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第51卷第W1期

2023年7月5日

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国际标准编号0305-1048

EISSN 1362-4962号

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第51卷，第W1期，2023年7月5日

编辑

编辑：第21届年度核酸研究Web服务器问题2023

多米尼克·西洛

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W1-W4页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad517

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Web服务器问题

3D-GNOME 3.0：一个三维基因组建模引擎，用于分析人类基因组中启动子-增强子接触的变化

米查尔·瓦斯诺沃斯基（Michal Wlasnowolski）和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W5–W10页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad354

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α电荷：高质量AlphaFold结构的部分原子电荷

Ondřej辛德勒和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W11–W16页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad349

Abalign：B细胞受体免疫储备的综合多序列比对平台

宗凡杰和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W17–W24页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad400

ACFIS 2.0：通过动态筛选策略改进基于片段的药物发现网络服务器

兴兴市和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W25–W32页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad348

AlloReverse：对层级变构调节的多尺度理解

金银查和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W33–W38页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad279

2023年的AnnotSV网络服务器：更新的可视化和排名

维罗妮克·杰弗里和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W39–W45页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad426

anti-SMASH 7.0：检测、调节、化学结构和可视化的新的和改进的预测

凯·布林和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W46–W50页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad344

ARMADiLLO：用于分析抗体突变概率的web服务器

约书亚·S·马丁·比姆和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W51–W56页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad398

Breeze 2.0：用于药物反应数据可视化分析和比较的交互式网络平台

Swapnil Potdar公司和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W57–W61页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad390

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CAID预测门户：预测蛋白质内在紊乱和结合区域的综合服务

阿莱西奥·德尔·孔蒂和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W62–W69页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad430

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CAVE：基于云的代谢途径分析和可视化平台

毛志涛和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W70–W77页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad360

ChemMaps.com v2.0：探索环境化学宇宙

亚历山大·博雷尔和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W78–W82页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad380

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ChroKit：基于Shiny的基因组数据交互分析、可视化和集成框架

奥塔维奥·克罗齐和斯特凡诺·坎帕纳

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W83–W92页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad345

CRISPImmunity：一个用于识别与CRISPR相关的重要分子事件和调制器的交互式网络服务器

周凤霞和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W93–W107页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad425

保守独特肽模式（CUPP）在线平台2.0：实施+1000 JGI真菌基因组

克里斯蒂安·巴雷特和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W108–W114页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad385

dbCAN3：自动化碳水化合物活性酶和底物注释

郑金芳和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W115–W121页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad328

DDMut：利用深度学习预测突变对蛋白质稳定性的影响

周云卓和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W122–W128页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad472（网址：https://doi.org/10.1093/nar/gkad472）

DeepAlloDriver：一种基于深度学习的癌症驱动基因突变预测策略

钱钱松和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W129–W133页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad295

DeepNeo：预测免疫原性新抗原的网络服务器

Jeong Yeon Kim（金正恩）和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W134–W140页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad275

DEPICTER2：一个用于内在障碍和障碍功能预测的综合网络服务器

苏什米塔·巴苏和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W141–W147页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad330

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DIANA-microT 2023：包括病毒编码miRNAs的预测靶点

Spyros Tastsoglou公司和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W148–W153页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad283

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DIANA-miRPath v4.0：在细胞类型和组织环境中扩展基于靶点的miRNA功能分析

Spyros Tastsoglou公司和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W154–W159页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad431

e-RNA：用于预测和可视化RNA二级结构及其功能特征的网络服务器集合

沃洛德米尔·茨伯斯基和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W160–W167页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad296

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Enrichr-KG：跨多个库的桥接富集分析

约翰·埃罗·伊万格利斯塔和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W168–W179页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad393网址

FLUXestimator：使用转录组学数据预测代谢通量和变化的网络服务器

章子轩和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W180–W190页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad444

FunARTS，真菌生物活性化合物抗性目标搜索器，真菌定向基因组挖掘的探索引擎

特古特·梅苏特·伊尔马兹和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W191–W197页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad386

FuzPred：基于序列预测蛋白质上下文相关结合模式的web服务器

安德拉斯·哈托斯和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W198–W206页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad214

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g：用于功能富集分析和基因标识符映射的分析器互操作web服务（2023年更新）

利斯·科尔伯格和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W207–W212页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad347

GeneRanger和TargetRanger：处理细胞和组织中的基因和蛋白质表达水平以发现靶点

贾科莫·B·马里诺和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W213–W224页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad399

基因组上下文查看器（GCV）第2版：多个注释基因组的增强视觉探索

艾伦·M·克利里和安德鲁·德·法默

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W225–W231页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad391

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GenomeFLTR：轻松过滤读数

爱多·多坦和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W232–W236页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad410

GePI公司：大规模文本挖掘、定制检索和基因/蛋白质交互的灵活过滤

埃里克·费斯勒和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W237–W242页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad445

GPS 6.0：蛋白质中激酶特异性磷酸化位点预测的更新服务器

陈妙妙和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W243–W250页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad383

用于控制γ-分泌酶复合物活性位点肽底物分子动力学的GS-SMD服务器

乌尔苏拉·奥尔泽和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W251-W262页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad409

Haplogrep 3——一个交互式单倍体群分类和分析平台

塞巴斯蒂安·舍纳和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W263–W268页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad284

人类AGEs：交互式时空可视化和人类考古数据库

卢卡斯·切切尔斯基和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W269–W273页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad428

使用IntFOLD7、MultiFOLD和ModFOLDock服务器预测蛋白质结构、功能和相互作用

利亚姆·J·麦古芬和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W274–W280页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad297

IRSOM2：预测双功能RNA的网络服务器

纪尧姆·波斯蒂克和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W281–W288页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad381

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KVFinder-web:一个基于网络的应用程序，用于检测和表征生物分子腔

Joáo V S Guerra村和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W289–W297页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad324

LightDock服务器：大分子相互作用的人工智能建模

布莱恩·希门尼斯-加西亚和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W298–W304页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad327

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MBROLE3：改进代谢组学数据分析中化合物的功能富集

哈维尔·洛佩兹·伊巴涅斯和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W305–W309页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad405

MicrobiomeAnalyst 2.0：微生物组数据的综合统计、功能和综合分析

姚璐和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W310–W318页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad407

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miEAA 2023：更新、新的功能性microRNA集和改进的浓缩可视化

埃内斯托·阿帕里西奥·普埃尔塔和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W319–W325页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad392

分子体积和分割：细胞成像数据的可视化和解释，以及大分子结构数据和生物注释

阿列克谢·夏雷什纽阿列克谢·夏雷什纽阿列克谢·夏雷什纽阿列克谢·夏雷什纽阿列克谢和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W326–W330页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad411

MpoxRadar：全球MPXV基因组监测仪表盘

费杜斯·纳斯里和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W331–W337页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad325

更新的MS²PIP web服务器支持尖端蛋白质组学应用程序

阿瑟·德克勒克和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W338–W342页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad335

MULocDeep网络服务，用于亚细胞和亚器官水平的蛋白质定位预测和可视化

姜月旭和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W343–W349页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad374

MyGeneset.info：一个用于社区管理和用户创建的基因集合的交互式编程平台

里卡多·阿维拉和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W350–W356页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad289

NBBC：癌症中非B类DNA负荷探测仪

齐旭和珍妮·科瓦尔斯基

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W357–W364页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad379

nCoVDock2：一种用于预测新冠病毒靶点与其潜在配体之间结合模式的对接服务器

刘凯（Kai Liu）和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W365–W371页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad414

NORMSEQ：RNA-Seq标准化方法的评估、选择和可视化工具

Chantal Scheepbouwer公司和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W372–W378页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad429

目标上：生物信息学针对表达的靶向递送设计MiniPromotor

Oriol Fornes公司和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W379–W386页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad375

OpenXGR：基因组摘要数据解释的网络服务器更新

朝晖宝和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W387–W396页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad357

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OrthoVenn3：跨基因组探索和可视化同源数据的集成平台

孙嘉禾和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W397–W403页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad313

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PAE查看器：用于交互式可视化多聚体结构预测和交联预测对齐误差的Web服务器

克里斯托夫·埃尔夫曼和约尔格·斯图尔克

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W404–W410页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad350

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PanDrugs2：利用综合的个体多组学数据确定癌症治疗的优先级

玛丽亚·何塞·吉梅内斯·桑托斯和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W411-W418页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad412

PANGEA：一种新的基因集富集工具果蝇属和普通研究生物

胡艳辉和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W419–W426页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad331

PASSer：快速准确预测蛋白质变构位点

郝天和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W427–W431页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad303网址

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PEP-FOLD4：一种预测水溶液中肽结构的依赖于pH的力场

朱利安·雷和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W432–W437页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad376

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有害生物警报工具——用于标记元条码数据集中关注物种的基于web的应用程序

阿纳斯塔西亚·扎伊科和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W438–W442页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad364

PHASTEST:比PHASTER快，比PHAST好

大卫·S·威斯哈特和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W443–W450页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad382

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PhD-SNPg：更新网络服务器和轻量级工具以对核苷酸变体进行评分

艾米迪奥·卡普里奥蒂和皮耶罗·法里塞利

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W451–W458页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad455

PlasMapper 3.0——用于生成、编辑、注释和可视化出版物质量质粒地图的web服务器

大卫·S·威斯哈特和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W459–W467页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad276

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PrismNet:使用预测蛋白质–RNA相互作用体内RNA结构信息

徐宜然（Yiran Xu）和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W468–W477页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad353

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ProAct：量化组织、细胞和用户定义环境中生物过程的差异活动

莫兰·沙龙和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W478–W483页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad421

Proksee：细菌基因组的深入表征和可视化

杰森·格兰特和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W484–W492页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad326

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ResFinderFG v2.0：功能宏基因组学获得的抗生素耐药基因数据库

雷米·格什温和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W493–W500页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad384

RNCanvas：核酸结构的交互式绘制和探索

菲利普·约翰逊和安妮·E·西蒙

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W501–W508页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad302

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RNAincoder：一种基于深度学习的RNA和RNA相关交互编码器

王云霞和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W509–W519页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad404

SEanalysis 2.0：针对人和鼠的综合超级增强器调控网络分析工具

冯翠倩和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W520–W527页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad408

SEPPA-mAb：单克隆抗体蛋白抗原的空间表位预测

天一仇和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W528–W534页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad427

sfkit：一个基于网络的安全和联合基因组分析工具包

西蒙·门德尔松和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W535–W541页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad464

SH2db，SH2域的信息系统

达维德·巴朱兹和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W542–W552页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad420

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SMDB：空间多模式数据浏览器

曹瑞芳和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W553–W559页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad413

STellaris：基于空间转录组学数据的单个细胞精确空间映射的web服务器

李向上和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W560-W568页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad419

TCR模型2：利用深度学习对T细胞受体识别进行高分辨率建模

瑞银（Rui Yin）和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W569–W576页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad356

TransCRISPR–针对特定序列基序的CRISPR/Cas9实验的sgRNA设计工具

托马斯·沃·尼亚克和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W577–W586页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad355

树可视化单表（tvBOT）：一个可视化、修改和注释系统发育树的web应用程序

谢建民和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W587–W592页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad359

vissE.cloud：通过富集分析可视化高阶分子表型的网络服务器

艾哈迈德·穆罕默德上校和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W593–W600页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad337

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WebQUAST：基因组组装的在线评估

阿拉·米奇恩科和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W601–W606页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad406

WebTetrado：探索核酸三维结构中四倍体的网络服务器

巴托斯·阿达姆奇克和其他

核酸研究，第51卷，第W1期，2023年7月5日，第W607–W612页，https://doi.org/10.1093/nar/gkad346

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