微生物多样性和生命之树MBE公司

在里面SMBE成立40周年

随着庆祝SMBE期刊40周年的继续，这一虚拟期刊包含了MBE发表的一些与微生物多样性和生命树相关的论文。

外显子延伸为编码蛋白增加了内在无序区域并促进了最后一个真核共同祖先的出现

福智聪等人

分子生物学与进化，第40卷，第1期，2023年1月，msac272，https://doi.org/10.1093/molbev/msac272

大多数原核蛋白质由一个单一结构域（SD）组成，很少有本身不采用稳定结构的内在无序区域（IDR），而典型的真核蛋白质由多个SDs和IDR组成。真核蛋白质是如何进化而不同于。。。

替代模型选择对蛋白质祖先序列重建的影响

罗伯特·德尔·阿帕罗和米盖尔·阿里纳斯

分子生物学与进化，第39卷，第7期，2022年7月，msac144，https://doi.org/10.1093/molbev/msac144网址

选择最合适的分子进化替代模型是系统发育推断的传统步骤，包括祖先序列重建（ASR）。然而，最近的一些研究表明，应用该程序不会影响系统发育树的准确性。。。

透过核糖体生物发生进化史的透镜看：对考古系统发育和真核生物发生的可能意义

迈克尔·朱特纳和塞巴斯蒂安·费雷拉-科尔卡

分子生物学与进化，第39卷，第4期，2022年4月，msac054，https://doi.org/10.1093/molbev/msac054

在过去十年中，我们对微生物多样性及其进化关系的理解有了很大提高。这种理解在很大程度上得益于非培养的宏基因组学分析。然而，其中一些研究的结果及其生物学和。。。

细菌和古生菌的系统发育信号、一致性和不确定性

卡罗莱纳州A Martinez-Gutierrez和Frank O Aylward

分子生物学与进化，第38卷，第12期，2021年12月，第5514–5527页，https://doi.org/10.1093/molbev/msab254

重建生命之树是生物学的中心目标。尽管最近发现了许多新的细菌门和古菌门，但经常报告不一致的系统发育关系，许多门间和结构域间的进化关系仍不清楚。。。

在生命进化中协调古丝酵母与真核生物和浮游菌的系统发育接近性细胞特征

达米安·佩·德沃斯

分子生物学与进化，第38卷，第9期，2021年9月，第3531–3542页，https://doi.org/10.1093/molbev/msab186网址

生命的三个领域——古生菌、细菌和真核生物——之间的关系是生物学上最大的谜团之一。目前流行的模型暗示了细菌和古生菌这两个祖先领域，真核生物起源于古生菌。这种类型的模型得到了最近。。。

古菌-细菌结构域分离的新分析：可变系统发育距离和早期进化的时间

Sarah J Berkemer和Shawn E McGlynn

分子生物学与进化，第37卷，第8期，2020年8月，第2332–2340页，https://doi.org/10.1093/molbev/msaa089

比较基因组学和分子系统发育学是理解生物进化的基础。尽管已经进行了许多旨在了解早期生命基因组内容的研究，但仍存在不确定性。Weiss等人的研究（Weiss MC，Sousa FL，Mrnjavac N，Neukirchen。。。

系统发育学模型选择中信息标准的应用

爱德华·苏斯科和安德鲁·罗杰

分子生物学与进化，第37卷，第2期，2020年2月，第549–562页，https://doi.org/10.1093/molbev/msz228

信息准则Akaike信息准则（AIC）、AICc和贝叶斯信息准则（BIC）被广泛用于系统发育学中的模型选择，然而，在这种背景下，它们的理论合理性和性能没有得到仔细的检验。在这里，我们调查这些。。。

元基因组组装基因组的高质量生产和大规模进化分析的计算框架

博什特詹·穆洛维奇等人

分子生物学与进化，第37卷，第2期，2020年2月，第593-598页，https://doi.org/10.1093/molbev/msz237

微生物物种在不同的环境中发挥着重要作用，而从宏基因组数据集生成高质量的基因组是理解其生态和进化动力学的主要障碍。Metagenome-Assembled Genomes Orchestra（MAGO）是一个计算框架。。。

反向回旋酶的进化暗示了一个非嗜热的最后通用祖先

Ryan J Catchpole和Patrick Forterre

分子生物学与进化，第36卷，第12期，2019年12月，第2737–2747页，https://doi.org/10.1093/molbev/msz180

反旋回酶（RG）是唯一一种在高温生物中普遍存在的蛋白质，但在介细胞中不存在。因此，它的存在与否让我们能够推断出有关长期灭绝生物的最佳生长温度的信息，即使是最后一个普遍存在的生物。。。

PhyloToL：一条探索不同真核生物基因组进化的分类单元/基因丰富的系统发生管道

Mario A Cerón-Romero等人

分子生物学与进化，第36卷，第8期，2019年8月，第1831–1842页，https://doi.org/10.1093/molbev/msz103网址

估计多序列比对（MSA）和推断系统发育对于比较生物学的许多方面都是至关重要的。然而，许多用于此类分析的生物信息学工具都集中在特定的分支上，其中最受关注的是植物、动物和真菌。…的快速增长。。。

神秘门Telonemia的新系统发育分析进一步解析了真核生物的生命树

Jürgen F H Strassert等人

分子生物学与进化，第36卷，第4期，2019年4月，第757-765页，https://doi.org/10.1093/molbev/msz012

真核生物大尺度树的分辨率不断提高，但几个主要类群的进化起源仍然未知。解决这些“孤儿”群体的系统发育位置非常重要，特别是那些起源于进化早期的群体，因为它们代表着。。。

时间树：时间线、时间树和分歧时间的资源

Sudhir Kumar等人

分子生物学与进化，第34卷，第7期，2017年7月，第1812-1819页，https://doi.org/10.1093/molbev/msx116

物种分化时间的进化信息是研究生物多样性、发展和疾病的基础。在过去的五十年里，分子年代测定提高了我们对物种差异时间模式的理解，由于。。。

真核祖先具有复杂的泛素信号系统

Xavier Grau-Bové等人

分子生物学与进化，第32卷，第3期，2015年3月，第726–739页，https://doi.org/10.1093/molbev/msu334网址

真核细胞的起源是生命史上最重要的转变之一。然而，对真核生物的出现和早期进化仍知之甚少。最近的数据表明，最后一个真核生物共同祖先（LECA）比以前复杂得多。。。

利用线粒体和细菌蛋白质生根真核树

罗曼·德雷尔和B.弗兰兹·朗

分子生物学与进化，第29卷，第4期，2012年4月，第1277–1289页，https://doi.org/10.1093/molbev/msr295

通过利用大量基因组数据和系统发育方法学的重大进展，最近的系统发育学研究为主要真核生物群之间的关系提供了新的见解。然而，真核生物根的可靠定位仍然是一个重大挑战。这是。。。

生根核糖体生命树

Gregory P.Fournier和J.Peter Gogarten

分子生物学与进化，第27卷，第8期，2010年8月，第1792-1801页，https://doi.org/10.1093/molbev/msq057

遗传密码的起源和生命树的生根是生命早期进化研究中最具挑战性的两个问题。虽然两者都是使用各种方法进行的众多调查的焦点，但到目前为止，每个问题都已得到解决。。。

纤毛虫基因组结构驱动蛋白质进化

Rebecca A.Zufall等人

分子生物学与进化，第23卷，第9期，2006年9月，第1681–1687页，https://doi.org/10.1093/molbev/msl032

对微生物真核生物的研究在发现生物现象方面发挥了关键作用，包括RNA编辑、自剪接RNA和端粒添加。在这里，我们通过证明基因组结构，即在某些情况下对体细胞（宏核）基因组的广泛处理，来扩展这个列表。。。

现代mRNA的校对和修复：最后的通用祖先拥有RNA基因组的线索？

安东尼·普尔和德里克·洛根

分子生物学与进化，第22卷，第6期，2005年6月，第1444-1455页，https://doi.org/10.1093/molbev/msi132网址

RNA修复现已被证明是一个真正的生物过程，似乎存在于生命的所有三个领域。在本文中，我们考虑这对于从早期以RNA为主导的世界向拥有基因编码蛋白质和DNA的现代细胞的转变意味着什么。。。

自由生活原生物RNA聚合酶II基因的分析：系统发育、长分支吸引和真核生物大爆炸

Joel B.Dacks等人

分子生物学与进化，第19卷，第6期，2002年6月，第830-840页，https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004140

主要真核生物原生动物谱系之间的系统发育关系在很大程度上是不确定的。重建真核生物系统发育的两个重要障碍是长枝吸引效应和自由生活原生动物分类单元采样不足。我们已经获得并分析了基因序列。。。

古细菌姐妹群？古代系统发育树重建文物的指示。

H Brinkmann和H Philippe

分子生物学与进化，第16卷，第6期，1999年1月1日，第817–825页，https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026166

54-kDa信号识别颗粒和受体SRα是参与蛋白质共翻译易位的两种蛋白质，它们是并行的。它们起源于在最后一个宇宙共同祖先之前发生的基因复制，使人能够在宇宙生命树上生根。。。

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