此软件包包含用于分析网络数据以传播创新应用程序的功能。

该软件包是作为Thomas W.Valente、Stephanie R.Dyal、Kar-Hai Chu、Heather Wipfli、Kayo Fujimoto、,创新扩散理论在全球烟草控制条约批准中的应用《社会科学与医学》第145卷,2015年11月,第89-97页,ISSN 0277-9536(可用在这里)

根据描述:

网络扩散和传染过程的经验统计分析、可视化和模拟。该软件包实现了计算网络扩散统计数据的算法,如传播率、危害率、暴露模型、网络阈值水平、传染性(传染)和易感性。该套餐的灵感来源于瓦伦特等人(2015)发表的作品;瓦伦特(1995)、迈尔斯(2000)、艾扬格等人(2011)、伯特(1987);在其他中。

致谢:netdiffuseR是在国家癌症研究所/国家卫生研究院拨款R01 CA157577的支持下创建的。

引用(包裹=“网络扩散器”)
引用netdiffuseR在里面出版物使用以下纸张:

瓦伦特TW,织女星Yon GG.扩散/社会传染过程
网络。健康教育&行为。2020;47(2):235-248.
国防部:10.1177/1090198120901497

以及实际的R包:

瓦伦特·织女星T型(2023). _净扩散器:扩散分析和
网络上的传染过程。国防部:10.5281/zenodo公司.1039317
  <https(https)://doi.org网站/10.5281/zenodo公司.1039317>,R包版本1.22.6,
  <https(https)://github.com网站/美国加利福尼亚州/净扩散器>.

要查看这些条目在里面BibTeX格式,使用'打印(<引文>,
bibtex=真)','到Bibtex(.)'、或设置
'选项(cibitation.bibtex.max=999)'.

新闻

可以查看更改日志在这里.

  • [2016-06-02]视频净扩散器2016年SUNBELT研讨会现已上线youtube(youtube),可以找到车间材料在这里
  • [2016-04-11]净扩散器将打开用户!2016作为演示文稿和2016年IC2S2在海报环节。
  • [2016-03-16]下一次CRAN发布计划于2016年4月11日(研讨会之后)。
  • [2016-02-18]净扩散器版本1.16.2现在在CRAN上!

安装

CRAN版本

要获得软件包的CRAN(稳定)版本,简单类型

安装.包(“网络扩散器”)

出血边缘版本

如果您想要最新(不稳定)版本的净扩散器,使用开发工具包,您可以安装净扩散器开发版本如下

开发工具::安装github(“USCCANA/netdiffuseR”,内部版本(_V)= 真的)

您可以通过设置跳过构建渐晕图build_vignette=假(因此不需要)。

对于OSX用户来说,根据卢比。本期,开发在这里,可以通过打开终端并键入以下内容来解决

卷曲 -O(运行)http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
苏多焦油fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2-C类/

在通过安装包之前开发工具.

二进制版本

对于windows和mac用户,他们可以找到包的二进制版本在这里、netdiffuseR_1…zip和netdiffuse R_1..tgz。他们可以按如下方式直接安装(使用1.16.3.29版本):

  1. 从CRAN安装依赖项r>install.packages(c(“igraph”,“Matrix”,“SparseM”,“RcppArmadillo”,“sna”),依赖项=TRUE)

  2. 下载二进制版本并按如下方式安装:

    > 安装.包(“netdiffuseR_1.16.3.29.zip”,回购=无效的)

    对于windows用户和Mac用户:

    > 安装.包(“netdiffuseR_1.16.3.29.tgz”,回购=无效的)

教程

自启动netdiffuseR以来,我们在Sunbelt和NASN举办了几次研讨会。以下是存储库:

演示文稿

示例

此示例取自软件包的小插曲:

##
##附加包:“netdiffuseR R”

##以下对象已从“package:base”中屏蔽:
##
##     %*%

传染性和敏感性

#生成随机图
设置种子(1234)
n个 <- 100
净现值 <- 20
图表 <- rgraph_er公司(n个,净现值,.5)
toa公司 <- 样品(c(c)(1:(1+净现值-1),不适用),n个,真的)
(toa公司)
## [1] 16  3 14  3 13  5
#创建diffnet对象
差异网络 <- as_diffnet(图表,toa公司)
差异网络
##类diffnet的动态网络-
##名称:扩散网络
##行为:未指定
##节点数:100(1、2、3、4、5、6、7、8…)
##时段数:20(1-20)
##类型:定向
##最终流行率:0.95
##静态属性:-
##动态属性:-
总结(差异网络)
##扩散网络汇总统计
##名称:扩散网络
##行为:未指定
## -----------------------------------------------------------------------------
##期间采用者累计采用。(%)危害率密度Moran’s I(sd)
## -------- ---------- ---------------- ------------- --------- ----------------
##        1          8         8 (0.08)             -      0.50 -0.01 (0.00)
##        2          3        11 (0.11)          0.03      0.50 -0.01 (0.00)
##        3          6        17 (0.17)          0.07      0.51 -0.01 (0.00)
##        4          3        20 (0.20)          0.04      0.49 -0.01 (0.00)
##        5          9        29 (0.29)          0.11      0.50 -0.01 (0.00)
##        6          5        34 (0.34)          0.07      0.50 -0.01 (0.00)
##        7          2        36 (0.36)          0.03      0.51 -0.01 (0.00)
##        8          3        39 (0.39)          0.05      0.50 -0.01 (0.00)
##        9          5        44 (0.44)          0.08      0.50 -0.01 (0.00)
##       10          1        45 (0.45)          0.02      0.49 -0.01 (0.00)
##       11          3        48 (0.48)          0.05      0.50 -0.01 (0.00)
##       12          6        54 (0.54)          0.12      0.50 -0.01 (0.00)
##       13          8        62 (0.62)          0.17      0.50 -0.01 (0.00)
##       14          9        71 (0.71)          0.24      0.50 -0.01 (0.00)
##       15          5        76 (0.76)          0.17      0.50 -0.00 (0.00) **
##       16          7        83 (0.83)          0.29      0.50 -0.01 (0.00)
##       17          5        88 (0.88)          0.29      0.49 -0.00 (0.00) ***
##       18          4        92 (0.92)          0.33      0.50 -0.01 (0.00)
##       19          1        93 (0.93)          0.12      0.50 -0.01 (0.00)
##       20          2        95 (0.95)          0.29      0.50 -0.01 (0.00)
## -----------------------------------------------------------------------------
##左侧审查:0.08(8)
##右定心:0.05(5)
##节点数:100
##
##Moran’s I是使用1/测地线根据同期自相关计算得出的
##值。显著水平***<=.01,**<=.05,*<=.1。
#可视化感染/感染的分布
外面的 <- 斑点感染(差异网络,个垃圾箱= 20,K=5,对数刻度= 错误的,小时=.01)

外面的 <- 斑点感染(差异网络,个垃圾箱= 20,K=5,对数刻度= 真的,
不包括零= 真的,小时=1)
##plot_infectuscep.list中的警告(graph$graph,graph$toa,t0,normalize,:When
##应用logscale时,缺少一些观察结果。

门槛

#生成随机图
设置种子(123)
差异网络 <- rdiffnet公司(500,20,
种子节点= “随机”,
argraph.args参数= 列表(=),
阈值.dist= 功能(x个) 运行(1,.3,.7))
##(函数中的警告(图,p,算法=“端点”,both.ends=FALSE,:
##选项copy.first-设置为TRUE。在这种情况下,第一个图形将是
##作为基线,因此,T=1之后的网络将被T-1取代。
差异网络
##类diffnet的动态网络-
##名称:扩散网络
##行为:随机传染
##节点数:500(1、2、3、4、5、6、7、8…)
##时段数:20(1-20)
##类型:定向
##最终流行率:1.00
##静态属性:real_threshold(1)
##动态属性:-
#具有固定顶点大小的阈值
plot_threshold(打印阈值)(差异网络)

使用更多功能

数据(“medInnovationsDiffNet”)
设置种子(131)
plot_threshold(打印阈值)(
  医疗创新DiffNet,
顶点颜色= 绿柱石::地狱(4)[医疗创新DiffNet[[“城市”]]],
顶点x边= 医疗创新DiffNet[[“城市”]] + 2,
附属的= “注:顶点的大小和形状分别由度和城市给出”,
抖动因子= c(c)(1,1),抖动.安装= c(c)(.25,.025)
)
##函数(graph、expo、toa、include_censored=FALSE,t0=min(toa,
##:-vertex.sides-将被强制为整数。

采用率

绘图_采用程序(差异网络)

危险率

危险_比率(差异网络)

扩散过程

plot_diffnet(医疗创新DiffNet,个切片=c(c)(1,9,8))

差异.toa(br农民DiffNet)[br农场差异网络$toa公司 >= 1965] <- 不适用
打印差异2(br农民DiffNet,顶点大小= “不确定”)

设置种子(1231)

#随机无标度扩散网络
x个 <- rdiffnet公司(1000,4,请参见图表=“无标度”,参见第页采用= .025,
重新布线= 错误的,请参见节点= “中央”,
argraph.arg参数=列表(自己=错误的,米=4),
阈值.dist= 功能(身份证件) 运行(1,.2,.4))

#扩散贴图(无随机toa)
dm0(分米) <- 扩散贴图(x个,kde2d.args=列表(n个=150,小时=1),布局=记录仪::布局_with_fr)

#随机
差异.toa(x个) <- 样品(x个$toa公司,大小= nnodes(节点)(x个))

#扩散贴图(随机toa)
dm1型 <- 扩散贴图(x个,布局= dm0(分米)$坐标,kde2d.args=列表(n个=150,小时=.5))

旧款 <- 标准(无只读= 真的)
科尔 <- 维里迪斯利特::等离子体(100)
标准(mfrow公司=c(c)(1,2),奥马=c(c)(1,0,0,0),化学当量=.8)
形象(dm0(分米),列=科尔,主=“非随机采用时间\n核心采用。”)
形象(dm1型,列=科尔,主=“随机收养次数”)
标准(mfrow公司=c(c)(1,1))
多行文本(“两个网络在采用时间上的分布相同”,1,
外面的= 真的)

标准(旧款)

采用者分类

外面的 <- 分类(kfamilyDiffNet系列,包括已检测= 真的)
ftable(英尺)(外面的)
##thr非兴奋剂极低阈值。低阈值。高阈值。非常高的阈值。
##toa公司
##非吸烟者0.00 0.00 0.000 0.00
##早期采用者0.00 14.04 8.40 0.57 0.29
##早期多数0.00 5.64 11.65 5.54 2.58
##后期多数0.00 1.34 5.06 6.21 2.96
##落后0.00 1.53 0.00 0.00 34.19
#绘图
旧的 <- 标准(无只读= 真的)
标准(X射线光电子能谱仪=真的)
情节(外面的,颜色=绿柱石::地狱(5),拉斯维加斯= 2、xlab=“收养时间”,
伊拉布=“阈值”,主="")

#正在添加密钥
传奇(“底部”,图例= 水平(外面的$thr(星期三)),填充=维里迪斯利特::地狱(5),水平= 真的,
cex公司=.6,顺便提一下=“n”,插入=c(c)(0,-.1))

标准(旧款)

会话信息

##R版本4.4.1(2024-06-14)
##平台:aarch64-apple-darwin23.4.0
##运行于:macOS Sonoma 14.6.1
##
##矩阵产品:默认
##BLAS:/opt/自制/窖藏/openblas/0.3.27/lib/libopenblasp-r0.3.27.dylib
##LAPACK:/opt/自制/窖藏/r/4.4.1/lib/r/lib/libRlapack.dylib;LAPACK 3.12.0版
##
##区域设置:
##[1]en_US.UTF-8/en_US-UTF-8/en_US.UNTF-8/C/en_US。UTF-8/C/en_US
##
##时区:美国/丹佛
##tzcode源:内部
##
##附加的基本包:
##[1]stats graphics grDevices utils datasets方法库
##
##其他附加包:
##[1]净扩散R_1.22.6
##
##通过命名空间加载(未附加):
##[1]矩阵_1.7-0高_0.11 dplyr_1.4
##[4]编译器_4.4.1 tidyselect_1.2.1 Rcpp_1.0.12
##[7]networkLite_1.0.5 boot_1.3-30 yaml_2.3.8
##[10]fastmap_1.2.0晶格_0.22-6尾码_0.19-4.1
##[13]R6_2.5.1一般_0.1.3匹配It_4.5.5
##[16]图表_2.0.3 knitr_1.47 MASS_7.3-60.2
##[19]backports_1.5.0 tibble_3.2.1 statnet.common_4.9.0后台文件
##[22]立柱_1.9.0 rlang_1.1.4 utf8_1.2.4
##[25]xfun_0.45绿色Lite_0.4.2 cli_3.6.3
##[28]magrittr_2.0.3网络_1.18.2摘要_0.6.36
##[31]网格_4.4.1生命周期_1.0.4 vctrs_0.6.5
##[34]sna_2.7-2评估_0.24.0 SparseM_1.84-2
##[37]胶水_1.7.0风扇_1.0.6标记下调_2.27
##[40]工具_4.4.1 pkgconfig_2.0.3网络Dynamic_0.11.4
##[43]html工具_0.5.8.1

待办事项列表

  • 用于连接其他包类别的导入/导出功能,特别是:统计网套(特别是包装网络动态数字电视),记录仪鲁西纳.
  • 填充测试文件夹。
  • 使用法术?(选择目标将使用此)
  • 使用早期采用者、采用者和落后者,以及使用非常低、低、高和非常高阈值的阈值,按照采用类别对个人进行分类(Valete 95'p.94)。
  • 使用邻接矩阵值仔细检查所有函数。
  • 从矩阵和向量中删除数据名。使用存储在meta中的数据更有效。
  • 实施Bass模型
  • 包含导入调查数据的功能(如渐晕图所示)
  • 风险敞口基于马哈拉诺比斯距离,以及罗杰·伦德斯关于加权风险敞口(内部注释)。
  • (2016-03-30):使用X样条线用于绘制多边形和边。
  • (2016-04-04):向添加更多选项暴露即,自己(因此,无论是否删除对角线!)。
  • (2016-04-19):动物行为学家。
  • (2016-10-18):回顾整个手册的语言(不仅仅是创新)。
  • (2016-10-18):评估并最终使用标准图形格式(网络例如?)。
  • (2016-10-18):标准化图形绘制方法(选择statnet/igraph/own)