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作者须知

日记账的范围

作者

ORCID ID

潜在利益冲突的披露

文章类型

简化的提交

基本格式指南

提交前的语言编辑

开放式访问

日志策略

乳胶

日记账的范围

合成生物学(SYNBIO)涵盖合成生物学的所有方面;包括数学建模和实际工程领域的论文。

这包括遗传系统、人工基因网络、遗传电路设计、计算方法、病毒工程、细胞设计和构建、组装平台、DNA合成、合成宏基因组学、通路构建、基因优化、蛋白质工程、代谢工程、程序进化、细胞制造、,数学建模和工程过程。

该杂志的目的是为原创研究论文、评论、评论、实际项目报告提供论坛,并为深入讨论合成生物学相关主题提供场所。

作者

作者仅限于对所述作品的设计和执行做出重大贡献的人。任何参与不符合作者标准的贡献者都应得到认可,但不应被列为作者。有关作者身份的详细定义,请参阅国际医学期刊编辑委员会(ICMJE)定义作者和贡献者。

《华尔街日报》不允许鬼作者,即一位未署名的作者在撰写文章时没有署名,也不允许嘉宾/礼物作者身份,即一个贡献很少或没有贡献的作者被列为作者。《华尔街日报》关注出版伦理委员会(COPE)指导调查和解决这些案件。有关更多信息,请参阅OUP出版道德第页.

人工智能(AI)驱动的自然语言处理工具不符合作者资格,《华尔街日报》将在作者列表中对其进行筛选。人工智能的使用(例如,帮助生成内容或图像、编写代码、处理数据或进行翻译)应在给编辑的求职信和手稿的方法或确认部分中披露。请参阅COPE立场声明有关Authorship和AI的更多详细信息。

提交手稿后,除非有实质性原因,否则不得更改作者身份(包括作者名单、作者顺序和指定的对应作者)。编辑和所有合著者必须就更改达成一致,《华尔街日报》和出版商均不得调解作者身份争议。如果个人无法就提交的手稿的作者达成一致,请联系编辑部synbio.editorialoffice@oup.com。必须在个人及其机构之间解决争议,然后才能接受手稿出版。如果论文被接受后出现作者争议或更改,请联系OUP的作者支持团队。COPE提供指导为作者解决著作权纠纷。

提交后,只有在有实质性理由的情况下,才允许更改指定的通讯作者。为免生疑问,不允许更改通讯作者以获得阅读和出版资金。有关读取和发布资金的更多信息,请参阅开放式访问第节。

组作者身份

符合作者标准的组(也称为公司、组织或集体名称)应包括在主要作者列表中。小组中的每个人都应该完全符合作者的标准。在同侪审查和制作过程中,以及出版后的通信过程中,必须指定至少一名个人代表集团作为主要联系人。如果需要,您可以在主要作者列表中单独列出此人。团队成员的完整名单必须包含在“致谢”项下的手稿中。

将为PubMed引文输入组名称。小组成员的姓名将按照论文发表的顺序作为PubMed引文的合作者姓名输入。如果一个人在主要作者列表中同时被命名为小组成员,他们将在PubMed中同时作为作者和合作者出现。

ORCID ID

合成生物学支持ORCID为研究人员创建唯一标识符。我们相信,数字技术的重大进步将来自链接的开放数据,将正确的科学家与正确的输出联系起来是这一过程的一部分。我们强烈建议作者注册ORCID,并向我们提供他们的标识符,以便我们可以链接到它。您可以在提交期间通过ScholarOne注册,或登录ORCID.org公司.访问本页了解更多信息。

合成生物学要求提交作者在提交给期刊时提供ORCID ID。更多信息以及使用ORCID ID的好处。如果您还没有ORCID ID,可以通过ORCID免费注册网站.

潜在利益冲突的披露

作者

该杂志要求所有作者在提交时披露任何潜在的利益冲突。通讯作者有责任确保所有作者的利益冲突都向《华尔街日报》公布。

当个人的地位、活动或关系(无论是直接还是间接、财务还是非财务)可能影响或被视为影响个人的观点或活动时,就存在利益冲突。有关更多信息,请参阅OUP定义利益冲突。《华尔街日报》紧跟COPE指导在同行评审、制作或出版后出现的任何未公开的利益冲突。

同行评审员

与提交的手稿存在利益冲突的个人应回避,不得被指派监督、处理或同行审查手稿。

如果在同侪审查期间,编辑、审稿人或作者意识到之前不知道或未披露的利益冲突,他们必须立即通知总编辑。

编辑和编辑委员会成员

首次提交时,通讯作者必须声明该杂志的主编、编辑或编辑委员会成员是否是手稿的作者或投稿人。另一位没有利益冲突的编辑将监督同行评审和决策过程。如果被接受,论文中将发表一份声明,描述手稿是如何处理的。声明如下:“[作者姓名]担任[角色]合成生物学并且没有对本论文进行同行评审或做出任何编辑决定。"

文章类型

研究文章:与范围相关的重要原创研究报告合成生物学,通常不超过10000个单词。

评论文章:介绍并更新某一特定领域的最新进展,非该学科直接工作的研究人员可以访问这些进展。首选篇幅约5000字、参考文献少于100篇的短格式论文。一般会邀请评论文章;鼓励在提交未经请求的评论稿件之前进行预提交查询。

简短通信:这些是简短的研究文章(最多2000字),报告合成生物学界感兴趣的新工具、资源、方法、设备或平台。这些文章不需要描述他们引入的工具的特定应用,也不需要解决特定的工程挑战。相反,他们的重点应该放在对技术的描述上,以使其他人能够使用它。文章应该像研究文章一样组织,除了结果和讨论之外,还可以结合起来。

数据集集合:描述可能伴随表型数据的DNA序列集合的文章。数据集文章的重点是描述数据集,包括数据收集协议、实验设计和数据结构。数据集需要以计算机可读的格式提供。数据集文章不包括任何数据分析。可以发布数据集以补充先前发布的文章中提供的信息,也可以在发布数据的广泛分析之前发布数据集。

软件:简短文章,通常不超过5000字,介绍和描述与该领域相关的新计算资源。这可能包括独立软件、软件库、web服务和数据库。考虑纳入这一类别的文章将根据实现的质量、可用性和可用性而非基础计算方法的新颖性进行评估。依赖创新算法的计算资源应作为研究文章提交。

教育类:教育文章可以包括历史回顾、实用教程、YouTube视频汇编、课程描述以及iGEM或DIYBio项目报告。教育类文章应达到2500字。一般邀请教育类文章;在提交未经请求的教育手稿之前,鼓励在提交前进行查询。

视角:观点对合成生物学界感兴趣的一个重要研究相关主题提出了个人独到的见解,而不是对该主题进行平衡的回顾。其目的应该是激发辩论或新研究,涵盖有争议的主题,或为旧问题或当前问题提供新框架或解释,或推测某些最近研究的含义。尽管Perspectives文章可能比Reviews更具“前瞻性”,但作者应避免过度投机。视角不应超过2000个单词和25个参考文献。

会议文章:会议文章是根据最初在一个或多个会议记录中发表的想法编写的。提交的文件不应是会议文件的逐字副本,尽管提交的结果可能是相同的。提交文件应注明并提供论文所依据的会议文章的副本。提交会议文章需要一封附信来解释合成生物学提交文件和会议出版物之间的关系,强调会议出版物中没有介绍或包含的内容。

合成生物学新闻:向非专业读者介绍最近发表的论文或预印本中报道的合成生物学新发展的短文(通常为500字)。这些物品是委托制造的。

建议的最大字数不包括摘要和参考文献。

简化的提交

合成生物学有一个简化的流程来避免不必要的工作。请将您的手稿提交到期刊的在线提交系统。

关于如何使用在线提交系统可用。

要联系编辑部,请发送电子邮件synbio.editorialoffice@oup.com.

提交时,作者应以pdf或word文档格式上传其作品。通过在线投稿系统。如果你用LaTeX写了你的手稿,并且它被接受出版,你将被要求在你的手稿被发送到制作团队之前上传你的源文件。

基本格式指南

合成生物学正在使用双重发布模型。文章首先以其认可的形式出版(标记为“认可的手稿”),随后被最终版本取代(标记为‘更正的证据’)。因此,重要的是,手稿在提交阶段应符合以下要求,以便读者能够清楚地阅读接受形式的文章。稿件应按以下顺序订购:

(i)标题页
请在第一页上包括论文标题、作者姓名以及用于将作者与其所属单位匹配的上标数字、作者所属单位列表和相应作者的电子邮件地址。对应的作者应标有星号(*)。如果有多个通讯作者,请提名一位与编辑部沟通。

(ii)摘要和关键词
请在新的页面上包含你的摘要和关键词列表。我们建议摘要的最大长度为250个单词。请避免在摘要中引用参考文献和缩写。请列出最多五个关键字/短语,用分号分隔。

(iii)主要文本
请在新的一页上开始你文章的正文。研究文章最好分为以下几个部分:

  1. 介绍
  2. 材料和方法
  3. 结果
  4. 讨论(此部分有时可以与结果部分结合使用)

也允许使用二级标题,并应相应编号,例如2.1试剂。

(iv)材料可用性声明

作者必须包括材料可用性声明,以提供有关文章中所述材料和资源可用性的信息,包括可用性或使用方面的任何限制,例如材料转让协议。我们建议使用未结物料转移协议如果材料受到非标准MTA的约束,建议作者将MTA模板作为补充材料上传为“供审查的补充文件”。

强烈建议提交描述质粒的手稿的作者考虑将其存放在Addgene(非盈利质粒库)。Addgene接受发表前的存款,以便质粒可以在文章发表的同时请求。有关更多信息,请访问材料共享政策标题。

(v)数据可用性声明

请包括一份符合我们的数据可用性声明数据可用性策略例如:SYNBIO在线提供的补充数据;可从doi:10.5061/dryad获得数据。XXXX年;数据可从GEO系列登录号GSE123456和Proteome Xchange数据库PXD1234567获得;数据不公开.

作者被要求在提交时填写在线数据可用性检查表,该检查表附在稿件后供审稿人和编辑使用。的副本数据可用性检查表供参考。

如果数据集有DOI,请在文本中引用数据,并将引用放在参考部分。如果您的补充数据包含在文章的在线补充中,请将所有相关文件作为“补充文件供审查”提交。在这种情况下,如果适用,请引用手稿中的补充文件。

(vi)确认(如有)

所有不符合作者标准的贡献者应在“致谢”部分列出。

(vii)资金(如有)

请向您的资助组织咨询,以获得认可其支持的正确方式。

(viii)利益冲突披露

如果您没有要披露的利益冲突,请包括以下声明:“作者没有报告潜在的利益冲突。”如果确实存在利益冲突,请包括冲突的详细信息。

(ix)工具书类

参考文献应按数字顺序作为尾注提供,并在括号内提供文本提示,例如(1)。作者对其引用的准确性负责。期刊文章、书籍章节和在线来源的参考格式示例如下:

  1. Hockenbery,A.J.和Jewett,M.C.(2012)《体外合成电路》。货币。操作。化学。生物。, 16, 253–259.
  2. Freitas,F.、Alves,V.和Reis,M.M.《细菌多糖:生产和在化妆品工业中的应用》。收录:Ramawat,K.G.和Mérillon,J.(编辑)。多糖。Springer International Publishing,Cham,2014年,第1-24页。
  3. CRNSimulator Mathematica包。http://users.ece.utexas.edu/soloveichik/crnsimulator.html(2017年3月20日,上次访问日期)。

(x)桌子

以可编辑格式(如Microsoft Word、Excel或PowerPoint)提供任何表格,而不是以图像文件的形式提供。避免过度拥挤和过度格式化,例如使用发布的web版本中没有复制的颜色和阴影,以及使用标签间距来指示对齐。确保表格脚注中解释了任何格式或上标符号,如星号。提供的所有表格均应在文章正文中引用。

(十一)数字

在首次提交时,数字可以放在作者认为最好的地方,但应足够大,以便阅读,并包括标题。您需要在修订阶段提交高分辨率图像,并且主文档末尾必须包含图形图例列表。尽量避免数字中不必要的混乱。请使用常用的图形格式(例如pdf、eps、gif、tif、jpg)。请确保您已获得使用任何数字的必要权限。

图辅助功能和alt文本

在提交论文时加入替代文本有助于培养包容性和可访问性。好的alt文本可以确保有视觉障碍的人或使用屏幕阅读器的人能够理解你的数字的内容和上下文。alt文本的目的是为你的图形提供简明且信息丰富的描述,以便所有读者都能获得相同水平的信息和理解,并且所有人都能参与到学术内容中不可或缺的视觉元素中并从中受益。包含alt文本表明了对可访问性的承诺,并增强了您工作的整体影响和影响力

Alt text适用于所有图像、图形、插图和照片。 

Alt文本只能通过电子阅读器访问,因此它不会出现在排版文章中。 

关于如何起草和提交备选文本的详细指导

(十二)在线补充(如有)

在线补遗最好以一个PDF文件的形式提供,其中包含的信息对于包含在手稿正文中并不重要,但对读者有益,该补遗将由期刊在线发布,并与手稿链接。

材料不应是理解文章所必需的,而应与文章内容相关。支持材料可能包括更详细的方法、附加数字、数学推导或支持或补充文章的任何其他信息。在线补遗中的数字、表格、方程式应编号为图S1、表S2,并在手稿中引用。

论文被接受后,在线增刊不能更改或替换,也不会被编辑。

在线补遗不应包括原始补充数据,这些原始补充数据应按照数据共享政策的规定,在单独的文件中提供。

(十三)视频(如果有)
视频可以发布在在线文章中,视频的静止图像会出现在打印版本中。请提交MP4格式的视频。打印版本中使用的静止图像应尝试代表视频的主要主题。任何你不想包含在文章中的补充视频都可以作为补充数据上传。所有视频都应附带图例。

(十四)图形摘要
除了文本摘要外,作者还需要提交一份图形摘要或视频摘要作为文章的一部分。图形/视频摘要应清楚总结文章的重点和发现,并将作为文章的一部分在线发布和PDF格式。图形/视频摘要应作为单独的文件提交给同行审查,并在期刊的在线提交系统中选择适当的文件类型名称。文件应明确命名,例如graphical_abstract.tiff、video_abstract.mp4。请参阅准备并提交您的手稿有关图形和视频的适当文件格式和分辨率的指导,请参见第页。请注意,图形摘要将收取期刊对彩色数字征收的任何印刷复制费用。

(十五)概述
请在第一次出现时定义非标准缩写,并连续编号数字和表格。整个手稿应该是双倍行距,最小字体为12磅。段落应该缩进。

修改后,论文最好以可编辑的文件格式提交。数字应作为单独的高分辨率文件提交。

提交前的语言编辑

语言编辑,尤其是如果英语不是你的母语,可以用来确保期刊编辑和审稿人完全理解你论文的学术内容。编辑好的手稿仍需要进行正常的同行审查。

开放式访问

合成生物学是一种完全开放存取的期刊,所有文章在出版后立即在该期刊上以开放存取许可证的形式发表。您需要支付开放访问费用才能根据开放访问许可证进行发布。

开放获取许可证和开放获取费用的详细信息.

CC BY、CC BY-NC、CC BY-NC-ND许可证-3250美元
CC BY,CC BY-NC,CC BY-NC-ND许可证-合成生物学新闻文章-0美元

基于的通讯作者国家和地区,这是发展中国家倡议有资格在我们的完全开放存取期刊中完全免除出版费用。有关更多详细信息,请参阅我们的APC豁免政策.

OUP与为开放存取出版提供资金的机构和财团签订了越来越多的阅读和出版协议。这意味着来自参与机构的作者可以公开访问,机构可以支付费用。了解您的机构是否参与.

弃权请求

低于合成生物学完全开放存取模式该杂志的成本主要由作者出版费(而非订阅费)支付。合成生物学对于发展中国家的作者和其他真正经济困难的作者免除开放获取费用,预算很小。然而,豁免的资金是有限的,因为如果没有作者收费收入来支付其成本,该杂志将无法持续。合成生物学编辑希望合成生物学如果有能力的话,将通过支付出版费用来支持该杂志的开放存取模式。

一般来说,拥有上述“支付出版费用的资金”一节中所述资金来源的作者提出的弃权请求不予考虑。

希望提交弃权请求的作者应发送电子邮件openaccess@oup.com在提交手稿时引用他们请求弃权的理由。有关OUP APC豁免政策的更多详细信息,请参阅在这里如上所述,我们对OUP发展中国家倡议中的发展中国家作者制定了特殊的出版收费政策;例如,所有位于列表A国家的通讯作者将自动获得完全豁免。

乳胶

请参阅下一页有关LaTeX文件和格式的指导以及OUP LaTeX模板。 

有关使用LaTeX的更多信息在这里.

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