蚜虫:剖面隐马尔可夫模型分析
设计用于开发和应用用于生物序列分析的隐马尔可夫模型和轮廓HMM。包含用于多重和成对序列对齐的函数,模型构建和参数优化、文件导入/导出、,前向、后向和Viterbi算法的实现条件序列概率,基于树的序列加权,和序列模拟。具有多种潜在应用,包括数据库搜索、基因发现和注释、系统发育分析和序列分类。基于Durbin et中描述的模型和算法al(1998年,国际标准图书编号:9780521629713)。
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