本体论:基于本体论的系统发育比较分析
为分析离散性状数据提供了新的工具,集成了生物个体学和系统发育学。它扩展了Tarasov等人(2019)以前的工作<doi:10.1093/isd/ixz009>. PARAMO管道允许将形态特征组视为单个复杂特征来重建祖先现象。在合并单个字符随机映射的过程中,该管道合并了来自本体的知识。在这里,我们通过添加新的统计方法来扩展当前的PARAMO功能,以使用非齐次泊松过程(NHPP)推断进化现象动力学。新的功能包括:(1)重建跨谱系和时间的物候进化速率转移;(2) 通过时间重构形态空间动力学;以及(3)在解剖层次的不同层次(例如,仅全身或特定区域)估计物候进化速率。该软件包还包括用户友好的工具,用于使用感兴趣生物体的矢量图像可视化不同解剖区域的进化速度。
版本: |
1.1.3 |
取决于: |
R(≥3.5.0) |
进口: |
马格里特,数字播放器,第三年,呜呜声,可开采的,ggplot2,字符串主义者,猿,植物醇,本体索引,RColorBrewer公司,网格,树干规范,芬科娃,gr导入 |
建议: |
rmarkdown公司,针织物,氧气2,测试那个(≥ 3.0.0),字符串 |
出版: |
2024-01-10 |
内政部: |
10.32614/CRAN.包装.本体论 |
作者: |
迭戈·S·波尔图[aut,cre],谢尔盖·塔拉索夫[自动] |
维护人员: |
迭戈·S·波尔图(Diego S.Porto)<diegosporto at gmail.com> |
错误报告: |
https://github.com/diegosasso/notophylo/issues |
许可证: |
麻省理工学院+文件许可证 |
网址: |
https://github.com/diegosasso/notophylo |
需要编译: |
不 |
语言: |
英语-美国 |
材料: |
自述文件 |
CRAN检查: |
本体论结果 |
文档:
下载内容:
链接:
请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=ontophylo链接到此页面。