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码头

swMATH ID:	17094
软件作者：	阿列克谢·古列维奇、弗拉迪斯拉夫·萨维列夫、尼古拉·维亚希、格伦·特斯勒
描述：	QUAST：基因组组装的质量评估工具。摘要：基因组测序技术的局限性导致了数十种组装算法，但没有一种是完美的。已经开发了许多比较组装体的方法，但没有一种是公认的基准。此外，大多数现有的比较组装体的方法只适用于成品基因组的新组装体；评估以前未排序物种集合的问题尚未得到充分考虑。在这里，我们介绍了QUAST——一种用于评估和比较基因组组装的质量评估工具。该工具以新的理念和质量指标改进了领先的装配比较软件。QUAST既可以使用参考基因组评估装配，也可以不使用参考基因组。QUAST制作了许多报告、汇总表和绘图，以帮助科学家进行研究和发表论文。在本研究中，我们使用QUAST比较了三个数据集上的几个基因组组装器。补充材料中提供了所有QUAST表格和绘图，QUAST网站上提供了这些报告的交互式版本。可利用性：http://bioinf.spbau.ru/quast
主页：	http://bioinf.spbau.ru/quast
相关软件：	深渊;天鹅绒;SPAdes系列;IDBA-UD公司;卡努;OMGS公司;最小值2;埃米尔吉;蝴蝶结2;恶意诽谤者;PBSIM卡;OMBlast公司;SEQuel公司;基因组;消音器;阿拉伯;输液;MULKSG公司;MEGAHIT公司;GitHub公司
引用于：	7文件

2	克里斯蒂娜·鲍彻
2	利纳·萨梅拉
1	巴哈州阿里帕纳希
1	鲁门·A·安多诺夫。
1	安东·班奇维奇
1	赫里斯托·尼科洛夫·吉杰耶夫
1	波琳娜·德罗兹多娃
1	弗南德斯·阿纳亚（Fernández-Anaya，Guillermo）
1	弗朗索瓦，塞巴斯蒂安
1	托马斯·加特
1	汤姆·哈特曼
1	克里希那穆尔蒂，斯里拉姆
1	米林·纳拉扬劳·库尔卡尼
1	多米尼克·拉维尼耶
1	Mallén-Fullerton，Guillermo M。
1	马丁·马格利（Martin D.Muggli）。
1	穆克吉、金舒克
1	帕维尔·A·佩夫茨纳。
1	西蒙·普格利西。
1	基罗兹·伊巴拉，J.埃米利奥
1	马西米利亚诺·罗西
1	彼得·斯塔德勒（Peter F.Stadler）。
1	冯·洛尼森，萨拉
1	克里斯托弗·赖特

算法