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SYNPRED：使用不同的协同指标和集成学习预测药物联合治疗癌症的效果

António J Preto等人

Giga科学第11卷，2022年，giac087，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac087

背景在癌症研究中，高通量筛选技术从不同的人群和细胞类型中产生大量的多元组学数据。然而，由于疾病的异质性，这类数据的分析遇到了困难，人类生物复杂性和基因组变异性进一步加剧了这一问题。这个。。。

通过高保真长读元基因组测序改进鸡肠微生物基因组和基因目录

张燕等人

Giga科学第11卷，2022年，giac116，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac116

背景由于鸡生产的重要性以及肠道微生物群对宿主健康和生长的显著影响，已经为鸡肠道微生物群构建了数以万计的宏基因组组装基因组（MAG）。然而，由于短程测序和组装的局限性。。。

两种极端耐受性黑酵母的克隆性、近交和杂交

塞恩·戈斯汀查尔等人

Giga科学第11卷，2022年，giac095，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac095

背景真菌生活方式和生存策略的巨大多样性反映在它们繁殖和重组的多种方式上。虽然很少出现完全没有重组的情况，但据报道，一些物种中有两种极端耐性的黑酵母菌：Hortaea。。。

玉米不同环境中收集的多种性状的关联图谱

拉维五世壁画及其他

Giga科学第11卷，2022年，giac080，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac080

经典遗传学研究已经确定了许多多效性案例，其中单个基因的突变改变了许多不同的表型。自然遗传变异的定量遗传研究经常检查一个或几个性状，限制了它们识别自然遗传变异多效性效应的潜力。。。

基于无人机作物图像的农业植物计算机视觉编目和数据框架的建立

莫里斯·冈德和其他人

Giga科学第11卷，2022年，giac054，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac054

背景现代农业中基于无人机（UAV）的图像检索能够收集大量空间参考作物图像数据。然而，在大规模实验中，无人机图像在复杂的冠层结构中包含了大量的作物。特别是对于。。。

Spacemake：大规模空间转录组学数据的处理和分析

塔马斯·里扎德·斯坦卡·托斯等人

Giga科学，2022年第11卷，giac064，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac064

背景空间测序方法在RNA生物学研究中越来越受欢迎。最先进的技术量化组织切片中信使RNA的表达水平，同时记录组织中分子的原始位置信息。结果数据集是。。。

走向生物多样性大数据的全球一体化：陆地节肢动物统一元条码数据生成模块

Paula Arribas等人

Giga科学第11卷，2022年，giac065，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac065

后生动物元条码正在成为生物多样性盘点的一项基本策略，目前各种项目产生了大量的社区级数据。这些数据集之间的整合潜力为更好地理解生物多样性及其如何应对全球变化提供了新的机会。。。

基于196种原代细胞类型的人细胞microRNA组

Arun H Patil及其他

Giga科学第11卷，2022年，giac083，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac083

背景：microRNAs（miRNAs）在人类细胞类型中的表达分布不完整，长期以来阻碍了我们对这一重要调控类别RNA的理解。随着可用的公共小RNA测序数据集的不断增加，有机会更全面地了解。。。

根据耐药机制不同，抗生素耐药基因的动员也不同

Tue Kjærgaard Nielsen等人

Giga科学第11卷，2022年，giac072，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac072

背景使用（meta）基因组测序在环境样品中筛选抗生素耐药基因（ARG）与表型耐药的假阳性预测相关。这源于这样一个事实，即大多数后天性ARG在产生耐药性之前需要过度表达，这通常是。。。

裸子植物复杂基因组结构的进化

陶宛等人

Giga科学第11卷，2022年，giac078，https://doi.org/10.1093/gigascience/giac078

裸子植物是一个古老的谱系，在泥盆纪从早期种子植物分化而来。长期的化石记录和现存物种的低多样性证明了它们复杂的进化历史，其中包括古代辐射和大规模灭绝。由于其超大型基因组，全基因组。。。

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研究文章

基于深度学习的大规模基因组调查揭示了菌株级噬菌体特异性决定簇

杨一燕等人

Giga科学，第13卷，2024，giae017，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae017

背景噬菌体治疗再次成为对抗耐药感染的一种有希望的方法，它依赖于对单个噬菌体特异性的全面了解。然而，噬菌体种群内的显著多样性带来了相当大的挑战。目前，明显缺乏工具。。。

研究文章

IPEV：利用深度学习鉴定病毒组中的原核和真核病毒衍生序列

恒创音等

Giga科学2024年第13卷，第018页，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae018

背景通过类病毒颗粒富集获得的病毒组包含原核和真核病毒衍生片段的混合物。准确识别和分类这些元素对于理解它们在微生物群落中的作用和功能至关重要。然而，……的快速突变率。。。

研究文章

一种用于长阅读结构变异检测和基因分型的图聚类算法

尼古拉斯·盖坦和豪尔赫·杜伊塔马

Giga科学，第13卷，2024年，giad112，https://doi.org/10.1093/gigascience/giad112

背景结构变异体（SVs）是由其长度（>50 bp）定义的基因组多态性。SV的常见类型有缺失、插入、易位、反转和拷贝数变体。鉴于SV在表型变异和……等现象中的作用，SV检测和基因分型是基础。。。

研究文章

通过整合转录组学和表转录组学数据集增强牛基因组注释，促进基因组生物学

哈米德·贝基等人

Giga科学2024年第13卷，第019页，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae019

背景对牛基因组中功能元件的准确鉴定是高质量分析基因组生物学和基因组选择数据的基本要求。对牛基因组进行功能注释，以确定更完整的转录亚型目录。。。

研究文章

Korea4K：4157名韩国人的全基因组序列，107种表型来源于广泛的健康检查

Sungwon Jeon等人

Giga科学，第13卷，2024，giae014，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae014

背景已经对包括韩国人在内的亚洲人群进行了全表型关联研究（PheWAS），但许多研究都基于芯片或外显子基因分型数据。此类研究在全基因组关联分析方面存在局限性，因此获得基因组与现象关联信息至关重要。。。

研究文章

一种有效的性别限制染色体组装策略

王晓波等人

Giga科学，第13卷，2024年，giae015，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae015

背景目前大多数可用的参考基因组缺乏性别限制（如Y和W）染色体的序列图，这导致组装不完整，阻碍了对性染色体的进一步研究。长阅读测序和群体测序的最新进展为组装。。。

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鸭跖草的一个参考基因组提供了对水葫芦类的进化和全球传播的见解(crassipes浮桥)

黄玉洁等人

Giga科学，第13卷，2024年，giae006，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae006

鸭跖草属禾本科植物，也包括禾本科，包括最重要的单子叶植物物种，如水稻、小麦和玉米。目前尚无鸭跖草的参考基因组。水葫芦（Pontederia crassipes或Eichhornia crassibes）是鸭跖草属植物的一种。。。

研究文章

人类深层内含子变异的计算预测

Pedro Barbosa等人

Giga科学，第12卷，2023年，giad085，https://doi.org/10.1093/gigascience/giad085

背景在遗传筛选中采用全基因组测序有助于检测基因内含子区域的遗传变异，而远离注释的剪接位点。然而，选择适当的计算工具来区分功能相关的遗传变异和无效的遗传变异是。。。

研究文章

评估长读取从头开始真核生物基因组组装工具：见解和考虑

Bianca-Maria Cosma等

Giga科学第12卷，2023年，giad100，https://doi.org/10.1093/gigascience/giad100

当研究人员利用第三代测序技术为真核生物创建基因组组合时，选择组装算法应该是一个经过深思熟虑、合理的决定。牛津纳米孔技术公司（ONT）和太平洋生物科学公司（PacBio）的第三代测序技术克服了。。。

研究文章

单细胞转录组数据的改进整合显示了小鼠和人类心衰的常见和独特特征

Mariano Ruz Jurado等人

Giga科学，2024年第13卷，第111页，https://doi.org/10.1093/gigascience/giae011

背景心血管研究严重依赖小鼠模型来研究疾病机制和测试新的生物标记物和药物。然而，将这些结果应用于患者仍然是一个主要的挑战，并且经常导致无效的药物。因此，这是翻译科学面临的一个公开挑战。。。

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基因组解码广花椰菜染色体尺度的（cupuassu）：园艺创新的进化见解

端粒-端粒（T2T）基因组白花前胡Dunn提供了对基因组进化和香豆素生物合成的见解

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认识和庆祝科学界的女性

牛津大学出版社很荣幸能够支持我们出版界的各种声音。在本集中，我们重点关注了女性在科学领域的代表性，以及她们在从研究和重大发现到宣传和推广等领域取得的成就，并放大了在科学研究领域取得成就的女性的声音。

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