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iPro54-PseKNC

swMATH ID: 22411
软件作者: 林,H。;邓永中。;丁·H。;Chen,W。;周,K.-C。
描述: iPro54-PseKNC:一种基于序列的预测因子,用于识别具有伪k元组核苷酸组成的原核生物中的sigma-54启动子。σ(54)启动子在原核基因组中是唯一的,负责转录碳和氮相关基因。随着后基因组时代产生的基因组序列雪崩,人们迫切需要开发自动化方法来快速有效地识别σ(54)启动子。在此,开发了一个名为“iPro54-PseKNC”的预测因子。在预测器中,DNA序列样本由一种称为“伪k元组核苷酸组成”的新特征向量表示,该特征向量通过增量特征选择过程进一步优化。iPro54-PseKNC的性能在严格的基准数据集上通过严格的折刀交叉验证测试进行了检验。作为一个用户友好的网络服务器,iPro54PseKNC可以在http://lin.uestc.edu.cn/server/iPro54-PseKNC。为了方便绝大多数实验科学家,我们提供了一个循序渐进的协议指南,介绍了如何使用web服务器获得所需的结果,而无需遵循本文中提出的复杂数学,仅仅是为了其完整性。同时,我们还通过深入的统计分析发现,转录起始位点和翻译起始位点之间的距离分布受γ分布的控制,这可能为研究σ(54)启动子提供了一个基本的物理原理。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25361964
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引用于: 32文件

2篇连载文章中引用

31 理论生物学杂志
1 数学生物科学

按年份列出的引文