numbat:来自scRNA-Seq的单体型CNV分析

这是一种计算方法,可以推断癌症scRNA-seq数据中的拷贝数变化(CNV),并重建肿瘤系统发育。”numbat“整合来自基因表达、等位基因比率和群体单倍型结构的信号,准确推断单个细胞中的等位基因特异性CNV并重建其谱系关系。”numbat’可用于:1。检测单个细胞的等位基因特异性拷贝数变异;2.在肿瘤微环境中区分肿瘤细胞与正常细胞;3.推断异型肿瘤的克隆结构和进化史numbat’不需要肿瘤/正常配对DNA或基因型数据,但只对供体scRNA-数据进行操作(例如,10x Cell Ranger输出)。其他示例和文档可在<https://kharchenkolab.github.io/numbat网址/>. 有关该方法的详细信息,请参阅Gao等人《自然生物技术》(2022)<doi:10.1038/s41587-022-01468-y>.

版本: 1.4.2
取决于: R(≥4.1.0),矩阵
进口: ,ca工具,数据表,右旋糖,数字播放器(≥ 1.1.1),基因组范围,ggplot2,gggraph图,ggtree(ggtree),,哈哈先生,记录仪,I范围,记录器,马格里特、方法、,optparse(操作程序),平行,平行距离,拼凑,撬棍,呜呜声,卢比,RhpcBLASctl公司,R.utils公司,规模,科学工作者(≥1.1.0),统计4,字符串,易怒的,潮汐记录仪,第三年(≥ 1.3.0),真空断路器,动物园
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司,罗普蒂姆
建议: ggrastr公司,gg排斥,针织物,矩阵统计,测试那个(≥ 3.0.0)
出版: 2024-09-20
内政部: 10.32614/CRAN.包装.numbat
作者: 滕高[cre,aut],鲁斯兰·索尔达托夫[aut],Hirak Sarkar[aut],埃文·比德斯特特[aut],彼得·哈尔琴科
维护人员: 滕高(tgaoteng at gmail.com>)
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://github.com/kharchenkolab/numbat/,https://kharchenkolab.github.io/numbat网址/
需要编译:
系统要求: GNU品牌
引用: numbat引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: numbat结果

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旧来源: numbat存档

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