出版：2024年6月4日
图2。YejK同源物的多序列比对。（A）YejK蛋白与N域黄色和C域青色的多重序列比对。结构中的二级结构元素在序列中表示，完全保守的残基用星号un表示
出版：2024年6月4日
图3。YejK中的两个二聚体界面。（A）N域二聚界面。显示为棒状并标记的是参与二聚体形成的残基。（B）C域二聚体界面。YejK C结构域二聚体界面中涉及的残基显示为棒状并标记。还显示了两个堆栈
出版：2024年6月4日
图4。WT大肠杆菌YejK在溶液中形成二聚体。（A）在SUPERDEX TM 200 pg Hiload TM 26/600列和AKTA prime plus上运行的WT YejK SEC配置文件。（B）SEC分析，用于根据SEC磨合（A）计算YejK的MW。x轴和y轴分别为对数MW和洗脱参数（Kav）
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图5。YejK中心孔介导DNA结合。（A）YejK中心孔内保守的碱性（K/R）残基的定位，其被突变以评估对DNA结合的影响。生成了两个突变蛋白，其中一个N结构域内的基本残基被取代，YejK（R173A-R176A-K177K），
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图7。YejK与大肠杆菌染色体DNA结合的模型及其对拓扑异构酶活性的影响。左图，漫画将YejK描绘为一个具有两个亚单位的二聚体，一个是红色，另一个是蓝色。在载脂蛋白状态下，N结构域是开放的（非二聚体），允许DNA进入中心孔。DNA结合后
出版：2024年6月4日
图5。Rad51核丝稳定化对核酸酶裂解的影响。（A）D1 D-loop反应与在ATP（1）、ATPγS（2）或ATPγS存在下产生的核丝的实验方案，然后加入ATP（3）。5′-6FAM标记的D1寡核苷酸（40 nM）与Rad51（2μM）孵育
出版：2024年6月4日
图4。ChemFREE平台的三个案例研究。（一）利用平台评估药品和个人护理产品的生态风险。藻类、水蚤、鱼类毒性和鱼类BCF的预测值分别为6.210、-0.173、5.513和1.666。（B）使用该平台评估生态环境
出版：2024年6月4日
图1。大肠杆菌YejK的结构和YejK与非序列特异性DNA的结合。（A）WT-YejK与荧光标记的AT-rich 20 bp DNA（顶链，5′-ATTATTATTAATTAATATAAT-3′）（红色开环）、GC-rich 20bp DNA（5′-CGCGCGCGCGGCGCGGGCGCGCCGG-3′）（蓝色开方格）、混合20 bp DNA的FP等温线-
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图6。YejK包含一个开放接口，允许DNA对接到孔中。（A）两个YejK截断突变体的模型，用于测试低聚物状态和DNA结合。N-trunc和C-trunc突变体删除了N域扩展和C域扩展，每个μ中只剩下一个完整的二聚体界面
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图2。Yen1在D3 D-loop上产生的两个切口显示出不同的动力学。（A）合成D3 D-loop上Yen1裂解的时间历程分析：10 nM D3 D-loop或（B）具有3个抗水解硫代磷酸键（寡聚物2中的D3-SP键位于nt 50–51–
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图3。Yen1和Mus81处理Rad51介导的D回路。（A）Rad51/Rad54介导的D-loop反应方案：末端标记DNA底物（40 nM）与Rad51（2μM）在37℃孵育9分钟。然后将Rad54（300 nM）添加到反应中，并在23℃孵养3分钟。随后，超螺旋pBSK
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图6。绘制Yen1和Mus81的D-loop裂解位点。（A）D3 D-loop结构的映射策略。入侵寡核苷酸与pBSK的1932～2012位同源。D3 D-loop形成后，通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）荧光扫描分析入侵分子上的SSE活性；S公司
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图7。通过Mus81和Yen1同时切割D3 D环检测半交叉前体。（A）Rad51介导的D3 D环形成的实验方案，随后是Mus81和Yen1分辨率。（B）Mus81、Yen1或两者均与D3 D-loop在30ºC下孵育1小时，在琼脂糖凝胶上溶解
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图8。BIR中间产物上Mus81-Mms4和Yen1活性导致染色体丢失和半交叉事件的生成模型。蛋白质名称和卡通是彩色编码的。（A）新生D-环形成后，DNA的从头合成和气泡迁移使D-环对Mus81-M不敏感
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图1。ChemFREE平台的功能。这些主要功能包括11项生态风险评估和6项环境风险评估，包括鱼类BCF、哺乳动物、藻类、水蚤、蜜蜂、蚯蚓、鸟类（白颈鹌鹑、绿头鸭、斑马雀）、糠虾、鱼类毒性、生物降解性、持久性（空气、水、硒）
