审议范围和标准

NAR公司提供有关涉及核酸代谢和/或相互作用的核酸和蛋白质的物理、化学、生物化学和生物方面的论文的快速出版。所有手稿都必须呈现出一些新颖的发展，并符合原创性、及时性、重要性和科学卓越性的一般标准。

NAR公司在线和印刷出版。方法、数据库和Web服务器论文仅在线显示。

被认为更适合发表在NAR公司投资组合可以直接转移到更广泛的相关期刊NAR公司文件夹.

《华尔街日报》发表以下类型的论文：

标准研究文章
方法文章
批判性评论和观点
数据库文章
Web Server文章

标准研究文章

标准研究文章以印刷版和在线形式发布，主题类别如下：

化学生物学与核酸化学
计算生物学
数据资源和分析
基因调控、染色质和表观遗传学
基因组完整性、修复和复制
基因组学
分子生物学
核酸酶
RNA和RNA-蛋白复合物
结构生物学
合成生物学与生物工程

期刊当前特别感兴趣的方法和主题（包括核酸治疗学、RNA碱基修饰、亚核结构、基因编辑、单细胞基因表达研究、分子集合可视化和单分子研究）在以下类别描述中进行了描述；其中许多主题适用于多个类别。

方法文章

一般要求和说明:

核酸研究出版“METHODS”手稿，详细介绍在核心主题领域内具有最高原创性和实用性的方法学发展NAR公司宽泛的方法类别子标题，以及核心区域描述和手稿示例，可在NAR方法集合. 方法被ISI和Medline统计引用，可通过所有服务进行搜索，包括PubMed和generalNAR公司搜索页面，并在NAR公司方法收集，在不同的区域子标题下。鼓励对方法论文的提交提出疑问，可直接向Alan R.Kimmel博士咨询(ark.nar@gmail.com)和/或Georg Sczakiel博士(nar@imm.uni-luebeck.de)或者，如果它们主要是计算性的（见下文），则发送给M.Madan Babu博士(madan.babu@stjude.org).

方法论文以与标准研究论文完全相同的格式编写，并遵循相同的质量标准进行审查，以及关于材料、计算可执行文件和/或源代码可用性的要求。计算和其他方法的论文应面向广大读者，其意义易于生物学家理解。

方法论文应向广大读者（而非专家）报告新技术、现有技术的重大进展和/或新用途或优势。提交的方法手稿应是实用性和应用性的第一份报告。如果该方法已经应用并公布，即使技术细节尚未充分阐述，也不会考虑提交的材料。此外，我们也不鼓励提交旨在进一步评估以前方法发布中的断言的内容。

应在一开始就明确新的效用，并利用实验数据而非模拟或重建数据，在比较、基准水平上证明现有技术的优势，并在全基因组范围内证明其有效。我们鼓励在基因组编辑、环境/微生物/宏基因组分析、单细胞/空间测序（见下文计算分析）、RNA修饰、核酸/蛋白质复合物、表观遗传学、纳米技术、相凝聚（例如核和RNA颗粒）、，和多元经济。现有成熟技术的简单扩展或优化应用（例如，既有技术的诊断应用、突变/病原体检测，但未对量化/敏感性进行比较改进、计算方法用作替代工具，但未显示出显著的比较优势）或者对已发表的程序进行比较研究，如果没有重要的新结论，则不鼓励。方法包括基于核酸的步骤，但主要用于NAR公司（例如分子病理学、肿瘤监测、植物或动物生物技术、生物标记物或传感器技术）通常不合适。

虽然我们认识到逐步的细节和优化可以大大提高实验再现性，NAR公司方法不考虑描述实验室方案的手稿，就其本身而言.相关协议手稿可直接发送至生物学方法和协议此外，在验收时NAR公司特别鼓励方法出版物考虑提交给生物学方法和协议.

单细胞/空间和其他奥密克戎测序的计算方法和分析:

NAR公司出版了通过高通量核酸数据的计算分析对生物过程提供机械洞察力的方法。新的计算方法应包括大量创新的算法、例程、度量、程序和软件实现，用于核酸序列、结构、相互作用、操作、注释、设计或组装、挖掘以及大型遗传和基因组数据集的解释的生物信息分析。新颖性应该是在概念和算法层面上，而不是表现出标准方法的适度变化（例如机器学习、图形划分、神经网络、社区检测、深度学习、自动编码等），即使显示出良好的预测能力。NAR中的计算手稿供生物学家作为用户使用，非专业人士应完全理解，避免使用解释不清的密集术语。

新方法应通过与具有公平基准的现有替代方案进行比较测试来证明其优越性能。与已公布的备选方案相比，效果相当的方法通常是不合适的。为了进行比较分析，应优化替代程序参数，而不仅仅依赖默认预设；类似地，选择用于比较测试的数据库应具有广泛的覆盖范围。我们认识到，基准测试可能是有选择性的，并且有其自身的一系列意外偏差，特别是在严重依赖模拟数据的情况下。如果替代品的基准测试显示，与公布的结果相比，性能显著下降（例如精度/召回值），作者必须参考相互矛盾的结果，并尝试解决差异。验证不应局限于模拟数据集或重建，而是需要使用实际实验证据进行比较基准测试；实际上，整体上的模拟应该最小化。在选择和使用培训数据时，还必须格外小心并做好记录。当培训和测试数据集功能相同时，尤其是在与未培训课程进行比较基准测试时，可能会产生潜在的性能偏差，必须通过实验加以解决。

结果应在生物相关性的背景下进行解释，而不仅仅是显示统计参数或技术性能的改进。手稿应证明其在实际生物或生物技术应用方面的实用性，并详细说明其他方法无法解决的核酸生物学中的具体和重要问题。手稿，声称他们的方法可以独特地通过探索定义的实验数据集得出新的观察结果，必须使用相同的数据对备选方案进行类似且公平的测试，并证明其他策略无法得出类似的结论。理想情况下，预测性结论应得到实验证据的支持；生物信息学和研究小组之间的合作非常受鼓励。

已发布程序的更新和扩展通常不合适。不鼓励使用现有工具或描述标准计算应用组合的论文的计算“管道”。对于其中一些NAR公司数据库或NAR公司Web服务器相反，可以考虑问题；对于这些，请直接联系NAR公司数据库编辑Daniel Rigden博士(nardatabase@gmail.com)或NAR公司Web服务器编辑Dr.Dominik Seelow(ds.narwbsrv@gmail.com).

NAR将方法论文分为两种格式:

NAR方法：这些手稿详细介绍了具有最高原创性和实用性的方法学发展，对核酸社区的广泛研究非常有用，并主要为此目的进行了审查。这些手稿并不是用来报告重要的新实验或机械结论的工具。不禁止将其包括在内，但数据必须足以支持这些发现。

标准研究论文中的新方法：包含创新方法的研究论文应作为标准研究提交，并注明包含新方法。虽然该方法按照上述标准进行评估，但其相对新颖性通常不会影响出版决策。这一类别中接受的手稿列在标准主题类别下的目录中，并附加了+M新方法名称的注释。它们也列在NAR METHODS系列.

方法提交的替代日志:

我们认识到，许多优秀的核酸方法学研究可能不符合NAR方法指南的最高原创性、全球实用性或NAR核心利益。这些可能包括已发布程序的比较研究、针对特定生物类别的扩展/适应性研究、信息技术、主要依赖模拟数据或缺乏全球实验支持的方法、医疗诊断应用（例如治疗测序）以及复杂载体或基因组组装工程，在缺乏基本新颖原则的情况下。在这种情况下，无论实验质量如何，提交的手稿内容都被视为不合适，NAR公司方法可以让作者直接转移提交的手稿，供牛津大学出版社目录中的相关期刊考虑（包括NAR组合中的期刊：NAR癌症,NAR基因组学和生物信息学,NAR分子医学); 我们也非常鼓励直接提交给这些期刊。

批判性评论和观点

本节致力于综述该杂志在DNA/RNA功能以及核酸相互作用中涉及的蛋白质的结构和相互作用方面的核心兴趣领域。一份典型的评论和观点占据了大约15页打印纸，约有4-10个展示项目和约100-150个参考文献，但也欢迎发表更短、更集中的文章。文章应吸引不同的专家和非专家读者，并应提供批判性分析、观点综合和新见解。《批判性评论和观点》的作者应该在文章所涵盖的领域内有良好的出版记录，他们的专业知识应该通过对当前实验方法和发现的优缺点的批判性讨论以及对评估已发表研究的严谨性的策略的讨论来体现。应解决某一领域的争议和未来的方向。在提供一个平衡的观点的同时，作者应该可以作为专家自由发表自己的意见。强烈鼓励潜在作者阅读示范性评论文章(示例1,示例2,示例3)获得格式、风格和科学目标的感觉NAR公司批判性审查和观点。

不加评论地编目工作或无法从某一主题领域的专业知识中获益的文章是不合适的。

尽管许多评论和观点都是受邀发表的，但该杂志也欢迎不请自来的提议。对于未经请求的捐款，应向David Corey博士发送提交前咨询(david.corey@utsouthwestern.edu)和David Rusling(david.rusling@port.ac.uk).

数据库文章

每年1月，该杂志专门在网上发行一期生物数据库专题。对于要考虑的文章，提交前查询必须在上一年7月1日前发送给Daniel Rigden博士（电子邮件：nardatabase@gmail.com).特殊数据库问题提交说明。论文仅在线显示，但可购买数据库问题的打印副本。

Web Server文章

每年7月，《华尔街日报》都会用一整期的在线期刊来介绍对生物界有价值的基于网络的软件资源。对于要考虑的文章，作者必须在https://nar.bihealth.de/通过12月20日最晚。 特殊Web服务器问题提交说明。论文仅联机显示，但可以购买Web Server问题的打印副本。

标准研究文章

具体标准适用于以下概述的每个主题类别：

化学生物学与核酸化学

NAR公司鼓励提交描述新型核酸、核酸结合蛋白或其衍生物的工程、合成、交付和应用的论文。此类研究的示例可能包括：

• 核酸或核酸结合蛋白的新合成或修饰，可在生物应用中产生预期的有益效果。
• 提供核酸或核酸结合蛋白的新方法，涉及新机制或证明其有效性显著提高，特别是在整个生物体中。
• 手机和体内针对核酸或其衍生物（如反义、siRNA或适配体）或核酸结合蛋白的应用，其中重点在于了解其作用机制。
• 设计或选择核酸或核酸结合蛋白，从而产生新的配体结合或催化活性、独特的调节功能或选择性修饰基因功能的能力。特别鼓励开展揭示生物分子工程新原理的研究。
• 促进（i）通过操纵单个基于核酸的低聚物和聚合物（即纳米技术和纳米材料开发）创造新型材料和设备的研究，（ii）基因组工程，和/或（iii）创造新型遗传和细胞电路或系统。
• 创造新的生物系统。也鼓励开展研究，揭示重写和重新配置自然系统以了解生命起源的新原理。
• 基因编辑的新方法，包括设计基因靶向支架的新策略，或这些支架与增强或改变其功能的功能或催化域的新组合或融合。还鼓励开展将活细胞中此类系统的活性与明确测量的遗传结果（重组、末端连接、突变、非靶向活性）相关联的研究。我们特别欢迎那些描述新策略和应用的论文，以推动原代（患者衍生）细胞和组织的体内外基因组修改，从而达到治疗目的。描述将现有基因靶向方法扩展到替代细胞系或其他模型生物的论文，或检查先前研究的基因靶向系统的常规变体或同源物的论文，通常会被重定向到更专业的期刊。
• 使用扩展的DNA字母表或扩展的遗传代码（通过扩展DNA字母表以包括非自然碱基对或通过使用抑制tRNA方法）来创建核酸和蛋白质修饰，从而在活细胞和生物体中产生独特的生物活性和表型。

该杂志特别感兴趣的是与核酸治疗学发展相关的所有领域的论文。报告必须包括严格的控制和统计分析。应强调对机械的高级理解。描述临床结果的研究将被考虑，但前提是研究涉及与药物作用机制、分布或药代动力学相关的关键问题。特别鼓励开展与细胞摄取、传递和寡核苷酸化学相关的研究。

除非在寡核苷酸或核酸结构或功能方面有重要且经证明有用的应用，否则不考虑化学合成新型核苷或核苷酸类似物。描述主要用作在体外传感器更适合方法类别。

包括使用任何类型的合成寡核苷酸的实验必须报告其精确序列和任何位置的精确化学修饰，以及获取这些试剂的来源和/或创建试剂的精确方法。此信息可以在正文或补充信息中提供。

应遵循双链RNA或反义寡核苷酸的敲除实验已发布的准则.

有关相关标准，请参见合成生物学与生物工程.

计算生物学

如果手稿属于以下两类之一，则可以考虑使用：

1. 对一种新算法的描述，该算法代表了对当前方法的实质性改进，并且具有直接的生物学相关性。它应该在金标准数据集上进行基准测试，并且在适用的情况下，最好由实验验证支持。必须将此类算法的性能与当前方法进行比较，并且必须指出性能的相关统计数据（例如灵敏度、选择性等）。应报告方法的局限性和未来改进的一般方向。不会考虑对现有算法进行增量改进或明显修改。
2. 主要描述使用现有计算方法生成重要的、新颖的生物信息和见解。必须明确说明方法的局限性以及可能影响得出结论的问题。不鼓励进行纯粹描述性的“数据挖掘”研究（例如，那些从疾病表达数据集计算预测生物标记物的研究，或者那些仅从已发布的数据集编译或编目microRNA而没有提供重要的生物学或机械学见解的研究）。

无论哪种情况，手稿都必须写成生物学家可以理解的文字。理想情况下，它应该报告与核酸或涉及核酸的细胞过程直接相关的见解。正文中应避免大量使用方程式，任何详细的数学公式都应作为补充材料。

算法和代码的可用性：如果手稿描述了新的软件工具或新算法的实现，则用户在提交时必须可以免费使用该软件（可以是多个通用平台的可执行版本，也可以是源代码）。可用性必须在文章中明确说明。作者必须确保该软件在发布后的整整两年内都可用，最好是通过稳定URL上的下载链接。强烈建议作者通过开放源代码许可证（请参阅开源例如）。

描述主要集中于蛋白质多序列比对算法、蛋白质折叠或结构预测或蛋白质结合位点或亲和力预测的计算方法的手稿将不被考虑NAR公司（可能的例外情况是专门为年度报告编写的论文NAR公司Web服务器或数据库的特殊问题，如上所述）

只有当描述分子动力学模拟结果的手稿为与核酸有关的生物学问题提供了有价值的新见解时，才会考虑这些手稿。理论结果必须与可用的结构和/或生物数据相结合，尽管实验并非总是必不可少的。然而，理论解释或推测性想法应该是可以通过实验验证的，如果没有实验结果的支持，应该只占手稿的一小部分。应确定并讨论所用模拟方法或理论方法的限制或局限性。手稿必须尽可能让广大读者理解，并避免使用行话和未定义的术语。

数据资源和分析

数据资源和分析类别旨在突出记录和解释大量新生物数据的论文。考虑在NAR公司这些手稿通常应报告主要的信息数据库/数据集/数据资源，并提供从数据集分析中得出的新的生物学见解。除了数据集本身之外，还应包括实验和/或理论验证的重要示例，并对其进行足够详细的描述，以允许感兴趣的研究人员进行复制和进一步检查（例如，在基因组尺度上与报告的发现相一致的趋势）。

数据资源应通过web服务或作为独立存储库提供，以便下载以供本地使用。

应将数据资源与现有资源进行比较。分析和性能应以现有最先进的方法和数据集为基准。如果对有限范围的实例进行特定分析作为概念证明，则应使用可用的基因组/转录组等数据在更大范围内进行进一步验证。

此类资源的示例包括（1）全基因组测序、转录组或表观基因组数据的收集，这些数据揭示了重要的生物或病理过程，（2）实质性功能、遗传、生化或表型筛选的输出，（3）与新的、，对多个生物体或实验样品（例如单个细胞、组织、关键模型生物体等）的基因组和/或转录组进行比较分析）或（4）综合分析，明显新颖现有数据集的元分析。在分析之前发布的数据集的情况下，该研究应明确说明并支持从实验可测试的分析中产生的新概念和/或生物学见解。可以考虑疾病状况的分析和数据来源，但此类研究应提供新的机制见解，所报告的发现应引起关注，并在期刊范围内。

描述单一模型系统或有机体特有或衍生的数据资源和分析的手稿应为广大研究人员群体提供其普遍兴趣和实用性的实质性、明确的指示。仅限于对狭义生物体进行详细研究的数据资源通常更适合于专门关注使用该模型系统的应用的期刊。

提出生物标记或收集现有数据集的论文将不予考虑。相反，我们鼓励作者研究数据库和/或Web服务器文章。

基因调控、染色质与表观遗传学

考虑到这一点，论文应提供对超出单个基因的普遍适用原则或机制的新见解，或提供有关核酸合成、成熟或降解所涉及基因调控机制的新信息。研究结果必须证明与发生该过程的生理或细胞环境相关。

《华尔街日报》特别鼓励以下稿件：

• 识别染色质的新结构或动态特征，并证明其生物学意义。
• 对介导长程相互作用的元素或因子（如绝缘体和增强剂）的功能提供新的见解。
• 介绍启动子、终止子、沉默子、RNA聚合酶、转录因子和其他DNA结合蛋白功能的新机制。
• 报告有关组蛋白和DNA修饰酶以及染色质重塑因子的重要新信息。
• 提供对DNA或染色质蛋白质共价修饰影响基因表达的机制的新见解。
• 探讨转录、染色质和RNA处理（包括剪接、转录后处理和转录RNA的调控）之间的接口。
• 提供关于大小非编码RNA如何影响染色质结构和功能和/或基因调控的机制性见解。
• 使用单细胞方法和数学模型揭示新的基因调控机制。

主要报告全基因组方法在基因表达或调控分析中的应用的论文应提供新的生物学或机械学见解，并进行详细的后续调查；否则，它们可能更适合数据资源和分析类别。

基因组完整性、修复和复制

该杂志鼓励将重点放在通过直接监测核酸或与核酸相互作用来维护基因组完整性的系统上。我们特别鼓励以下稿件：

• 报告检测和响应DNA损伤的新机制，包括相关检查点。
• 描述DNA复制复合物、损伤传感器和修复酶的结构生物学特征。
• 研究有丝分裂和/或减数分裂的分子机制，重点研究涉及DNA和染色质的关键事务以及相关检查点。
• 研究原核生物和真核生物的突变和遗传不稳定性机制。
• 使用新颖的实验方法或模型。

论文可以使用物理、遗传、基因组、发育、生物化学或细胞生物学方法。不太可能考虑使用物理技术而没有生物相关性的论文。

基因组学

《华尔街日报》鼓励提交以下稿件：

• 报告完整基因组、大染色体或广泛基因家族的DNA序列，同时进行生物信息学分析，为基因组结构和功能的基本问题提供重要的新思路。论文应包括与基因组组织、转录、RNA加工、表达、遗传遗传或其他新生物学相关的补充实验数据。这些数据也可能对应于支持基于序列的功能注释的分子、生物化学或其他同等信息分析。对于显示异常特征或提供特别新颖或重要见解（包括比较研究）的整个基因组或大/动态基因家族的分析，包括比较研究，可能会有例外。不鼓励只从DNA序列数据库注释中总结信息的报告，或主要关注《华尔街日报》核心主题领域以外的主题的报告。
• 报告全基因组方法在基因调控分析中的应用（例如RNA测序/阵列和蛋白质组技术、ChIP-Seq或计算方法）。这些手稿必须为基于核酸的过程提供新的见解，并提供实验证据来验证使用全基因组方法生成的假设。ChIP-seq研究应超越与DNA/染色质和基本下游生物信息学特征相关的单一因素分析。相关研究或纯描述性的微阵列或序列数据将不予考虑。广泛的新序列数据集或不包括生物相关性实验验证的比较（数据挖掘）研究更适合数据资源和分析类别。
• 描述实验和理论研究，这些研究涉及基因组和核糖核酸组的结构组织如何决定和调节生物功能。这可能包括研究核浓缩物和亚核结构和复合物的生物学和功能，和/或描述在细胞尺度上解决这些问题的新方法（计算和实验）的研究。

核酸序列必须保存在数据库中，发布日期不得晚于发布日期（参见一般政策).

分子生物学

该杂志鼓励提交与核酸的物理、化学、生物化学或生物特性有关的手稿。此类论文的例子包括：

• 核酸加工和包装的新研究，报告超越单个细胞或病毒系统的基本和一般特征。以病毒学为重点的研究应提供病毒基因组包装和/或核酸生物学的重要分子和机制细节，明确延伸到广泛的病毒家族或阐明分子生物学的更一般原则。
• 对调节或影响有丝分裂和/或减数分裂的酶和生物物理过程及因素的研究。此类研究应提供涉及细胞核酸的途径、分子相互作用和检查点的重要分子和机制细节，例如DNA损伤监测和修复机制以及相应的基因组完整性维护机制。
• 核酸折叠或核酸结合相互作用的特征描述，包括报告折叠或结合事件的热力学和/或动力学基础的研究，其中存在与细胞过程相关的明确而重要的问题或假设。
• 对细胞内和细胞间核酸运输的新见解，包括核或细胞器运输和/或核酸细胞内修饰。
• DNA和RNA序列与小分子之间分子识别的新领域，此类研究具有明确的生物学和生理学相关性。这可能包括序列依赖性结合、碱基识别和新的识别基序。通常不考虑体外适配体选择实验和最终构建物的描述。

核酸酶

该杂志邀请了对酶与核酸相互作用进行深入研究的稿件，包括作为酶发挥作用的天然和工程核酸结构，如核酶和DNA酶。我们对各种系统感兴趣，尤其是那些涉及DNA复制、RNA合成、DNA和RNA编辑、翻译、DNA修复、转座、重组、切割、限制和修饰的系统。

我们特别重视揭示核酸酶学中分子机器和大型复合物的组成、结构或功能的新方面的研究。这包括对这些酶复合物如何组织和随时间变化的研究。使用高分辨率低温电子显微镜来探索这些分子机器的机制的研究非常有趣。我们还大力鼓励应用光学和磁性镊子、原子力显微镜和FRET对分析等单分子技术的研究。我们欢迎对分离生物大分子的功能和机制进行研究，无论是单独还是与其他基于溶液的分析相结合。

欢迎提交资料，介绍研究这些主题的新方法，包括计算和实验方法。如果使用或建立在现有数据基础上的研究解决了与核酸生物学或化学相关的重要且新颖的生物学问题，并提供了新的生物学见解，则将予以考虑。

RNA和RNA-蛋白复合物

考虑到这一点，论文应该对控制RNA代谢的普遍适用的分子原理提供新的见解，或者提供有关原核和真核细胞中RNA合成、成熟或周转的新信息。这些发现必须具有超出单个转录物或RNA结合蛋白的含义，并包括支持一般生物学和功能相关性的实验证据，如诱变数据。

《华尔街日报》特别鼓励以下稿件：

• 报告核糖体、剪接体或其他大型核糖核蛋白复合物的新结构特征、组装途径或生物功能。为翻译、剪接或其他基于RNA的过程的机制提供新见解的研究也受到欢迎。 
• 阐明前信使RNA组成或替代加工的机制和调控，包括剪接、聚腺苷酸化和编辑。
• 描述对生物浓缩物的组成、形成、动力学和功能的新见解。特别欢迎对活细胞中液-液相分离作用进行研究。
• 描述非编码RNA（包括microRNA、小干扰RNA、piwi相关RNA和长非编码RNA）的生物发生、细胞作用或调控机制的新方面。
• 为RNA半衰期的分子决定因素、构成和调节的周转机制以及消除异常转录物的监测途径提供新的见解。
• 提供有关RNA酶（核酶）或有助于催化作用的RNA（如剪接体snRNAs或核糖体肽基转移酶中心）的结构和动力学的新信息。
• 阐明在RNA代谢的任何方面发挥作用的RNA结合蛋白或酶的结构和功能之间的关系。
• 描述检测和分析RNA修饰的新方法，或揭示碱基修饰对RNA结构和/或功能的影响。
• 报告新的实验、计算或技术方法，从而对RNP中的RNA折叠或RNA识别和复杂形成产生新的见解。
• 报告导致对RNP中RNA折叠或RNA识别和复杂形成的新理解的新方法。

报告RNA群体测序（转录组分析）或其他全基因组方法或识别和分类RNA（包括携带特定碱基修饰的RNA）结果的手稿可能更适合数据资源和分析类别。只有当这些研究包括后续实验，提供生理或功能相关性的机械洞察力时，才可以接受。

主要报告使用双链RNA或反义寡核苷酸进行敲除实验的手稿如下已发布的准则.

如果手稿报告了基于RNA的治疗方法的开发，则必须包括严格的控制和统计分析。应强调机械理解的进步。将考虑描述临床结果的研究，但前提是报告了与药物作用机制、分布或药代动力学相关的结果。特别鼓励开展与细胞摄取、传递和寡核苷酸化学相关的研究。

结构生物学

该杂志鼓励通过X射线晶体学、核磁共振和/或低温电子显微镜（CryoEM）研究报告重要的、与生物相关的结构特征或原理的手稿。除非获得了重要的新见解，否则通常不适合关于小变异、已确立结构或重新定义结构的密切相关同源物的报告。使用数据库和生物信息学方法的手稿必须与实验观察紧密相关。描述新的生物物理和结构方法，但不包含与重要生物问题相关的显著新发现的论文更适合于方法类别。

提交的描述新大分子结构测定的论文（本类别或任何其他类别）必须随附每个结构的补充文件（不会出版，但会提供给编辑和同行评审员），对应于（i）最终建模坐标，（ii）实验数据（对于CryoEM结构，指用于模型拟合的映射文件）和（iii）PDB验证报告。

→ 强烈鼓励研究阐明核酸生物学中涉及的分子机器和高阶集合的组成、结构或机制的新特征。可以使用实验和/或计算方法研究的感兴趣的主题包括这种酶复合物的组织和动态重塑方式。特别令人感兴趣的是利用分子机器和集合的高分辨率CryoEM可视化来解决重要的功能机械问题的研究。

我们欢迎描述解决这些问题的新方法（计算和实验）的提交文件。只有当所研究的潜在生物问题非常重要、新颖且与核酸生物学或化学直接相关时，才会考虑研究或整合已发布数据集信息的研究。这些研究将为研究现象提供重要的新生物学见解。

合成生物学与生物工程

NAR公司鼓励提交论文，描述活细胞和生物体中遗传信息的修改和/或重新设计，对生物途径和决定点进行有意识的遗传编码，以改变生物行为和反应，或者产生包含合成基因回路或显著修改和/或完全合成基因组的生物体。

这一类别中所有提交材料的主要文本必须以非专业人士和包括广泛分子和细胞生物学家在内的读者容易理解的方式书写。所有提交文件中的主要文本必须在很大程度上（如果不是全部）没有专业术语和数学推导，只有在提交文件领域直接工作的专家才能理解。补充信息中可以提供在与手稿精确焦点相关的领域工作的专家所需的更多详细信息。

此类研究的示例可能包括：

• 在活细胞中创造新的遗传途径和/或调节元件，包括生物计算电路和/或信息存储此类论文必须以分子和细胞生物学家容易理解的方式撰写，而不是依赖于与计算算法和/或电子电路相关的术语，而分子和细胞生物学家没有丰富的合成生物学经验。主要侧重于开发和描述新功能遗传元素或DNA计算设备的手稿，而没有展示更广泛的生物学应用和相应的生理表型，通常会被重定向到更具体地关注合成生物学核心原理的期刊。

• 新纳米材料的创造涉及核酸（例如DNA和/或RNA折纸等），以及基于核酸或作用于核酸并显示出明显生物或生理应用的纳米机器。主要关注这些结构的物理行为和结构的研究，如果没有展示相应的生物学或生理学应用，通常会被转载到一本更具体地关注分子工程核心原理的杂志上。描述用于分子诊断的适配体的产生和应用，检测和/或作为分子功能的拮抗剂（即用于类似抗体的目的）通常会转向生物技术期刊，重点是分子靶向试剂的开发。“DNA计算设备”的描述通常会被重定向到计算科学期刊。

• 创造新的生物部件、系统和合成有机体鼓励研究揭示重写和重建自然系统以了解生命起源的新原理。

有关相关标准，请参见化学生物学与核酸化学.

这一类别中描述的新设计或工程构建体和遗传“部分”。应公开提供，通常通过在ADDGENE中注册和沉积构建物和载体。适当时，鼓励使用其他形式的标准化，例如使用BioBrick标准及其标准生物零件注册。

 

中的其他日记账NAR公司文件夹

我们认识到，许多优秀的核酸研究可能不符合NAR公司发布最高原创性和全球实用性的严格标准。在这种情况下，无论实验质量如何，提交的手稿内容都被视为不合适，NAR公司可向作者直接转让提交的手稿，供牛津大学出版社收藏的相关期刊审议；也鼓励直接提交给这些期刊。

作者可以被转载到以下替代期刊之一：

NAR基因组学和生物信息学:NAR公司认识到基因组/遗传分析日益重要。不属于以下范围的手稿NAR公司指导方针（例如治疗排序、医学诊断、信息技术）可能会指向NAR基因组学和生物信息学（NARGAB）。如有疑问，请发送至编辑部nargab.editorialoffice@oup.com; 提交前的科学性质调查也可以直接提交给主编Cedric Notredame博士：cedric.notredame@crg.eu.

NAR癌症:NAR癌症出版核酸研究与癌症交叉点的原创研究和评论与展望，包括计算生物学和数据资源、DNA损伤传感和修复、基因调控和染色质、基因组学、方法、基于核酸的治疗学和结构生物学。如有疑问，请发送至编辑部nacancer.editorialoffice@oup.com; 提交前的科学性质调查也可直接提交给编辑长William S.Dynan博士：wdynan@nar-cancer.com.

合成生物学:NAR公司如果新的向量和集合基于全新的原理，则只考虑它们。然而，复杂的矢量工程虽然在技术上并不新颖，但可能具有巨大的价值。有关更多信息，请访问合成生物学。如有疑问，请发送至编辑部synbio.editorialoffice@oup.com; 提交前的科学性质的查询可以在同一地址发送给主编Jean Peccoud博士。

生物学方法和协议:NAR公司方法不考虑描述实验室协议本身的手稿，无论多么新颖。尽管如此，在某些情况下，分步细节大大提高了实验再现性。为此，相关协议手稿可直接发送至生物学方法和协议（Andrzej Stasiak主编）这本杂志关注广泛的生物学方法。如有疑问，请发送至编辑部biomethods.editorialoffice@oup.com.作者NAR公司还鼓励方法出版物向生物学方法和协议.

生物信息学进展是一种广泛的、完全开放存取的期刊出版，涵盖计算生物学的所有领域，包括数据库和网络服务器。该杂志涵盖了生物信息学方法，如算法、统计、数据库和软件，以及生物贡献，其中高级计算方法的应用是一个重要因素。该期刊的主要关注点是生物学的分子和细胞水平。生物信息学进展与国际计算生物学学会（ISCB）合作出版。有关更多信息，请访问生物信息学进展，可以联系编辑部生物信息学Advances.EditorialOffice@oup.com.

DNA研究发表在DNA和基因组相关领域的广泛方面具有重大意义的原创发现的研究文章。由于基因组数据为各种研究及其应用提供了最基本的基础，该杂志愿意接受研究各种生物基因组的文章，以丰富有用的基因组数据资源的收集。此外DNA研究出版综合评论文章，调查感兴趣领域的研究进展，鼓励读者挑战尚未解决的重要问题。访问DNA研究欲了解更多详情，请联系编辑部dnar.editorialoffice@oup.com.

牛津开放神经科学是一份范围广泛、完全开放获取的期刊，出版了对神经科学的最广泛解释，包括细胞和分子神经科学、神经发育、神经遗传学、系统和行为神经科学、计算神经科学和认知神经科学。该杂志旨在代表整个神经科学界，由一组具有代表性的资深编辑组成，他们是活跃的科学家和学科专家。有关日志的更多信息，请访问牛津开放神经科学。提交前的查询可发送至编辑部，网址为oxfnsc.editorialoffice@oup.com.

除了这些转载机会，NAR还向牛津大学出版社出版的其他相关期刊发送转载。所有传输都是根据作者的选择发送的。审核人报告和原始决定书包含在传输中，但审核人身份不共享。 

转移的稿件可能会被送出进行额外的同行评审，并将根据所有评审员的反馈和编辑团队的判断对稿件做出决定。