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iRNA-PseU基因

swMATH ID: 27659
软件作者: Chen,W。;Tang,H。;Ye,J。;Lin,H。;周,K.-C。
描述: iRNA-PseU:识别RNA假尿苷位点。作为最丰富的RNA修饰,假尿苷在许多生物过程中发挥着重要作用。这种修饰发生在尿苷位点,由假尿苷合成酶催化,几乎在所有种类的RNA中都观察到,包括转移RNA、信使RNA、小核仁或核仁RNA以及核糖体RNA。因此,它对基础研究和药物开发的重要性不言而喻。尽管已经开发了一些检测假尿苷位点的实验技术,但它们既耗时又昂贵。面对后基因组时代RNA序列的爆炸性增长,我们面临着通过计算方法解决这个问题的挑战:对于一个未经特征化的RNA序列,我们能否预测其尿苷位点中哪些可以被修饰为假尿苷,哪些不能?这里,通过将核苷酸的化学性质及其出现频率密度分布纳入伪核苷酸组成(PseKNC)的一般形式,提出了一种称为“iRNA-PseU”的预测因子。通过严格的折刀测试、独立数据集测试和实际的全基因组分析证明,所提出的预测因子显著优于其对应物。为了方便大多数实验科学家,iRNA-PseU的网络服务器建立在http://lin.uestc.edu.cn/server/iRNA-PseU用户无需仔细阅读数学细节即可轻松获得所需结果。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5330936/
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