RazerS（剃须刀） swMATH ID: 22766 软件作者： 韦斯，D.，霍尔特格鲁，M.，雷内特，K。 描述： RazerS 3：快速、完全敏感的读取映射。动机：在过去几年中，下一代测序技术已经成为生物医学科学中许多应用的关键技术。吞吐量持续增加，新协议提供的读取时间比当前可用的更长。在几乎所有的应用程序中，读取映射是第一步。因此，关键是要有执行速度快、灵敏度高、能够处理长时间读取和大量绝对数量的插入和删除的算法和实现。结果：RazerS是一个基于q-grams计数的灵敏度可调的读取映射程序。在这项工作中，我们提出了后继的RazerS 3，它现在支持共享内存并行，一个具有可调灵敏度的额外基于种子的滤波器，一个更快的Myers比特矢量算法的带状版本，用于验证、节省内存措施和支持SAM输出格式。这大大提高了映射读取的性能，特别是具有许多错误的长读取。我们将RazerS3与其他流行的读取映射器进行了广泛的比较，并表明其结果在灵敏度方面通常优于它们，同时显示出实用且通常具有竞争力的运行时间。此外，RazerS3没有预先计算的索引。可用性和实现：源代码和二进制文件可在以下网站免费下载：http://www.seqan.de/projects/razers。RazerS 3在C++和OpenMP中使用SeqAn库在GPL许可下实现，并支持Linux、Mac OS X和Windows。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22923295 相关软件： 布瓦;序列号;蝴蝶结2;图案计数器;通过;缩放;PatMaN公司;虾;香皂;KNIME公司;编程辅助工具;UniProt公司;提升C++库;生物蟒蛇;BLAT（爆炸）;柠檬;巴基斯坦;SeqLib（序列库）;libsequence（库序列）;石匠 引用于： 4文件 全部的 前5名13位作者引用 1 塞巴斯蒂安·比尼 1 Błażewicz，雅克 1 沃伊切赫·弗洛姆贝格 1 玛尔塔·哥尔达 1 汉内斯·豪斯代尔 1 米查尔·基尔琴卡 1 格雷戈里·库切洛夫 1 不，洛朗 1 米卡·萨尔森 1 海莱内·图泽特 1 克里斯托夫·弗罗兰 1 PawełT，Wojciechowski。 1 彼得·苏尔科夫斯基 3篇连载文章中引用 1 计算与决策科学基础 1 离散算法杂志 1 计算生物学 在2个字段中引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文