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GTDB-Tk v2：利用基因组分类数据库进行内存友好分类

Pierre-Alain Chaumeil等人

生物信息学，第38卷，第23期，2022年12月1日，第5315–5316页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac672

基因组分类学数据库（GTDB）和相关的分类学分类工具包（GTDB-Tk）已被微生物界广泛采用。然而，GTDB细菌参考树的不断增长导致GTDB-Tk需要大量内存（～320 GB），这限制了它的采用和。。。

GSEApy：在Python中执行基因集富集分析的综合包

卓庆芳等人

生物信息学，第39卷，第1期，2023年1月，btac757，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac757

动机基因集富集分析（GSEA）是表征基因表达变化的常用算法。然而，目前用于执行GSEA的工具分析大型数据集的能力有限，这对于单细胞数据的分析尤其有问题。为了克服这个。。。

igv.js：集成基因组查看器（igv）的可嵌入JavaScript实现

James T Robinson等人

生物信息学，第39卷，第1期，2023年1月，btac830，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac830

摘要igv.js是集成基因组查看器（igv）的可嵌入JavaScript实现。它可以用一行代码轻松地拖放到任何网页中，并且没有外部依赖性。查看器完全在web浏览器中运行，无需后端服务器，也无需数据预处理。可利用性。。。

微生物标记：用于微生物标记识别和可视化的R/生物导体包

杨曹等人

生物信息学，第38卷，第16期，2022年8月，第4027–4029页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac438

基于微生物组学特征的生物标记物在转化医学和精确医学方面具有巨大潜力。在这里，我们介绍了微生物标记，一个R/生物导体包，实现了常用的归一化和差分分析（DA）方法，以及三个监督学习模型来识别。。。

使用ChEBI注释UniProtKB中的生物相关配体

Elisabeth Coudert等人

生物信息学，第39卷，第1期，2023年1月，btac793，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac793

动机：使用化学本体ChEBI（生物感兴趣的化学实体）为UniProtKB中生物相关（同源）配体的结合位点提供高质量、易于计算的注释，以更好地支持研究和预测蛋白质之间功能相关的相互作用。。。

gg转录本：使用R软件包可视化和解释转录异构体ggplot2

埃米尔·K·古斯塔夫森等人

生物信息学，第38卷第15期，2022年8月，第3844–3846页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac409

动机长阅读测序技术的出现增加了对文本可视化和解释的需求。然而，执行此类可视化的工具仍然缺乏灵活性，并且缺乏轻松识别转录结构之间差异的能力。这里，我们介绍ggtranscript，一个R。。。

YaHS：又一个Hi-C脚手架工具

周晨曦等人

生物信息学，第39卷，第1期，2023年1月，btac808，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac808

我们介绍了YaHS，一个用户友好的命令行工具，用于从Hi-C数据构建染色体尺度的支架。它可以使用单行命令运行，需要用户的最小输入（装配文件和对齐文件），这与类似的工具兼容，并在多个。。。

Pharokka：一种快速可扩展的噬菌体注释工具

乔治·布拉斯等人

生物信息学，第39卷第1期，2023年1月，btac776，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac776

近年来，人们对噬菌体越来越感兴趣，这导致越来越多的噬菌体基因组序列可用。因此，需要一种快速一致的噬菌体基因组注释工具。现有工具也不是设计的。。。

NanoPack2：长读取测序数据的人群规模评估

Wouter De Coster和Rosa Rademakers

生物信息学，第39卷，第5期，2023年5月，btad311，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad311

摘要长阅读测序项目中队列规模的增加需要更高效的软件，用于牛津纳米孔技术公司和太平洋生物科学公司测序数据的质量评估和处理。在这里，我们描述了总结实验、过滤数据集、可视化阶段。。。

sAMPred-GAT：利用图形注意网络和预测肽结构预测抗菌肽

柯燕等人

生物信息学，第39卷，第1期，2023年1月，btac715，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac715

动机抗菌肽（AMPs）是先天免疫治疗肽的重要组成部分。研究人员开发了几种计算方法来预测许多候选肽的潜在AMP。随着人工智能技术的发展，可以对蛋白质结构进行优化。。。

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简要报告

MultiRNAflow：多种生物条件下时间RNA-seq数据的综合分析

鲁道夫·卢巴顿等人

生物信息学，第40卷，第5期，2024年5月，btae315，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae315

控制真核细胞功能的动态转录机制现在可以通过RNA测序进行分析。然而，目前用于分析原始测序数据的软件包并不能自动分析具有多种生物条件和多种。。。

研究文章

基于图嵌入的单细胞转录组学基因调控网络推断

甘阳兰等人

生物信息学，第40卷，第5期，2024年5月，btae291，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae291

动机基因调控网络（GRNs）编码生物体中的基因调控，已成为理解复杂生物过程的重要工具。然而，由于基因调控的动态性和复杂性，从scRNA-seq数据推断GRN仍然是一项具有挑战性的任务。现有计算方法。。。

简要报告

AlphaPulldown——使用AlphaFold-Multimer的蛋白质-蛋白质交互屏幕的蟒蛇包

余定全等人

生物信息学，第39卷，第1期，2023年1月，btac749，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac749

基于人工智能的结构预测程序AlphaFold-Multimer使蛋白质复合物的结构建模具有前所未有的准确性。AlphaFold-Multimer也越来越多地被用于发现新的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）。这里，我们展示了AlphaPulldown，一个Python包，它。。。

简要报告

VarChat：用于解释人类基因组变异的生成人工智能助手

Federica De Paoli等人

生物信息学，第40卷，第4期，2024年4月，btae183，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae183

动机在基因组研究的现代时代，科学界正在见证已发表的研究成果数量的爆炸性增长。虽然这些丰富的数据提供了宝贵的见解，但遗传专家和研究人员也有迫切的责任来了解最新的。。。

简要报告

KRAGEN：一个知识图增强的RAG框架，用于使用大型语言模型解决生物医学问题

Nicholas Matsumoto等人

生物信息学，第40卷，第6期，2024年6月，btae353，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae353

动机使用给定某一领域（如生物医学）的大型语言模型（LLM）回答和解决复杂问题是一项具有挑战性的任务，需要事实的一致性和逻辑性，LLM经常受到一些主要限制，例如产生虚假或不相关信息的幻觉，或者。。。

研究文章

BCFtools/liftover：一种准确而全面的工具，用于跨基因组组合转换遗传变异

朱利奥·基诺维塞和其他

生物信息学，第40卷，第2期，2024年2月，btae038，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae038

动机许多遗传学研究报告的结果与遗留基因组组装的基因组坐标有关。然而，随着组件的更新和改进，研究人员面临要么使用更新的坐标系重新调整原始序列数据，要么将遗留数据集转换为更新的坐标系统，以便。。。

研究文章

SAFPred：利用蛋白包埋技术预测细菌的同步基因功能

艾森·乌尔汗等人

生物信息学，第40卷，第6期，2024年6月，btae328，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae328

动机今天，我们只知道基因组数据预测的一小部分蛋白质序列的功能。对于细菌来说，这个问题更为突出，因为细菌代表了地球上一些最具系统发育和代谢多样性的类群。细菌基因注释的低比率是由。。。

研究文章

脂质纳米粒子的大语言模型表达及其转染效率预测

Saeed Moayedpour等人

生物信息学，btae342，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae342

动机脂质纳米粒（LNPs）是最广泛使用的mRNA疫苗载体。组成LNP的脂质的结构对mRNA有效载荷的有效性有重大影响。应优化几个特性以改善传递和表达，包括生物降解性、合成。。。

研究文章

GeneGPT：使用领域工具增强大型语言模型，以改进生物医学信息的访问

乔金等人

生物信息学，第40卷，第2期，2024年2月，btae075，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae075

动机虽然大型语言模型（LLM）已经成功应用于各种任务，但它们仍然面临着幻觉的挑战。使用特定于域的工具（如数据库实用程序）扩充LLM可以方便更轻松、更准确地访问专业知识。在这篇文章中，我们介绍了GeneGPT，一个。。。

简要报告

ggpicrust2：用于PICRUSt2预测功能剖面分析和可视化的R包

陈阳等人

生物信息学，第39卷，第8期，2023年8月，btad470，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad470

微生物组的研究现在已经超越了对样品中微生物类群的成分分析。越来越多来自大型人体微生物组研究的证据表明，肠道微生物组变化的功能后果可能为研究其对炎症和免疫的影响提供更多的动力。。。

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scCross：在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群

Genopyc：用于研究与复杂疾病相关的基因组变体的功能效应的python库

OLB-AC：通过深度图形学习和活动悬崖优化配体生物活性

利用纳米孔直接RNA测序读取的原始电流信号和基调用错误检测RNA m6A

单细胞组学中可解释的深度学习

认识和庆祝科学界的女性

牛津大学出版社很荣幸能够支持我们出版界的各种声音。在本集中，我们重点关注了女性在科学领域的代表性，以及她们在从研究和重大发现到宣传和推广等领域取得的成就，并放大了在科学研究领域取得成就的女性的声音。

深入研究科学界的女性收藏

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