datelife：关于你的出租车世系分化时间的科学数据

获取年表的方法和工作流（即具有分支长度的系统发育树与时间成比例），使用公开的、同行评审的、最先进的科学数据来研究谱系分化的时间。此包构成DateLife web服务的主要底层代码在<https://www.datelife.org>. 从一组我们实现了超距离矩阵（SDM）方法Criscuolo等人（2006）中描述了<网址：10.1080/10635150600969872>.寻找具有足够重叠的分类群的年表树丛为了总结，我们实现了定理1.1。摘自Ané等人（2009）<doi:10.1007/s00026-009-0017-x>.给定的系统发育树可以使用谱系分化时间数据进行年代测定作为二次校准（注意，参见Schenk（2016）<doi:10.1371/journal.pone.0148228>).为了获得和应用二次校准，该软件包执行所述的校准方法伊士曼等人（2013）<doi:10.111/2041-210X.12051>. 树木年代测定可以用不同的方法进行包括BLADJ（Webb等人（2008）<doi:10.1093/bioinformatics/btn358>)，路径8（Britton等人（2007）<doi:10.1080/10635150701613783>)，Bayes先生（Huelsenbeck和伦奎斯特（2001）<doi:10.1093/bioinformatics/17.8.754>)和treePL（史密斯和O'Meara（2012）<doi:10.1093/bioinformatics/bts492>).

版本：	0.6.8
取决于：	R（≥3.6.0）
进口：	猿,阿宾德,大胆的,潘戈恩,植物醇,IP地址,集群,比较,盖革，统计，字符串,旋转,古树,针织物,藻糖酶,征税,树酶，实用程序，高温气冷堆,普利尔,藻门,生物技术经理,数据表,卷曲
建议：	测试那个,针织者,rmarkdown公司,用这个,开发工具,冠状病毒,海事处,生物串
出版：	2023-06-19
内政部：	10.32614/CRAN.包装.datelife
作者：	布莱恩·奥米拉[aut]，乔纳森·伊斯曼，特蕾西·希思，April Wright[aut]，四月·赖特，克劳斯·施利普[aut]，斯科特·张伯伦，彼得·米德福德，卢克·哈蒙，约瑟夫·布朗，马特·彭奈尔，迈克·阿尔法罗，Luna L.Sanchez Reyes【aut，cre】，艾米丽·简·麦克塔维什
维护人员：	Luna L.Sanchez Reyes<Sanchez.Reyes.Luna at gmail.com>
许可证：	GPL-2型|GPL-3公司【扩展自：GPL（≥2）】
网址：	https://github.com/phylotastic/datelife网站,http://phylotastic.org/datelife网址/
需要编译：	不
系统要求：	路径8
引用：	datelife引文信息
材料：	自述文件 新闻
CRAN检查：	datelife结果

文档：

参考手册：	日期生命.pdf
渐晕图：	入门 案例研究：真正的雀鸟 制造日期生命查询 生成粗体树

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包源：	日期生命_0.6.8.tar.gz
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旧来源：	datelife存档

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