GBE推理方法|中小企业期刊|牛津学术

OrthoPhy：一个利用分类信息构建正交数据集的程序

渡边富崎等人

基因组生物学与进化，第15卷，第3期，2023年3月，evad026，https://doi.org/10.1093/gbe/evad026

物种系统发育树代表了生物体的进化过程，是进化研究的基础。因此，开发了新的方法来获得更可靠的物种系统发育树。一种高度可靠的方法是基于基因序列信息构建同源数据集，然后用于推断物种系统发育树。

Champagne：使用大基因组指数进行无同源性推断的全基因组系统发育特征矩阵自动化方法

James K Schull等人

基因组生物学与进化，第14卷，第3期，2022年3月，evac013，https://doi.org/10.1093/gbe/evac013

我们提出香槟，一种利用大基因组indel事件生成系统发育分析特征矩阵的全基因组方法。通过严格挑选同源基因并定位大型插入和缺失事件，香槟提供了一个特征矩阵，与形态学和基于核苷酸的矩阵相比，该矩阵大大减少了同源性。。。

HuConTest：在巨猿样本中检测人类污染

Martin Kuhlwilm等人

基因组生物学与进化，第13卷，第6期，2021年6月，evab117，https://doi.org/10.1093/gbe/evab117

现代人类污染是古代DNA研究中常见的问题。我们提供的证据表明，这一问题也存在于大猩猩的研究中，例如在非侵入性样本中，大猩猩是我们最亲近的亲属。

有限源可用性下基于染色体绘制的局部祖先推断管道

Ludovica Molinaro等人

基因组生物学与进化，第13卷，第4期，2021年4月，evab025，https://doi.org/10.1093/gbe/evab025

当代个体是从属于多个群体的祖先遗传下来的遗传片段的组合，是迁移和混合的结果。分离和表征这些层对理解特定群体的遗传历史至关重要。

用BLUR检测蛋白质和亚蛋白水平的差异保护模式

奥黛丽·笛福等人

基因组生物学与进化，第13卷，第1期，2021年1月，evaa248，https://doi.org/10.1093/gbe/evaa248

在多组学时代，基于基因库比较的比较基因组学研究越来越多地用于研究物种的进化历史、研究基因型-表型关系、物种对不同环境的适应，或使用系统发育分析预测基因功能。

基准正交组推断准确性：重新审视Orthobench

David M Emms和Steven Kelly

基因组生物学与进化，第12卷，第12期，2020年12月，第2258–2266页，https://doi.org/10.1093/gbe/eva211

Orthobench是评估正交组推理方法准确性的标准基准。它包含70个专家管理的参考正交组（RefOG），跨越了Bilateria，涵盖了正交组推理的一系列不同挑战。

减少植物地层学误差和偏差

Bryan A Moyers和Jianzhi Zhang

基因组生物学与进化，第10卷，第8期，2018年8月，第2037-2048页，https://doi.org/10.1093/gbe/evy161

植物地层学是一种估计基因年龄的方法，通常应用于大量基因，以检测基因属性的非随机年龄分布，从而揭示基因起源和进化的机制。然而，植物地层学以不可忽略的概率低估了基因年龄。

人类基因组中长期平衡选择的特征

Bárbara D Bitarello等人

基因组生物学与进化，第10卷，第3期，2018年3月，第939-955页，https://doi.org/10.1093/gbe/evy054

平衡选择通过各种机制保持种群的有利多样性。虽然从理论角度进行了广泛的探索，但对其流行程度和目标的实证理解落后于我们对积极选择的认识。

SEX-DETector：研究非模式生物性染色体的概率方法

Aline Muyle等人

基因组生物学与进化，第8卷，第8期，2016年8月，第2530–2543页，https://doi.org/10.1093/gbe/evw172

我们提出了一个概率框架，从任何性染色体类型（XY、ZW和UV）的杂交RNA-seq数据推断常染色体和性连锁基因。性染色体（尤其是非重组和重复意义的Y、W、U和V）的测序非常困难。

基于贝叶斯系统发育分析的树拓扑有效样本量估计

罗伯特·兰弗尔和其他人

基因组生物学与进化，第8卷，第8期，2016年8月，第2319–2332页，https://doi.org/10.1093/gbe/evw171

贝叶斯系统发育分析使用马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）方法估计系统发育树拓扑和其他参数的后验分布。在从这些分布进行推断之前，重要的是评估其充分性。为此，有效样本量（ESS）估计MCMC输出所代表的给定参数的真正独立样本数。

隐性切口：真菌基因组中AT富集区域的综合调查

Alison C.Testa等人

基因组生物学与进化，第8卷，第6期，2016年6月，第2044–2064页，https://doi.org/10.1093/gbe/evw121

我们提出了一种测量基因组中局部GC含量偏差的新方法，并对已发表的真菌物种进行了调查。该方法被称为“OccurtCut”，用于识别包含不同AT-富集区域的物种。在大多数真菌分类群中，富含AT的区域是重复诱导点突变（RIP）的特征，该突变以重复DNA为靶点，通过胞嘧啶转化为胸腺嘧啶碱基降低GC含量。

人类性别间等位基因频率差异的检测：性对抗选择的标志

Elise A.Lucotte等人

基因组生物学与进化，第8卷，第5期，2016年5月，第1489-1500页，https://doi.org/10.1093/gbe/evw090

性拮抗（SA）选择是一种选择形式，当两性对某一性状具有不同的最佳适应度时，就会发生这种选择，是影响生物体进化的主要力量。Rice开发的种子模型（Rice WR.1984）。性染色体和性二形性的进化。进化38:735-742）预测，与常染色体相比，X染色体应该是SA选择下位点积累的热点。

利用基因计数数据评估和表征植物古代全基因组复制

George P.Tiley等人

基因组生物学与进化，第8卷，第4期，2016年4月，第1023–1037页，https://doi.org/10.1093/gbe/evw058

全基因组复制（WGD）有助于塑造陆地植物的基因组，最近的证据表明，所有被子植物的基因组至少经历了两次古老的WGD。在植物中，WGD通常伴随着快速分离，其中许多同源基因拷贝丢失。因此，很难识别，更不用说描述古代WGD了。

SynFind：按需编译任意基因组的同步区域

唐海宝等人

基因组生物学与进化，第7卷，第12期，2015年12月，第3286–3298页，https://doi.org/10.1093/gbe/evv219

识别保守的同基因区可以发现同源和同源基因的预测位置，即使不存在此类基因。这一能力意味着，在识别真阴性时，基于合成酶的方法比基于序列相似性的方法更有效，这是研究基因丢失和基因转座的必要条件。

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