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iHyd-PseCp公司

swMATH ID: 23952
软件作者: 邱,W.R。;Sun,B.Q。;X.肖。
描述: iHyd-PseCp:通过将序列偶联效应纳入一般PseAAC,识别蛋白质中的羟脯氨酸和羟赖氨酸。蛋白质羟基化是一种翻译后修饰(PTM),其中Pro(P)或Lys(K)残基中的CH基团被转化为COH基团,或羟基(-OH)被转化为有机化合物。这种PTM与细胞信号活动密切相关,也与一些主要疾病有关,如胃癌和肺癌。因此,从基础研究和药物开发的角度来看,我们面临着一个具有挑战性的问题:对于一个含有许多P或K残基的无特征蛋白质序列,哪些可以羟基化,哪些不能?随着蛋白质序列在后基因组时代的爆炸性增长,这个问题变得更加紧迫。为了解决这一问题,我们开发了一个名为iHyd-PseCp的预测器,将序列耦合信息合并到通用伪氨基酸组成(PseAAC)中,并引入“随机森林”算法进行计算。严格的折刀试验表明,在相同的目的下,新的预测值显著优于现有的最先进的预测方法。为了方便大多数实验科学家,已在http://www.jci-bioinfo.cn/iHyd-PseCp,用户可以很容易地获得他们想要的结果,而不需要经过复杂的数学方程。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27322424
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