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纳米孔电流事件放大镜(nanoCEM):一种新的工具,用于可视化纳米孔序列修饰位点的电流事件
郭志浩等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae052,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae052
小结:纳米孔测序技术可以直接检测DNA或RNA分子中的碱基修饰。尽管取得了这些进步,但用于可视化电流的工具(对于分析基础修改至关重要)通常缺乏清晰度和与……的兼容性。。。
大肠杆菌非编码调控区高度保守
Cameron R Lamoureux等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae041,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae041(网址:https://doi.org/10.1093/nargab/lqae041)
微生物基因组序列正在迅速积累,使得大规模的序列变异研究成为可能。现有的研究主要集中在编码区,以研究蛋白质中的氨基酸替代模式。然而,非编码监管区域也在决定。。。
单细胞长读测序技术进展
帕拉维·古普塔等
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae047,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae047
随着长读测序技术准确性和吞吐量的提高,它们正迅速被纳入单细胞测序管道。对于转录组测序,这些技术除了提供基因表达谱外,还提供RNA异构体水平的信息。长阅读。。。
人类群体中的同重复变异
巴勃罗·迈尔等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae053,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae053
种群内的遗传变异在推动进化中起着至关重要的作用。与平均蛋白质序列不同,当DNA聚合酶添加或跳过核苷酸重复时,同源重复序列的进化会受到DNA复制滑移的影响。虽然有一些已知的疾病。。。
BaRDIC:RNA–DNA相互作用数据的强大峰值调用
Dmitry E Mylarshchikov等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae054,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae054
染色质相关非编码RNA通过靶向基因组位点在各种细胞过程中发挥重要作用。存在两种类型的全基因组NGS实验来检测此类靶点:“一对一”,专注于单个RNA的靶点,和“全对一”,捕获一个。。。

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纳米孔电流事件放大镜(nanoCEM):一种新的工具,用于可视化纳米孔序列修饰位点的电流事件
郭志浩等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae052,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae052
小结:纳米孔测序技术可以直接检测DNA或RNA分子中的碱基修饰。尽管取得了这些进步,但用于可视化电流的工具(对于分析基础修改至关重要)通常缺乏清晰度和与……的兼容性。。。
大肠杆菌非编码调控区高度保守
Cameron R Lamoureux等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae041,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae041
微生物基因组序列正在迅速积累,使得大规模的序列变异研究成为可能。现有的研究主要集中在编码区,以研究蛋白质中的氨基酸替代模式。然而,非编码监管区域也在决定。。。
RNArt现状:对RNA 3D结构预测的当前方法进行基准测试
Clément Bernard等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae048,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae048
RNA是参与多种生物功能的重要分子。了解RNA功能需要了解其3D结构。二十多年来,人们发展了计算方法来预测RNA序列的三维构象。这些计算方法已经。。。
不同计算基础设施上的可扩展高效DNA测序分析有助于变体发现
弗里德里克·汉森等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae031,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae031
DNA变异分析在现代生物医学的许多方面都是不可或缺的,尤其是在正常和肿瘤样本的比较中。在本地测序工作和公共数据库中收集了数千个样本,需要高度可扩展、可移植和自动化的工作流。。。
基于数据的核糖体脱落率估计酿酒酵母揭示了基因长度的相关性
Sherine Awad等人
NAR基因组学和生物信息学,第6卷,第2期,2024年6月,lqae036,https://doi.org/10.1093/nargab/lqae036
核糖体是一种分子机制,催化mRNA转化为蛋白质的所有基本步骤。鉴于这一过程的复杂性,蛋白质合成的效率取决于许多因素,其中核糖体的脱落(即早产。。。

总编辑

塞德里克·诺特雷达姆
西班牙巴塞罗那基因组调控中心

编辑委员会

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组分数据分析及相关方法在基因组学中的应用

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