Fernando H.C.迪亚斯。;露西娅·威廉姆斯;布伦丹·穆美;亚历山大·托梅斯库一世。 通过ILP快速、灵活、准确地进行最小流量分解。 （英语） Zbl 1496.92066号 Peer，Itsik（编辑），《计算分子生物学研究》。第26届国际年会，RECOMB 2022，美国加利福尼亚州圣地亚哥，2022年5月22日至25日。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。13278, 230-245 (2022). 摘要：最小流分解（MFD）是计算机科学中的一个经典问题，其变体是生物信息学（例如RNA组装）中多组装问题的强大模型。然而，由于该问题及其变体是NP-hard，因此实用的多汇编工具要么使用启发式方法，要么求解该问题的更简单、多项式时间可解版本，这可能会产生非最小或无法完美分解流的解决方案。许多RNA汇编程序也使用这种实际变体的整数线性规划（ILP）公式，其主要局限性是需要对所有潜在的指数多解路径进行编码。此外，MFD的唯一精确求解器不能扩展到大型实例，并且不能有效地推广到实际的MFD变体。在这项工作中，我们基于仅使用二次的变量的数量。在模拟和实际流图上，我们的方法平均运行时间都在13秒以下。我们还表明，我们的ILP公式可以轻松有效地适用于许多实际变体，例如合并较长或成对读取，或最小化流错误。我们希望我们的结果能够消除目前在多组装模型的复杂性和可处理性之间的折衷，并成为未来实用RNA组装工具的核心。我们的实现可以在github.com/algbio/MFD-ILP上免费获得。有关整个系列，请参见[Zbl 1493.92001年]. MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 90立方厘米 整数编程 关键词：网络流量;流动分解;整数线性规划;多组件;RNA组装 软件：头皮2;RefShannon公司;CIDANE公司;MFD-ILP公司;HISAT公司;RNASeq读取模拟器;CLIIQ公司;鲑鱼;古罗比;伊索拉索;肖拉赫;StringTie公司;多Trans;单一共享平台;CPLEX公司;github;伊波特 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{F.H.C.Dias}等人，Lect。注释计算。科学。13278，230-245（2022；Zbl 1496.92066） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] Ahuja，RK，《网络流》（1988），剑桥：剑桥大学阿尔弗雷德·斯隆管理学院·doi:10.21236/ADA594171 [2] Amarasinghe，SL，长期测序数据分析的机遇和挑战，基因组生物学。，21, 1, 1-16 (2020) ·doi:10.1186/s13059-020-1935-5 [3] 日本Baaijens；斯托吉，L。；Schönhuth，A。；Schwartz，R.，使用流变异图对混合样本的基因组进行菌株感知组装，计算分子生物学研究，221-222（2020），商会：施普林格，商会·电话：10.1007/978-3-030-45257-5_14 [4] Bernard，E.，利用网络流从RNA-Seq数据中高效识别和量化RNA亚型，生物信息学，30，17，2447-2455（2014）·doi:10.1093/bioinformatics/btu317 [5] Bixby，B.，Gurobi优化器，运输。《B部分决议》，41、2、159-178（2007）·doi:10.1016/j.trb.2006.02.002 [6] Canzar，S.，CIDANE:综合亚型发现和丰度估计，基因组生物学。，17, 1, 1-18 (2016) ·doi:10.1186/s13059-015-0865-0 [7] Cohen，R.等：转发表大小对SDN网络利用率的影响。摘自：IEEE INFOCOM 2014-IEEE计算机通信会议，第1734-1742页。IEEE（2014） [8] 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