103“,”journal-title“:”Nucl Acids Res“},{”key“:”330_CR33“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“455”,“doi”:“10.1093\/molbev\/mst209”,“volume”:“31”,“author”:“S Kehr”,“year”:“2014”,“unstructured”:“Kehr S,Bartschat S,Tafer H,Stadler PF,Hertel J(2014)灵魂伴侣的匹配:snoRNAs及其目标的共同进化。分子生物学进化31:455\u2013467。https:\/\/doi.org\/10.1093\/molbev\/mst209“,”journal-title“:”Mol-Biol Evol}“,{”key“:”330_CR34“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“996”,“doi”:“10.1101\/gr.229102”,“volume”:“12”,“author”:“WJ Kent”,“year”:“2002”,“unstructured”:“Kent WJ,Sugnet CW,Furey TS,Roskin KM,Pringle TH,Zahler AM,Haussler D(2002)UCSC的人类基因组浏览器。基因组研究12:996\u20131006。https:\/\/doi.org\/10.101\/gr.229102“,”journal-title“:”Genome Res“},{”key“:”330_CR35“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“1474”,”doi“:”10.1038\/s41588-018-0207-8“,”volume“:Kirk JM、Kim SO、Inoue K、Smola MJ、Lee DM、Schertzer MD、Wooten JSW、Baker AR、Sprague D、Collins DW、Horning CR、Wang S、Chen Q、Weeks KM、Mucha PJ、Calabrese JM(2018),长非编码RNA的功能分类(按$$K$-mer内容)。《自然遗传学》50:1474\u20131482。https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41588-018-0207-8“,”journal-title“:”Nat Genet“},{“key”:“330_CR36”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“first 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S,Tafer H,Stadler PF(2011)MicroRNA与否MicroRNA?In:de\u00a0Souza ON,Telles GP,Palakal MJ(eds)生物信息学和计算生物学进展,第六届巴西生物信息学研讨会,BSB 2011。柏林施普林格,计算机科学课堂讲稿,第6832卷,第1\u20139页。https:\/\/doi.org\/10.1007\/978-3642-22825-4_1“,”doi“:”10.1007\/9783-642-22825.4_1“},{“key”:“330_CR40”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“doi”:“10.1007\/s2010-020-03244-7”,“author”:“Y-Li”,“year”:“2020”,“unstructured”:“Li Y,Zhao,Liu W,Li X(2020)SNHG3作为miRNA海绵,通过代谢重编程促进乳腺癌细胞生长。Appl Biochem生物技术。https:\/\/doi.org\/10.1007\/s12010-03244-7“,”journal-title“:”Appl Biochem Biotech“},{”key“:”330_CR41“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“26”,“doi”:“10.1186\/1748-7188-6-26”,“volume”:“6”,”author“:”R Lorenz“,”year“:”2011“,”unstructured“:”Lorenz R,Bernhart SH,zu Siedersen HC,Tafer H,Flamm C、Stadler PF、Hofacker IL(2011年)维也纳RNA软件包2.0。藻分子生物学6:26。https:\/\/doi.org\/10.1186\/1748-7188-6-26“,”journal-title“:”Alg-Mol-Biol“},{”key“:”330_CR42“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“764”,”doi“:”10.1093\/btr011“,“volume”:“27”,“author”:“G Mar\u00e7ais”,“year”:“2011”,“unstructured”:“Mar\u0017ais G,Kingsford C(2011年)一种快速、无锁的方法,用于有效地并行计算$$k$$mers的出现次数。生物信息学27:764\u2013770。https:\/\/doi.org\/10.1093\/生物信息学\/btr011“,“journal-title”:“生物信息学”},{“key”:“330_CR43”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“首页”:“12960”,“doi”:“10.1038\/s41598-020-69791-5”,“卷”:“10”,“作者”:“TG Minchington”,“年份”:“2020”,“非结构化”:“Minchington TG,Griffiths-Jones S,Papalopulu N(2020)动态基因调控网络通过转录自动调节和microRNA反馈进行调节。科学报告10:12960。https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41598-020-69791-5“,”journal-title“:”Sci Rep“},{”key“:”330_CR44“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first-page“:”27“,”doi“:”10.1038\/s41559-016-0027“,”volume“:“1”,”author“:”Y Moran“,”year“:”2017“,”unstructured“:”Moran Y,Agron M,Praher D,Technau U(2017)动植物microRNA的进化起源。自然生态进化1:27。https://doi.org/10.1038\\s41559-016-0027”,“期刊标题”:“自然生态进化”},{“密钥”:“330_CR45”,“doi断言”:“出版商”,“首页”:“801”,“doi”:“10.1261\\rna.046342.114”,“卷”:“21”,“作者”:“Nitsche”,“年份”:“2015”,“非结构化”:“Nitsche A,Rose D,Fasold M,Reiche K,Stadler PF(2015)剪接位点的比较表明,长的非编码RNA在进化上非常保守。RNA 21:801\u2013812。https:\/\/doi.org\/10.1261\/rna.046342.114“,”journal-title“:”rna“},{“key”:“330_CR46”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“首页”:“402”,“doi”:“10.3389\/fendo.2018.00402”,“卷”:“9”,“作者”:“J O\u2019Brien”,“年份”:“2018”,“非结构化”:“O\u201 9Brien J,Hayder H,Zayed Y,Peng C(2018)MicroRNA生物发生、作用机制和循环概述。前内分泌9:402。https:\/\/doi.org\/10.3389\/fendo.2018.00402“,”journal-title“:”Front Endocrinol“},{“key”:“330_CR47”,“first page”:”2825“,“volume”::“12”,“author”:“F Pedregosa”,“year”:“2011”,“unstructured”:“Pedregosa F、Varoqueux G、Gramfort A、Michel V、Thirion B、Grisel O、Blondel M、Prettenhofer P、Weiss R、Dubourg V、Vanderplas JT、Passos A、Cournapeau D、Brucher M、Perrot M、Duchesnay\u00c9(2011)《Scikit-learn:蟒蛇中的机器学习》。J Mach Learn Res 12:2825\u20132830“,”journal-title“:”J Mach Learn Res“},{”key“:”330_CR48“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“1158”,”doi“:”10.1261\/rna.063438.117“,“volume”:“24”,“author”:“G Pianigiani”,“year”:“2018”,“unstructured”:“Pianigani G,Licastro D,Fortugno P,Castiglia D,Petrovic I,Pagani F(2018)剪接位点重叠microRNA外显子的微加工依赖性加工不会导致选择性剪接的改变。RNA 24:1158\u20131171。https:\/\/doi.org\/10.1261\/rna.063438.117“,“journal-title”:“rna”},{“key”:“330_CR49”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“first-page”:“841”,“doi”:“10.1093\/生物信息学\/btq033”,“volument”:“26”,“author”:“AR昆兰”,“year”:“2010”,“unstructured”:“昆兰AR,Hall IM(2010)BEDTools:一套用于比较基因组特征的灵活实用程序。生物信息学26:841\u2013842。https:\/\/doi.org\/10.1093\/生物信息学\/btq033“,”journal-title“:”生物信息学“},{”key“:”330_CR50“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“177”,“doi”:“10.1007\/978-1-62703-748-8_10”,“volume”:“1107”,“author”:“MD Sa\u00e7ar”,“year”:“2014”,“unstructured”:“Sa\u100e7ar MD,Allmer J(2014)用于微小RNA基因预测的机器学习方法。方法分子生物学1107:177\u2013187。https:\/\/doi.org\/10.1007\/978-1-62703-748-8_10“,”journal-title“:”Methods Mol Biol“},{”key“:”330_CR51“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“115”,“doi”:“10.1016\/j.sbi.2018.08.001”,“volume”:“53”,“author”:“A Sasse”,“year”:“2018”,“unstructured”:“Sasse A,Laverty KU,Hughes T,Morris QD(2018年)RNA结合蛋白的基序模型。当前操作结构生物53:115\u2013123。https:\/\/doi.org\/10.1016\/j.sbi.2018.08.001“,”journal-title“:”Curr Opin Struct Biol“},{”key“:”330_CR52“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“1987”,“doi”:“10.1016\/j.biochi.2011.05.026”,“volume”:“93”,“author”:“MS Scott”,“year”:“2011”,“unstructured”:“Scott MS,Ono M(2011)从snoRNA到miRNA:双功能调节性非编码RNA。生物化学93:1987\u20131992。https:\/\/doi.org\/10.1016\/j.biochi.2011.05.026“,”journal-title“:”Biochimie“},{”key“:”330_CR53“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“e1000507”,“doi”:“10.1371”journal.pcbi.1000507“,”volume“5”,“author”:“MS Scott”,“year”:“2009”,“unstructured”:“Scott MS,Avolio F,Ono M,Lamond AI,Bart关于GJ(2009)具有盒H\/ACA snoRNA特征的人类miRNA前体。PLoS计算机生物学5:e1000507。https:\/\/doi.org\/10.1371 \/journal.pcbi.1000507“,”journal-title“:”PLoS Compute Biol“},{”key“:”330_CR54“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“23”,“doi”:“10.3390 \/ncrna3030023”,”volume“:3”,“author”:“R Sen”,“year”:“2017”,“unstructured”:“Sen R,Doose G,Stadler PF(2017)长非编码RNA中罕见的剪接变体非编码RNA 3:23。https:\/\/doi.org\/10.3390\/ncrna3030023“,”journal-title“:”Non-coding RNA“},{“key”:“330_CR55”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“first page”:”438“,”doi“:”10.1093\/nar\/gkr722“,”volume“:”40“,”author“:”CR Sibley“,”year“:”2012“,”unstructured“:”Sibley CR,Seow Y,Saayman S,Dijkstra KK,El Andaloussi S、Weinberg MS、Wood MJ(2012)源于mirtron的哺乳动物microRNA的生物发生和特征。核酸研究40:438\u2013448。https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gkr722“,”journal-title“:”Nucl Acids Res“},{”key“:”330_CR56“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“325”,”doi“:”10.1007\/0-387-2773-1_12“,“volume-title”:“分子进化中的统计方法”,“author”:“A Siepel”,“year”:“2005”,“unstructured”:“Siepel A,Hausler D(2005)系统发育隐马尔可夫模型。摘自:尼尔森R(ed)《分子进化中的统计方法》。纽约州施普林格,第325\u2013351页。https:\/\/doi.org\/10.1007\/0-387-27733-1_12“},{”key“:”330_CR57“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first-page“:”10405“,”doi“:”10.1093\/nar\/gky696“,”volume“:“46”,”author“:”Q Sun“,”year“:”2018“,”unstructured“:”Sun Q、Tripathi V、Yoon JH、Singh DK、Hao QH、Min KW、Davila S、Zealy W、Li XL、Polycarpou-Schwarz M、Lehrmann E、Zhang Y、Becker KG、Freier SM、Zhu Y、Diederichs S、Prasanth SG、La A、Gorospe M、Prasath KV(2018)MIR100宿主基因编码lnnas通过调节HuR与其靶mRNA之间的相互作用来调节细胞周期。核酸研究46:10405\u201310416。https:\/\/doi.org\/10.1093\/nar\/gky696“,”journal-title“:”Nucl Acids Res“},{”key“:”330_CR58“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“8055”,“doi”:“10.2147\/CMAR.S214569”,“volume”:“11”,“author”:“Y Sun”,“year”:“2019”,“unstructured”:“Sun Y,Jia X,Wang M,Deng Y(2019)长非编码RNA MIR31HG消除了肿瘤抑制因子microRNA-361对骨肉瘤生长的可用性。癌症管理研究11:8055\u20138064。https:\/\/doi.org\/10.2147\/CMAR。S214569“,”journal-title“:”Cancer Manag Res“},{”key“:”330_CR59“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first-page“:”901“,”doi“:”10.3389\/fonc.2019.00901“,”volume“:“9”,”author“:”S Tamang“,”year“2019”,“unstructured”:“Tamang S,Acharya V,Roy D,Sharma R,Aryaa A,Sharma U,Khandelwal A,Prakash H,Vasquez KM,Jaja A(2019年)SNHG12:一种lncRNA,作为人类癌症的潜在治疗靶点和生物标记物。前Oncol 9:901。https:\/\/doi.org\/10.3389\/fonc.2019.00901“,”journal-title“:”Front 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W(2013)”CPAT:使用无对齐逻辑回归模型的编码潜力评估工具。核酸研究41:e74。https://doi.org/10.1093\/nar\/gkt006“,”期刊标题:“核酸研究”},{“密钥”:“330_CR63”,“doi断言者”:“出版商”,“首页”:“805”,“doi”:“10.1038\/s41419-018-0869-2”,“卷”:“9”,“作者”:“S Wang”,“年份”:“2018”,“非结构化”:“Wang S,Ke H,Zhang H,Ma Y,Ao L,Zou L,Yang Q,Zhu H,Nie J,Wu C,焦B(2018)LncRNA MIR100HG通过p27位点的三联体形成促进三阴性乳腺癌细胞增殖。细胞死亡疾病9:805。https:\/\/doi.org\/10.1038\/s41419-018-0869-2“,”journal-title“:”Cell Death Dis“},{”key“:”330_CR64“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“151”,”doi“:”10.1182\/bloadvances.201700668“,”volume“:2”,”author“:”WA Warner“,”year“:”2018“,”unstructured“:”Warner WA,Spencer DH,Trissal M,White BS,Helton N,Ley TJ,Link DC(2018)snoRNAs在正常造血和AML中的表达谱。血液进展2:151\u2013163。https:\/\/doi.org\/10.1182\/bloadvances.2017006668“,”journal-title“:”Blood Adv“},{“key”:“330_CR65”,“doi-asserted-by”:“publisher”,“首页”:“7693”,“doi”:“10.1002\/cam4.2622”,“卷”:“8”,“作者”:“H Yang”,“年份”:“2019”,“非结构化”:“Yang H,Jiang Z,Wang S,Zhao Y,Song X,Xiao Y,Yang S(2019)消化道癌症中长的非编码小核仁RNA宿主基因。《癌症医学》8:7693\u20137704。https:\/\/doi.org\/10.1002\/cam4.2622“,”journal-title“:”Cancer Med“},{“key”:“330_CR66”,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“542”,”doi“:”10.1038\/s41556-019-0311-8“,”volume“:”21“,”author“:”RW Yao“,”year“:”2019“unstructured”:“Yao RW,Wang Y,Chen LL(2019)long noncoding RNAs的细胞功能。Nat Cell Bio l 21:542\u2013551。https://doi.org/10.1038\\s41556-019-0311-8“,”期刊标题“:”Nat Cell Biol“},{”键“:”330_CR67“,”doi断言“:”出版商“,”doi“:”10.1002\/jcp.28143“,”作者“:”W Zhao“,”年份“:”2019“,”非结构化“:”Zhao W,Ma X,Liu L,Chen Q,Liu Z,Zhang Z,Ma S,Wang Z,Li H,Wang Z,Wu J(2019)SNHG20:多种人类癌症中的重要lncRNA。细胞生理学杂志。https:\/\/doi.org/10.1002\/jcp.28143“,”期刊标题“:”J Cell Physiol“},{”key“:”330_CR68“,”doi断言“:”出版商“,”首页“:”244“,”doi“:”10.1002\/biof.1478“,”卷“:”45“,”作者“:”Q Zhu“,”年份“:”2019“,”非结构化“:”Zhu Q,Yang H,Cheng P,Han Q(2019)肝细胞癌中编码snoRNAs的lncRNAs预后价值的生物信息学分析。生物因子45:244\u2013252。https:\/\/doi.org\/10.1002\/biof.1478“,”journal-title“:”BioFactors“},{”key“:”330_CR69“,”doi-asserted-by“:”publisher“,”first page“:“389”,”doi“:”10.3389\/fonc.2020.00389“,“volume”:“10”,“author”:“AA Zimta”,“year”:“2020”,“unstructured”:“Zimta AA,Tigu AB,Braicu C,Stefan C,Ionescu C,Berindan-N伊格尔一世(2020)一类新出现的具有致癌作用的长非编码RNA来自snoRNA宿主基因。前Oncol 10:389。https:\/\/doi.org\/10.3389\/fonc.2020.00389“,”journal-title“:”Front 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