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追踪SARS-CoV-2演变的统计挑战。 (英语) Zbl 07535198号

概述:SARS-CoV-2的基因组监测有助于跟踪大流行期间病毒的传播和演变。从感染者中分离出的SARS-CoV-2分子序列的可用性,再加上分子动力学方法,为深入了解病毒的起源、进化速度、引入时机、传播模式以及在人群中传播的新变异体的兴起提供了线索。尽管各国政府、实验室和研究人员在全球范围内为收集和排序分子数据做出了巨大努力,但在分析和解释收集的数据方面仍存在许多挑战。在这里,我们描述了目前用于监测SARS-CoV-2传播的模型和方法,讨论了长期存在的和新的统计挑战,并提出了一种方法来跟踪疫情期间新变体的增加。

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62至XX 统计
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参考文献:

[1] ALTEKAR,G.、DWARKADAS,S.、HUELSENBECK,J.P.和RONQUIST,F.(2004)。并行都市耦合马尔可夫链蒙特卡罗用于贝叶斯系统发育推断。生物信息学20 407-415.
[2] AL KHATIB,H.A.、BENSLIMANE,F.M.、ELBASHIR,I.E.、COYLE,P.V.、AL MASLAMANI,M.A.、AL-KHAL,A.、AL THANI,A.和YASSINE,H.M.(2020年)。不同疾病严重程度的Covid-19患者中Sars-CoV-2的宿主多样性。前面。单元格。感染。微生物。10 534. ·doi:10.3389/fcim.2020.575613
[3] 安德森·K·G、兰巴特·A、利普金·W·I、霍姆斯·E·C和加里·R·F(2020)。Sars-CoV-2的近端起源。自然医学。26 450-452. ·doi:10.1038/s41591-020-0820-9
[4] 安德烈·奥列蒂,J.、茨瓦恩斯,A.、沃诺克,R.C.M.、阿吉里·费尔南德斯,G.、巴里多·索塔尼,J.,古普塔,A.、斯塔德勒,T.和马尼奥,M.(2020年)。天际线出生-死亡过程,用于从具有实例的重建树推断种群大小。生物Rxiv2020.10.27.356758. ·数字对象标识代码:10.1101/2020.10.27.356758
[5] AYRES,D.L.,DARLING,A.,ZWICKL,D.J.,BEERLI,P.,HOLDER,M.T.,LEWIS,P.O.,HUELSENBECK,J.P.,RONQUIST,F.,SWOFFORD,D.L等人(2012年)。BEAGLE:用于统计系统发生学的应用程序编程接口和高性能计算库。系统。生物。61 170-173.
[6] BARIDO-SOTTANI,J.、VAUGHAN,T.G.和STADLER,T.(2020年)。用于贝叶斯推断血统特定出生率和死亡率的多类型出生-死亡模型。系统。生物。69 973-986. ·doi:10.1093/sysbio/syaa016
[7] BEAUMONT,M.A.、ZHANG,W.和BALDING,D.J.(2002)。群体遗传学中的近似贝叶斯计算。遗传学162 2025-2035. ·doi:10.1093/genetics/162.4.2025
[8] BEHR,M.、ANSARI,M.A.、MUNK,A.和HOLMES,C.(2020年)。测试对树结构的依赖性。程序。国家。阿卡德。科学。美国117 9787-9792. ·Zbl 1485.62078号 ·doi:10.1073/pnas.1912957117
[9] Berestycki,N.(2009年)。凝聚理论的最新进展.Ensaios Matemáticos公司[数学调查] 16. 里约热内卢马特马提卡巴西社会·Zbl 1204.60002号
[10] BIERKENS,J.(2016)。不可逆大都市——黑斯廷斯。统计计算。26 1213-1228. ·Zbl 1360.65040号 ·doi:10.1007/s11222-015-9598-x
[11] Billera,L.J.、Holmes,S.P.和Vogtmann,K.(2001)。系统发育树空间的几何结构。应用程序中的高级。数学。27 733-767. ·Zbl 0995.92035号 ·doi:10.1006/aama.2001.0759
[12] Blei,D.M.、Kucukelbir,A.和McAuliffe,J.D.(2017)。变分推理:统计学家评论。J.Amer。统计师。协会。112 859-877. ·doi:10.1080/01621459.2017.1285773
[13] BLUM,M.G.B.和FRANÇOIS,O.(2010年)。近似贝叶斯计算的非线性回归模型。统计计算。20 63-73. ·doi:10.1007/s11222-009-9116-0
[14] BONI,M.F.、LEMEY,P.、JIANG,X.、LAM,T.T.Y.、PERRY,B.W.、CASTOE,T.A.、RAMBAUT,A.和ROBERTSON,D.L.(2020年)。导致新冠肺炎大流行的Sars-CoV-2 sarbecovirus谱系的进化起源。自然微生物。5 1408-1417.
[15] BOSKOVA,V.、BONHOEFFER,S.和STADLER,T.(2014)。基于使用出生-死亡和合并模型的模拟系统发育推断流行病学动态。公共科学图书馆计算。生物。10 1-18. ·doi:10.1371/journal.pcbi.1003913
[16] BOUCHARD-CÔTé,A.,SANKARARAMAN,S.和JORDAN,M.I.(2012)。通过序贯蒙特卡罗进行系统发育推断。系统。生物。61 579-593.
[17] BOUCHARD-CÔTÉ,A.、VOLLMER,S.J.和DOUCET,A.(2018a)。弹性粒子采样器:一种不可逆无排斥马尔可夫链蒙特卡罗方法。J.Amer。统计师。协会。113 855-867. ·Zbl 1398.60084号 ·doi:10.1080/01621459.2017.1294075
[18] BOUCHARD-CÔTé,A.、VOLLMER,S.J.和DOUCET,A.(2018b)。弹性粒子采样器:一种不可逆无排斥马尔可夫链蒙特卡罗方法。J.Amer。统计师。协会。113 855-867. ·Zbl 1398.60084号 ·doi:10.1080/01621459.2017.1294075
[19] BOUCKAERT,R.、VAUGHAN,T.G.、BARIDO-SOTTANI,J.、DUCHáNE,S.、FOURMENT,M.、GAVRYUSHKINA,A.、HELED,J.,JONES,G.、KüHNERT,D.等人(2019年)。BEAST 2.5:贝叶斯进化分析的高级软件平台。公共科学图书馆计算。生物。15 e1006650。
[20] BRITTON,T.(2010年)。随机流行病模型:一项调查。数学。Biosci公司。225 24-35. ·Zbl 1188.92031号 ·doi:10.1016/j.ms.2010.01.006
[21] CAPPELLO,L.和PALACIOS,J.A.(2021)。风动力学中的自适应优先采样及其在Sars-CoV-2中的应用。J.计算。图表。统计师。1-12. ·Zbl 07547631号 ·doi:10.1080/10618600.2021.1987256
[22] CAPPELLO,L.、VEBER,A.和PALACIOS,J.A.(2020年)。塔吉玛异时聚结物:从异时采样的分子数据推断。预印本。可从arXiv获取:2004.06826。
[23] CAPPELLO,L.、KIM,J.、LIU,S.和PALACIOS,J.A.(2022年)。补充“跟踪SARS-CoV-2演变的统计挑战”https://doi.org/10.1214/22-STS853SUPP网站
[24] CHOI,S.C.(2020年)。2019年东亚冠状病毒病流行态势的分子动力学分析。韩国微生物学会56 241-253.
[25] CHOPIN,N.和PAPASPILIOPOULOS,O.(2020年)。序贯蒙特卡罗法简介.统计学中的斯普林格系列查姆施普林格·Zbl 1453.62005年 ·doi:10.1007/978-3-030-47845-2
[26] COLIJN,C.和PLAZZOTTA,G.(2017年)。系统发育树形状的度量。系统。生物。67 113-126. ·doi:10.1093/sysbio/syx046
[27] Cybis,G.B.、Sinsheimer,J.S.、Bedford,T.、Mather,A.E.、Lemey,P.和Suchard,M.A.(2015)。通过多元系统发育潜在责任模型评估表型相关性。附录申请。斯达。9 969-991. ·Zbl 1454.62324号 ·doi:10.1214/15-AOAS821
[28] DAVIES,N.G.、ABBOTT,S.、BARNARD,R.C.、JARVIS,C.I.、KUCHARSKI,A.J.、MUNDAY,J.D.、PEARSON,C.A.、RUSSELL,T.W.、TULLY,D.C.等人(2021年)。Sars-CoV-2谱系B.1.1的估计传播率和影响。7人在英格兰。科学类372
[29] DEARLOVE,B.和WILSON,D.J.(2013)。传染病的联合推断:丙型肝炎的Meta分析。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。368 20120314. ·doi:10.1098/rstb.2012.0314
[30] DELLICOUR,S.、DURKIN,K.、HONG,S.L.、VANMECHELEN,B.、MARTí-CARRERAS,J.、GILL,M.S.、MEEX,C.、BONTEMS,S.和ANDRE,E.等人(2021年)。一个用于快速了解Sars-CoV-2谱系传播历史和动力学的细胞动力学工作流程。分子生物学。进化。38 1608-1613.
[31] DENG,X.,GU,W.,FEDERMAN,S.,DU PLESSIS,L.,PYBUS,O.G.,FARIA,N.R.,WANG,C.,YU,G.,BUSHNELL,B.等人(2020年)。基因组监测显示,Sars-CoV-2多次传入加利福尼亚州北部。科学类369 582-587.
[32] Diggle,P.J.、Menezes,R.和Su,T.(2010年)。优先抽样下的地质统计推断。J.R.统计社会服务。C.申请。斯达。59 191-232. ·文件编号:10.1111/j.1467-9876.2009.00701.x
[33] DINH,V.,DARLING,A.E.和IV,F.A.M.(2018年)。在线贝叶斯系统发育推断:序贯蒙特卡罗的理论基础。系统。生物。67 503-517. ·doi:10.1093/sysbio/syx087
[34] DRUMMOND,A.和RODRIGO,A.G.(2000年)。使用连续样本UPGMA在分子钟假设下重建连续样本的系谱。分子生物学。进化。17 1807-1815.
[35] DU PLESSIS,L.、MCCRONE,J.T.、ZAREBSKI,A.E.、HILL,V.、RUIS,C.、GUTIERREZ,B.、RAGHWANI,J.、ASHWORTH,J.和COLQUHOUN,R.等人(2021年)。英国Sars-CoV-2流行的建立和谱系动力学。科学类371 708-712.
[36] EFRON,B.、HALLORAN,E.和HOLMES,S.(1996)。系统发育树的引导置信度。程序。国家。阿卡德。科学。美国93 7085-7090. ·Zbl 0871.62092号
[37] FAULKNER,J.R.、MAGEE,A.F.、SHAPIRO,B.和MININ,V.N.(2020年)。有效人口规模轨迹的基于马蹄形的贝叶斯非参数估计。生物计量学(正在印刷中)·Zbl 1468.62381号
[38] FEATHERSTONE,L.A.、DI GIALONARDO,F.、HOLMES,E.C.、VAUGHAN,T.G.和DUCH?NE,S.(2021)。传染病的发生动力学数据。方法经济学。进化。12 1498-1507. ·doi:10.1111/2041-210X.13620
[39] Felsenstein,J.(1985)。系统发育和比较方法。阿默尔。国家。125 1-15.
[40] FELSENSTEIN,J.(2004)。推断系统发育2.Sinauer是马萨诸塞州桑德兰市的合伙人。
[41] Felsenstein,J.(2005)。使用定量遗传阈值模型进行物种间和物种内的推断。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。360 1427-1434.
[42] FELSENSTEIN,J.(2012)。使用阈值模型对离散和连续字符进行比较的方法。阿默尔。国家。179 145-156.
[43] FELSENSTEIN,J.和RODRIGO,A.G.(1999)。艾滋病毒群体遗传学的联合方法。HIV的进化233-272. 约翰·霍普金斯大学出版社,巴尔的摩。
[44] FITCH,W.M.(1971)。定义进化过程:特定树拓扑的最小变化。系统。生物。20 406-416.
[45] FOURMENT,M.,CLAYWELL,B.C.,DINH,V.,MCCOY,C.,IV,F.A.M.和DARLING,A.E.(2018年)。有效的在线贝叶斯系统发育学通过序贯蒙特卡罗和指导建议。系统。生物。67 490-502. ·doi:10.1093/sysbio/syx090
[46] Frick,K.、Munk,A.和Sieling,H.(2014)。多尺度变化点推理。J.R.统计社会服务。B.统计方法。76 495-580. ·Zbl 1411.62065号 ·doi:10.1111/rssb.12047
[47] FROST,S.D.W.、PYBUS,O.G.、GOG,J.R.、VIBOUD,C.、BONHOEFFER,S.和BEDFORD,T.(2015)。门动力学推断的八大挑战。流行病10 88-92. ·doi:10.1016/j.epidem.2014.09.001
[48] GEIDELBERG,L.,BOYD,O.,JORGENSEN,D.,SIVERONI,I.,NASCIMENTO,F.F.,JOHNSON,R.,RAGONNET-CRONIN,M.,FU,H.,WANG,H.等人(2021年)。中国一起密集抽样的新冠肺炎疫情的基因组流行病学。病毒进化7.牛肉102·doi:10.1093/ve/veaa102
[49] GERNHARD,T.(2008)。条件重建过程。J.理论。生物。253 769-778. ·Zbl 1398.92171号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.04.005
[50] GILL,M.S.、LEMEY,P.、SUCHARD,M.A.、RAMBAUT,A.和BAELE,G.(2020)。BEAST中的在线贝叶斯门动力学推断及其在疫情重建中的应用。分子生物学。进化。37 1832-1842. ·doi:10.1093/molbev/msaa047
[51] Grafen,A.(1989)。系统发育回归。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。326 119-157.
[52] 格伦费尔,B.T.、PYBUS,O.G.、GOG,J.R.、WOOD,J.L.N.、DALY,J.M.、MUMFORD,J.A.和HOLMES,E.C.(2004)。统一病原体的流行病学和进化动力学。科学类303 327-332.
[53] GRIFFITHS,R.C.和TAVARE,S.(1994)。可变环境中中性等位基因的抽样理论。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。344 403-410.
[54] GRUBAUGH,N.D.,GANGAVARAPU,K.,QUICK,J.,MATTESON,N.L.,DE JESUS,J.G.,MAIN,B.J.,TAN,A.L.,PAUL,L.M.,BRACKNEY,D.E.等人(2019年)。使用PrimalSeq和iVar准确测量宿主内病毒多样性的基于扩增子的测序框架。基因组生物学。20 1-19.
[55] GUPTA,A.、MANCEAU,M.、VAUGHAN,T.、KHAMMASH,M.和STADLER,T.(2020年)。重建的系统发育树与发生数据的概率分布。J.理论。生物。488 110115, 10. ·兹比尔1430.92054 ·doi:10.1016/j.jtbi.2019.110115
[56] 哈德菲尔德,J.、梅吉尔,C.、贝尔,S.M.、哈德莱斯顿,J.,波特,B.、卡伦德,C.、SAGULENKO,P.、贝德福德,T.和内尔,R.A.(2018)。下一菌株:实时跟踪病原体进化。生物信息学34 4121-4123. ·doi:10.1093/bioinformatics/bty407
[57] HASEGAWA,M.、KISHINO,H.和YANO,T.(1985)。线粒体DNA分子钟测定人类分裂的年代。《分子进化杂志》。2 160-164.
[58] HELED,J.和DRUMMOND,A.J.(2008)。多基因座群体规模历史的贝叶斯推断。BMC演变。生物。8 289. ·doi:10.1186/1471-2148-8-289
[59] HODCROFT,E.B.,ZUBER,M.等人(2021年)。2020年夏季,Sars-CoV-2变种在欧洲传播。自然595 707-712. ·doi:10.1038/s41586-021-03677-y
[60] Hoffman,M.D.、Blei,D.M.、Wang,C.和Paisley,J.(2013)。随机变分推理。J.马赫。学习。物件。14 1303-1347. ·Zbl 1317.68163号
[61] HUANG,Z.和GELMAN,A.(2005)。大数据集贝叶斯计算的抽样。可从SSRN 1010107获取。
[62] HUELSENBECK,J.P.和RANNALA,B.(2003年)。在不确定系统发育的比较分析中检测性状之间的相关性。进化57 1237-1247.
[63] JONES,B.R.,KINLOCH,N.N.,HORACSEK,J.,GANASE,B.,HARRIS,M.,HARRIGAN,P.R.,JONES,R.B.,BROCKMAN,M.A.,JOY,J.B.等人(2018年)。恢复潜在HIV序列与宿主整合日期的系统发育方法。程序。国家。阿卡德。科学。美国115 E8958-E8967·doi:10.1073/pnas.1802028115
[64] Jordan,M.I.、Ghahramani,Z.、Jaakkola,T.S.和Saul,L.K.(1999)。介绍图形模型的变分方法。机器。学习。37 183-233. ·Zbl 0945.68164号
[65] KARCHER,M.D.、PALACIOS,J.A.、BEDFORD,T.、SUCHARD,M.A.和MININ,V.N.(2016)。量化和减轻优先采样对门动力学推断的影响。公共科学图书馆计算。生物。12 e1004789。
[66] KARCHER,M.D.、SUCHARD,M.A.、DUDAS,G.和MININ,V.N.(2020年)。根据优先取样的遗传序列估计有效的种群规模变化。公共科学图书馆计算。生物。新闻界。
[67] KERMACK,W.O.、MCKENDRICK,A.G.和WALKER,G.T.(1927年)。对流行病数学理论的贡献。程序。R.Soc.伦敦。序列号。A、 包含。巴普。数学。物理学。字符115 700-721. ·doi:10.1098/rspa.1927.0118
[68] KIM,J.、ROSENBERG,N.A.和PALACIOS,J.A.(2020年)。排序进化树的距离度量。程序。国家。阿卡德。科学。美国117 28876-28886. ·Zbl 1485.92076号 ·doi:10.1073/pnas.1922851117
[69] KINGMAN,J.F.C.(1982a)。融合。随机过程。申请。13 235-248. ·Zbl 0491.60076号 ·doi:10.1016/0304-4149(82)90011-4
[70] KINGMAN,J.F.C.(1982b)。关于大量人口的谱系。J.应用。普罗巴伯。19A第27-43页·兹比尔0516.92011
[71] KOELLE,K.和RASMUSSEN,D.A.(2012年)。平衡状态下常见流行病学模型的合并率。J.R.Soc.接口9 997-1007. ·doi:10.1098/rsif.2011.0495
[72] KüHNERT,D.、STADLER,T.、VAUGHAN,T.G.和DRUMMOND,A.J.(2016)。带迁移的叶脉动力学:从基因组数据量化种群结构的计算框架。分子生物学。进化。33 2102-2116. ·doi:10.1093/molbev/msw064
[73] LAN,S.、PALACIOS,J.A.、KARCHER,M.、MININ,V.N.和SHAHBABA,B.(2015)。基于联合的非参数风动力学的有效贝叶斯推理框架。生物信息学31 3282-3289.
[74] LEMEY,P.、HONG,S.L.、HILL,V.、BAELE,G.、POLETTO,C.、COLIZZA,V.和O'TOOLE,A。,MCCRONE,J.T.、ANDERSEN,K.G.等人(2020年)。在Sars-CoV-2的贝叶斯系统地理推断中容纳个体旅行历史和未采样多样性。国家通讯社。11 1-14.
[75] LEMEY,P.,RUKTANONCHAI,N.,HONG,S.L.,COLIZZA,V.,POLETTO,C.,DEN BROECK,F.V.,GILL,M.S.,JI,X.,LEVASSEUR,A.等人(2021年)。欧洲新冠肺炎死灰复燃,引荐不休。自然595 713-717. ·doi:10.1038/s41586-021-03754-2
[76] LEUNG,K.、SHUM,M.H.、LEUNG、G.M.、LAM,T.T.和WU,J.T.(2021年)。2020年10月至11月,英国对严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型N501Y突变株的早期传播性评估。欧洲监管。26 2002106.
[77] LEWIS,P.O.、XIE,W.、CHEN,M.-H.、FAN,Y.和KUO,L.(2014)。后验预测贝叶斯系统发育模型选择。系统。生物。63 309-321.
[78] LI,L.M.,GRASSLY,N.C.和FRASER,C.(2017)。利用病原体系统发育和发病时间序列量化传播异质性。分子生物学。进化。34 2982-2995. ·doi:10.1093/molbev/msx195
[79] LINTUSAARI,J.、GUTMANN,M.U.、DUTTA,R.、KASKI,S.和CORANDER,J.(2016)。近似贝叶斯计算的基本原理和最新发展。系统。生物。66 e66-e82·doi:10.1093/sysbio/syw077
[80] LOPEZ BERNAL,J.、ANDREWS,N.、GOWER,C.、GALLAGHER,E.、SIMMONS,R.、THELWALL,S.、STOWE,J.,TESSIER,E.,GROVES,N.等人(2021年)。针对B.1.617.2(delta)变体的新型冠状病毒疫苗的效力。北英格兰。医学杂志。385 585-594. ·doi:10.1056/NEJMoa2108891文件
[81] LOUCA,S.、MCLAUGHLIN,A.、MACPHERSON,A.、JOY,J.B.和PENNELL,M.W.(2021年)。分子流行病学中的基本可识别极限。分子生物学。进化。38 4010-4024. ·doi:10.1093/molbev/msab149
[82] MACCANNELL,T.、BATSON,J.、BONIN,B.、KC,A.、QUENELLE,R.、STRONG,B.、LIN,W.、RUDMAN,S.L.、DYNERMAN,D.等人(2021年)。加利福尼亚州圣克拉拉县集中医疗设施中Sars-CoV-2的基因组流行病学和传播动力学。临床。感染。数字化信息系统。.
[83] MACPHERSON,A.、LOUCA,S.、MCLAUGHLIN,A.、JOY,J.B.和PENNELL,M.W.(2021)。统一流行病学和宏观进化中的系统发育出生-死亡模型。系统。生物。.syab049·doi:10.1093/sysbio/syab049
[84] MANCEAU,M.、GUPTA,A.、VAUGHAN,T.和STADLER,T.(2021)。祖先种群规模的概率分布取决于重建的具有发生数据的系统发育树。J.理论。生物。509论文编号110400,18·Zbl 1457.92130号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2020.110400
[85] MARJORAM,P.和TAVARé,S.(2006年)。分析分子遗传变异数据的现代计算方法。Nat.Rev.基因。7 759-770.
[86] MARJORAM,P.、MOLITOR,J.、PLAGNOL,V.和TAVAR E,S.(2003)。无可能性的马尔可夫链蒙特卡罗。程序。国家。阿卡德。科学。美国100 15324-15328. ·doi:10.1073/pnas.0306899100
[87] MAURANO,M.T.、RAMASWAMI,S.、ZAPPILE,P.、DIMARTINO,D.、BOYTARD,L.、RIBEIRO-DOS SANTOS,A.M.、VULPESCU,N.A.、WESTBY,G.、SHEN,G.等人(2020年)。测序确定了多种早期Sars-CoV-2引入纽约地区的情况。基因组研究。30 1781-1788.
[88] MILLER,D.、MARTIN,M.A.、HAREL,N.、TIROSH,O.、KUSTIN,T.、MEIR,M.、SOREK,N.,GEFEN-HALEVI,S.、AMIT,S.等人(2020年)。全基因组病毒序列为Sars-CoV-2在以色列境内传播的模式提供信息。国家通讯社。11 5518. ·doi:10.1038/s41467-020-19248-0
[89] MINH,B.Q.,SCHMIDT,H.A.,CHERNOMOR,O.,SCHREMPF,D.,WOODHAMS,M.D.,VON HAESELER,A.和LANFEAR,R.(2020)。IQ-TREE 2:基因组时代系统发育推断的新模型和有效方法。分子生物学。进化。37 1530-1534.
[90] MININ,V.N.、BLOOMQUIST,E.W.和SUCHARD,M.A.(2008)。通过一个粗糙的天际线平稳飞行:基于贝叶斯合并的人口动力学推断。分子生物学。进化。25 1459-1471.
[91] MOREL,B.,BARBERA,P.,CZECH,L.,BETTISWORTH,B.,HüBNER,L.、LUTTEROP,S.、SERDARI,D.、KOSTAKI,E.-G.、MAMAIS,I.等人(2021年)。Sars-CoV-2数据的系统发育分析很困难。分子生物学。进化。38 1777-1791.
[92] MORENO,G.K.,BRAUN,K.M.,RIEMERSMA,K.K.,MARTIN,M.A.,HALFMANN,P.J.,CROOKS,C.M.,PRALL,T.,BAKER,D.,BACZENAS,J.J.等人(2020年)。揭示Sars-CoV-2引入和传播中的精细时空差异。国家通讯社。11 5558. ·数字对象标识代码:10.1038/s41467-020-19346-z
[93] MüLLER,N.F.和BOUCKAERT,R.R.(2020年)。BEAST 2的自适应大都市耦合MCMC。同行J8电子9473·doi:10.7717/peerj.9473
[94] MüLLER,N.F.、KISTLER,K.E.和BEDFORD,T.(2022)。冠状病毒的重组模式。生物Rxiv. ·doi:10.1101/2021.04.28.441806
[95] Müller,N.F.、Rasmussen,D.A.和Stadler,T.(2017年)。结构化合并及其近似。分子生物学。进化。34 2970-2981. ·doi:10.1093/molbev/msx186
[96] MüLLER,N.F.,WAGNER,C.,FRAZAR,C.D.,ROYCHOUDHURY,P.,LEE,J.,MONCLA,L.H.,PELLE,B.,RICHARDSON,M.,RYKE,E.等人(2021年)。病毒基因组揭示了华盛顿州Sars-CoV-2爆发的模式。科学。Transl.公司。医学。13
[97] NADEAU,S.A.、VAUGHAN,T.G.、SCIRE,J.、HUISMAN,J.S.和STADLER,T.(2021)。Sars-CoV-2在欧洲的起源和早期传播。程序。国家。阿卡德。科学。美国118. ·doi:10.1073/pnas.2012008118
[98] NEAL,R.M.(2001)。退火重要性抽样。统计计算。11 125-139. ·doi:10.1023/A:1008923215028
[99] NEE,S.、MAY,R.M.和HARVEY,P.H.(1994)。重建的进化过程。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。344 305-311.
[100] NEISWANGER,W.、WANG,C.和XING,E.(2013年)。渐进精确,令人尴尬的平行MCMC。预印本。可在arXiv:1311.4780购买。
[101] PAGEL,M.(1994)。系统发育相关进化检测:离散性状比较分析的通用方法。程序。R.Soc.Lond公司.,生物科学B。255 37-45.
[102] PALACIOS,J.A.和MININ,V.N.(2012)。贝叶斯非参数风动力学的集成嵌套拉普拉斯近似。第二十八届人工智能不确定性会议记录.UAI公司12 726-735. 美国弗吉尼亚州阿灵顿AUAI出版社。
[103] PALACIOS,J.A.和MININ,V.N.(2013年)。基于高斯过程的基因谱系中种群规模轨迹的贝叶斯非参数推断。生物计量学69 8-18. ·Zbl 1274.62852号 ·doi:10.1111/biom.12003年
[104] PALACIOS,J.A.、GILL,M.S.、SUCHARD,M.A.和MININ,V.N.(2014)。贝叶斯非参数血流动力学·Zbl 1419.92028号
[105] PALACIOS,J.A.、VéBER,A.、CAPPELLO,L.、WANG,Z.、WAKELEY,J.和RAMACHANDRAN,S.(2019年)。通过抽样田岛树对种群规模变化的贝叶斯估计。遗传学213 967-986.
[106] PARAG,K.V.,DU PLESSIS,L.和PYBUS,O.G.(2020年)。从分子序列中联合推断种群大小和采样强度的动态。分子生物学。进化。37 2414-2429.
[107] PARIKH,V.N.、IOANNIDIS,A.、JIMENEZ-MORALES,D.等人(2021)。多目标监测消除了COVID19严重性的社会和生物决定因素的歧义。正在准备中.
[108] PARKER,J.、RAMBAUT,A.和PYBUS,O.G.(2008)。病毒表型与系统发育的相关性:系统发育不确定性的解释。感染。遗传学。进化。8 239-246.
[109] POON,A.F.Y.(2015)。基于核ABC的树动力学推断及其在HIV流行病学中的应用。分子生物学。进化。32 2483-2495. ·doi:10.1093/molbev/msv123
[110] POPINGA,A.、VAUGHAN,T.、STADLER,T.和DRUMMOND,A.J.(2015)。用贝叶斯合并推断推断流行病学动力学:确定性和随机模型的优点。遗传学199 595-607. ·doi:10.1534/genetics.114.172791
[111] RAGONNET-CRONIN,M.、BOYD,O.、GEIDELBERG,L.、JORGENSEN,D.、NASCIMENTO,F.、SIVERONI,I.、JOHNSON,R.A.、BAGUELIN,M.,CUCUNUBá,Z.M.等人(2021年)。新冠肺炎疫情严重程度与非药物干预时机之间关联的遗传证据。国家通讯社。12 2188. ·doi:10.1038/s41467-021-22366-年
[112] RAJANALA,S.和PALACIOS,J.A.(2021)。未标记进化树和分级聚类树的统计摘要。预打印。可从arXiv:2106.02724获取。
[113] RASMUSSEN,D.A.、RATMANN,O.和KOELLE,K.(2011)。利用系谱和时间序列推断非线性流行病学模型。公共科学图书馆计算。生物。7 e1002136,11·doi:10.1371/journal.pcbi.1002136
[114] RATMANN,O.、DONKER,G.、MEIJER,A.、FRASER,C.和KOELLE,K.(2012年)。基于近似贝叶斯计算的叶系动力学推断和模型评估:以流感为例。公共科学图书馆计算。生物。8 1-14. ·doi:10.1371/journal.pcbi.1002835
[115] ROBINSON,D.F.和FOULDS,L.R.(1981)。系统发育树的比较。数学。Biosci公司。53 131-147. ·Zbl 0451.92006号 ·doi:10.1016/0025-5564(81)90043-2
[116] RODRIGO,A.G.和FELSENSTEIN,J.(1999)。HIV-1群体遗传学的联合方法。HIV的分子进化(K.A.Crandell编辑)约翰·霍普金斯大学出版社,马里兰州巴尔的摩。
[117] 罗森伯格,N.A.和诺德堡,M.(2002)。系谱树、合并理论和遗传多态性分析。Nat.Rev.基因。3 380-390.
[118] Rue,H.、Martino,S.和Chopin,N.(2009年)。利用集成嵌套拉普拉斯近似对潜在高斯模型进行近似贝叶斯推断。J.R.统计社会服务。B.统计方法。71 319-392. ·Zbl 1248.62156号 ·doi:10.1111/j.1467-9868.2008.00700.x
[119] SAGULENKO,P.、PULLER,V.和NEHER,R.A.(2018年)。树时间:最大似然树动力学分析。病毒进化。4烦恼·doi:10.1093/ve/vexve042
[120] SAINUDIIN,R.、STADLER,T.和VéBER,A.(2015)。为Kingman Tajima合并找到最佳分辨率:理论和应用。数学杂志。生物。70 1207-1247. ·Zbl 1342.92144号 ·doi:10.1007/s00285-014-0796-5
[121] SAN,J.E.,NGCAPU,S.,KANZI,A.M.,TEGALLY,H.,FONSECA,V.,GIANDHARI,J.,WILKINSON,E.,NELSON,C.W.,SMIDT,W.等人(2021年)。南非两起主要医院疫情中Sars-CoV-2在宿主多样性中的传播动力学。病毒进化7.小牛肉041·doi:10.1093/ve/veab041
[122] SAULNIER,E.、GASCUEL,O.和ALIZON,S.(2017年)。利用回归-ABC从系统发育推断流行病学参数:一项比较研究。公共科学图书馆计算。生物。13 1-31. ·doi:10.1371/journal.pcbi.1005416
[123] SCIRE,J.、BARIDO-SOTTANI,J.,KüHNERT,D.、VAUGHAN,T.G.和STADLER,T.(2020年)。BEAST 2中改进的多类型出生-死亡系统动力学推断。生物Rxiv.
[124] SEEMANN,T.,LANE,C.R.,SHERRY,N.L.,DUCHENE,S.,GON J.ALVES DA SILVA,A.,CALY,L.,SAIT,M.,BALLARD,S.A.,HORAN,K.等人(2020年)。利用基因组学追踪澳大利亚的新型冠状病毒疫情。国家通讯社。11 4376. ·数字对象标识代码:10.1038/s41467-020-18314-x
[125] SHU,Y.和MCCAULEY,J.(2017)。GISAID:共享所有流感数据的全球倡议——从愿景到现实。欧洲监管。22. ·doi:10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.0494
[126] SIMPER,M.和PALACIOS,J.A.(2020年)。并合树上的邻接跳马尔可夫链。预印本。arXiv:2012.08030提供。
[127] SLATKIN,M.和HUDSON,R.R.(1991)。稳定和指数增长种群中线粒体DNA序列的成对比较。遗传学129 555-562.
[128] SRIVASTAVA,S.、CEVHER,V.、DINH,Q.和DUNSON,D.(2015)。WASP:通过子集后验的重心实现可伸缩贝叶斯。人工智能与统计912-920. PMLR公司。
[129] STADLER,T.(2009)。关于出生-死亡模型下的不完全抽样以及与基于抽样的合并的联系。J.理论。生物。261 58-66. ·Zbl 1403.92267号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2009.07.018
[130] STADLER,T.(2010)。出生死亡树的采样时间。J.理论。生物。267 396-404. ·Zbl 1410.92080号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2010.09.010
[131] STADLER,T.和BONHOEFFER,S.(2013)。利用系统发育方法揭示异质宿主种群的流行病学动态。菲洛斯。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 生物。科学。368 20120198. ·doi:10.1098/rstb.2012.0198
[132] STADLER,T.、KüHNERT,D.、BONHOEFFER,S.和DRUMMOND,A.J.(2013)。生死天际线图揭示了艾滋病毒和丙型肝炎病毒(HCV)疫情传播的时间变化。程序。国家。阿卡德。科学。美国110 228-233. ·doi:10.1073/美国国家统计局.1207965110
[133] Suchard,M.A.、Lemey,P.、Baele,G.、Ayres,D.L.、Drummond,A.J.和Rambaut,A.(2018)。使用BEAST 1.10进行贝叶斯系统发育和门动力学数据集成。病毒进化。2016年4月·doi:10.1093/ve/vey016
[134] TANG,M.、DUDAS,G.、BEDFORD,T.和MININ,V.N.(2019年)。使用线性噪声近似将随机流行病模型拟合到基因谱系。预印本。可在arXiv:1902.08877[q-bio.PE]购买。
[135] TAVAR等人(2004)。群体遗传学中的祖先推断.概率论与统计学讲座:圣福勒概率学院XXXI-2001.柏林斯普林格·兹比尔1062.92046
[136] THOMPSON,E.A.(1975年)。人类进化树剑桥大学出版社,剑桥。
[137] THORNLOW,B.,YE,C.,DE MAIO,N.,MCBROOME,J.,HINRICHS,A.S.,LANFEAR,R.,TURAKHIA,Y.和CORBETT-DETIG,R.(2021)。使用简约性的在线系统发育学产生稍好的树,对于大型SARS-CoV-2系统发育来说,比从头开始和最大似然方法更有效。生物研究。
[138] TILLET,R.L.、SEVINSKY,J.R.、HARTLEY,P.D.、KERWIN,H.、CRAWFORD,N.、GORZALSKI,A.、LAVERDURE,C.、VERMA,S.C.、ROSSETTO,C.等人(2021)。Sars-CoV-2再感染的基因组证据:一项案例研究。柳叶刀感染。数字化信息系统。21 52-58. ·doi:10.1016/S1473-3099(20)30764-7
[139] TRUCCHI,E.,GRATTON,P.,MAFESSONI,F.,MOTTA,S.,CICCONARDI,F。短距离和长距离的种群动态和结构效应支持G614 Sars-CoV-2穗变异的选择优势假说。分子生物学。进化。38 1966-1979.
[140] TURAKHIA,Y.、DE MAIO,N.、THORNLOW,B.、GOZASHTI,L.、LANFEAR,R.、WALKER,C.R.、HINRICHS,A.S.、FERNANDES,J.D.、BORGES,R.等人(2020年)。Sars-CoV-2系统发育的稳定性。《公共科学图书馆·遗传学》。16 e1009175。
[141] VAN DORP,L.、RICHARD,D.、TAN,C.C.、SHAW,L.P.、ACMAN,M.和BALLOUX,F.(2020年)。没有证据表明Sars-CoV-2反复突变的遗传性增加。国家通讯社。11 1-8.
[142] VAUGHAN,T.G.、LEVENTHAL,G.E.、RASMUSSEN,D.A.、DRUMMOND,A.J.、WELCH,D.和STADLER,T.(2019年)。根据基因组数据估计疫情发生率和流行率。分子生物学。进化。36 1804-1816. ·doi:10.1093/molbev/msz106
[143] VOLZ,E.M.(2012)。复杂的种群动态和中性条件下的合并。遗传学190 187-201. ·doi:10.1534/genetics.11.134627
[144] VOLZ,E.M.和FROST,S.D.W.(2014)。通过合并模型和出生与死亡模型的时间和血流动力学推断进行采样。J.R.Soc.接口11 20140945. ·doi:10.1098/rsif.2014.0945
[145] VOLZ,E.M.、KOELLE,K.和BEDFORD,T.(2013)。病毒门动力学。公共科学图书馆计算。生物。9 e1002947,12·doi:10.1371/journal.pcbi.1002947
[146] VOLZ,E.M.、ROMERO-VERSON,E.和LEITNER,T.(2017)。流行尺度上的叶系动力学推断。分子生物学。进化。34 1276-1288. ·doi:10.1093/molbev/msx077
[147] VOLZ,E.M.和SIVERONI,I.(2018年)。复杂模型的贝叶斯动力学推断。公共科学图书馆计算。生物。14 1-15. ·doi:10.1371/journal.pcbi.1006546
[148] VOLZ,E.M.、KOSAKOVSKY POND,S.L.、WARD,M.J.、LEIGH BROWN,A.J.和FROST,S.D.W.(2009年)。传染病流行的系统动力学。遗传学183 1421-1430. ·doi:10.1534/genetics.109.106021
[149] VOLZ,E.,BAGUELIN,M.,BHATIA,S.,BOONYASIRI,A.,CORI,A,CUCUNUBá,Z.,CUOMO-DANNENBURG,G.,DONNELY,C.A.,DORIGATTI,I.等人(2020年)。SARS-CoV-2的系统发育分析。伦敦帝国理工学院(15-02-2020)。 ·doi:10.25561/77169
[150] 沃尔兹·E、希尔·V、麦克罗内·J·T、普莱斯·A、乔根森·D、奥托尔·A。,SOUTHGATE,J.、JOHNSON,R.、JACKSON,B.等人(2021a)。评估Sars-CoV-2尖峰突变D614G对遗传性和致病性的影响。单元格184 64-75.
[151] VOLZ,E.,MISHRA,S.,CHAND,M.,BARRETT,J.C.,JOHNSON,R.,GEIDELBERG,L.,HINSLEY,W.R.,LAYDON,D.J.,DABRERA,G.等人(2021b)。评估Sars-CoV-2谱系B.1.1的遗传性。7人在英格兰。自然593 266-269.
[152] VOZNICA,J.、ZHUKOVA,A.、BOSKOVA,V.、SAULNIER,E.、LEMOINE,F.、MOSLONKA LEFEBVRE,M.和GASCUEL,O.(2021)。深入学习系统发育,揭示流行病的传播动力学。生物Rxiv. ·doi:10.1101/2021.03.11.435006
[153] WAKELEY,J.(2009)。凝聚理论:导言罗伯茨公司,格林伍德村·Zbl 1366.92001号
[154] WAKELEY,J.(2020年)。从单基因座到染色体的合并理论的发展。西奥。大众。生物。133 56-64. ·Zbl 1516.92034号 ·doi:10.1016/j.tpb.2020.02.002
[155] WAKELLY,J.和ALIACAR,N.(2001年)。集合种群中的基因谱系遗传学159 893-905.
[156] WAKELEY,J.和SARGSYAN,O.(2009年)。合并有效种群规模的扩展。遗传学181 341-345.
[157] WANG,L.、BOUCHARD-CÔTé,A.和DOUCET,A.(2015)。使用组合序列蒙特卡罗方法进行贝叶斯系统发育推断。J.Amer。统计师。协会。110 1362-1374. ·Zbl 1373.62555号 ·网址:10.1080/01621459.2015.1054487
[158] WANG,L.、WANG,S.和BOUCHARD-CÔTé,A.(2020年)。贝叶斯系统发育学的退火序贯蒙特卡罗方法。系统。生物。69 155-183.
[159] WANG,T.H.、DONALDSON,Y.K.、BRETTLE,R.P.、BELL,J.E.和SIMMONDS,P.(2001)。识别感染中枢神经系统外小胶质细胞和组织巨噬细胞的人类免疫缺陷病毒1型共享群。J.维罗尔。75 11686-11699. ·doi:10.1128/JVI.75.23.11686-11699.2001
[160] WHIDDEN,C.和MATSEN IV,F.A.(2015)。量化MCMC对系统发育树空间的探索。系统。生物。64 472-491.
[161] WU,S.L.、MERTENS,A.N.、CRIDER,Y.S.、NGUYEN,A.、POKPONGKIAT,N.N.、DJAJADI,S.、SETH,A.、HSIANG,M.S.、COLFORD,J.M.等人(2020年)。美国严重低估了Sars-CoV-2感染。国家通讯社。11 1-10.
[162] Yang,Z.(2014)。分子进化:统计方法牛津大学出版社,伦敦·Zbl 1288.92002号
[163] ZAREBSKI,A.E.,DU PLESSIS,L.,PARAG,K.V.和PYBUS,O.G.(2021年)。结合系统发育和流行病学数据的可计算出生-死亡模型。生物Rxiv. ·数字对象标识代码:10.1101/2020.10.21.349068
[164] ZHANG,C.和MATSEN IV,F.A.(2019年)。变异贝叶斯系统发育推断。学习代表国际会议.
[165] 张,X,谭,Y,凌,Y,卢,G,刘,F,YI,Z,JIA,X,WU,M,SHI,B等人(2020年)。与新型冠状病毒临床结局相关的病毒和宿主因素。自然583 437-440.
[166] ZHANG,Z.、NISHIMURA,A.、BASTIDE,P.、JI,X.、PAYNE,R.P.、GOULDER,P.,LEMEY,P.和SUCHARD,M.A.(2021年)。利用系统发育多变量概率模型对混合型生物性状之间的相关性进行大规模推断。附录申请。斯达。15 230-251. ·Zbl 1475.62273号 ·doi:10.1214/20-aoas1394
[167] ZHOU,D.,DEJNIRATTISAI,W.,SUPASA,P.,LIU,C.,MENTZER,A.J.,GINN,H.M.,ZHAO,Y.,DUYVESTEYN,H.M.E.,TUEKPRAKHON,A.等人(2021年)。Sars-CoV-2变异体B.1.351从天然和疫苗诱导血清中逃逸的证据。单元格184 2348-2361.e6·doi:10.1016/j.cell.2021.02.037
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