我为我的博士学位写的代码没有获得学术学分，后来它被用于其他研究。我应该抱怨吗？

Question

在我的博士学位期间，我开发了一个数据分析代码。我的PI鼓励它的发展，希望它留在研究小组内。该代码在一些已发表的论文中使用，并在为大型科学合作组织（HSC）进行基准测试时引起了关注。

当我离开学术界时，我把代码交给了PI小组中的其他人，尤其是X，他把代码放在了一个私人的git存储库中。我的理解是，作为一种礼貌——由于PI强迫我与其他人合作——我将获得使用该代码的论文的作者资格，这种礼貌我会第一次拒绝，也不会再期待，因为引用我的论文或承认我就足够了。然而，尽管有一份公开发布的协议和一篇使用X领导的代码的科学论文尚未发表，但我经常在随后使用该代码的论文中得到最低程度的承认或没有提到。

X加入了一个新的研究小组，并使用该代码发表了一篇论文。最近，HSC的论文只引用了X的论文作为代码的主要参考，淡化了我的贡献，代码仍然是私人的。在投诉之后，我们做了一些更正，但问题依然存在。

我觉得我的主要科学贡献，以及为其他代码工作者所做的贡献，并没有得到应有的赞扬。我觉得不公平的是，没有关于代码的科学论文，只有X的论文被引用。我反应过度了吗？还是错了？我可能的结果是什么？

Answer 1

你所描述的情况很困难，因为一些书面或不书面的规则相互冲突：

1. 那些对一项研究做出智力贡献的人应该得到贡献。
2. 离开一个小组的学生或博士后不应该（也不应该）阻碍研究小组其他成员的科学工作。
3. 如果你制作了一个用于科学工作的积木，你可以通过被引用来获得荣誉——你在某些工作中使用的软件并不赋予你要求论文作者身份的权利。
4. 编写软件并不是一种自动的智力贡献。

此外，整个问题似乎没有得到很好的处理。

从你的问题来看，你似乎从来没有在你的软件上写过一篇合适的科学论文。如果你有，你的科学论文可以在使用您的软件的所有论文中被引用，而您将不会是使用您软件的论文的作者。那么上述所有规则都会得到满足。

因为你从来没有写过关于你的软件的论文，所以现在出现了冲突。你不能仅仅因为你的软件不是公开的，就指望它会出现在每一篇论文的作者列表中，因为这意味着如果你不在软件上发表论文，你就可以免费获得许多论文的作者身份。同时，你不能指望你的前团队不使用你的软件，因为那样你就会阻止他们的工作。很可能你也从PI那里获得了资金（如果不是，在法律层面上，这可能会有所不同）。

同时，你的贡献在某些情况下被遗忘，这当然是一种糟糕的风格——你应该在致谢中被提及。然而，在几年没有发表关于您的软件的论文之后，您不应该对被遗忘感到惊讶。

另一个不同的问题是，X离开PI小组后仍在使用您的软件。如果您从PI获得资金，那么可能会期望您的PI拥有软件的无限使用权，包括将其分许可给X，这可能已经隐式或显式地发生了，特别是如果X继续工作的话。

除了“忘记它”之外，还有什么可能的解决方案？

1. 询问X她/他是否想与您共同撰写一篇关于该软件的论文。如果你现在没有足够的时间完全自己写，也许这是一种选择？
2. 发布短的写一篇关于你的软件的论文，这样你仍然可以有足够的时间来写它。它不需要解释所有的东西，但足以被引用。利用PI和X的知识这样做，以便在未来的论文中，他们可以正确引用你。

（如果我忘记了可能性，我很乐意更新我的答案）。

请注意，上述规则3和4在某些研究领域可能会有细微变化。例如，在计算机科学中，提出关键依赖于其他现有工作的新算法是很常见的，但现有工作的作者并没有获得新工作的作者身份。只有现有工作（可以以工具或库的形式实现）需要以智力上非平凡的方式进行修改，现有作品的作者通常也会被邀请成为新作品的作者。第4条规则是由一些学术会议提出的，一些学术会议有“工具文件”，允许研究人员花时间编写复杂的科学软件，从而获得一些出版荣誉。

Answer 2

至少从概念上来说，如果你没有以多年前开发代码以外的方式参与撰写论文，那么你可以期望这些论文能够永久合作似乎是不对的。获得学分的正确方法是被引用，而不是成为你没有具体贡献的作品的合著者。

解决这个问题的方法是写一篇关于该软件的论文，然后其他人可以引用。它应该由所有到目前为止对代码做出贡献的人编写，并且自从您开始使用该软件以来，您成为第一作者并不是不合理的。这样的一篇论文可能需要做很多工作，但不一定非要这样：《开源软件杂志》（Journal of Open Source Software，JOSS）发表的可引用论文只需要很少的工作。

Answer 3

我的职业生涯主要是计算物理。我在这个领域做了七个项目。其中四本已经出版，三本还没有出版。在所有情况下，都有某种形式的书面文件。据我所知，对于尚未出版的三本书，我甚至还没有得到承认。在这三种情况下，如果不是完美的话，至少有合理的理由这样做，我很高兴这项工作已经被使用，或者我有机会学习并增加我的资历。我在计算物理方面有15年的职业生涯，我很喜欢，并为此感到骄傲，这是我生活中真正的乐趣。我希望你也能如此彻底地享受你的职业生涯，并为你的工作带来了改变而感到骄傲。

好消息是，我有一份很棒的简历和简历，还有几份文件记录了我所做的工作，这让我对这一切感觉好多了。如果你对自己所做的工作有任何困惑，你可以在LinkedIn的个人资料、简历和简历中进行描述。正如其他人所建议的那样，你可以发布一些内容，也可以为其编写文档。你可以在github存档中对其进行记录，您可以在网站等地方公开文档。Github本身有一个网站，或者你的大学有一个你可以编辑的网站，或者有一些免费的网站服务。另一个不确定的可能性是，也许你可以写一份准形式的文件，然后把它放在研究之门之类的地方（也许，这取决于它有多非官方——我的非官方论文——由于转学班的缘故，非常广泛的普通考试文件——因为我的第三个天体物理学硕士学位就在那里）。即使代码不是公开的，这些选项中的许多也可能起作用，这取决于文档的模糊性或清晰性。您可能需要或不需要以前的协作批准才能发布。