夸卡 swMATH ID: 27666 软件作者： 李，F。；李，C。；Marquez-Lago，T.T。；Leier，A。；Akutsu，T.等人。；珀塞尔，A.W。；Ian Smith，A。；Lithgow，T。；Daly，R.J。；J·宋。 描述： Quokka：快速准确预测人类蛋白质组中激酶家族特异性磷酸化位点的综合工具。动机：激酶调节的磷酸化是真核细胞和原核细胞中普遍存在的一种翻译后修饰（PTM）。磷酸化在许多信号通路和生物过程中起着基础作用，例如蛋白质降解和蛋白质相互作用。实验研究表明，异常磷酸化引起的信号缺陷与多种人类疾病，尤其是癌症密切相关。有鉴于此，已经建立了许多旨在准确预测蛋白激酶家族特异性或激酶特异性磷酸化位点的计算方法，从而促进磷酸蛋白质组数据分析。结果：在这项工作中，我们提出了一种新的生物信息学工具Quokka，它允许用户快速准确地识别人类激酶家族调节的磷酸化位点。Quokka是使用多种序列评分函数结合优化的逻辑回归算法开发的。我们根据Phospho精心准备的最新基准和独立测试数据集对Quokka进行了评估。ELM和UniProt数据库。独立测试表明，与最先进的磷酸化预测计算工具相比，Quokka提高了预测性能。总之，我们的工具为用户提供了高质量的预测人类磷酸化位点，用于假设生成和生物验证。可用性和实现：Quokka Web服务器和数据集在http://quokka.erc.monash.edu/。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29947803 相关软件： pLoc-动物;pLoc-mHum（位置-湿度）;iKcr-PseEns公司;pLoc-mGneg公司;pLoc-mEuk公司;iPTM-mLys公司;iRNA心理健康;iRSpot-Pse6NC;iRO-3wPseKNC;i增强-EL;2L小核糖核酸;iDNA6mA-PseKNC公司;iRNA-3类型A;iProt-Sub（iProt-Sub）;iPromoter-2L型;iRSpot-EL接口;iRNAm5C-PseDNC;iRSpot-PseDNC公司;PseKNC公司;iSuc-选择权 引用于： 5文件 全部的 前5名18位作者引用 2 周国成 2 肖宣 1 程翔 1 Chong，Kil To村 1 郭飞 1 贾建华 1 李晓燕 1 陆千子 1 潘，易 1 邱、王仁 1 沈以南 1 苏东青 1 唐继军 1 希拉·塔亚拉 1 王世元 1 杨磊 1 张琪 1 左永春 连载1篇 5 理论生物学杂志 在3个字段中引用 5 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 计算机科学（68至XX） 2 统计学（62-XX） 按年份列出的引文