×
赵方翠；杨惠杰；王冰红

人类启动子序列的复杂性。 （英语） Zbl 1455.92117号

J.西奥。生物。 247，第4期，645-649（2007）。
摘要：通过扩散熵方法，我们检测了4737个人类启动子序列中嵌入的尺度-方差特征。标度方差的指数在很宽的范围内\（[0.3，0.9]\），以\（\delta_c=0.66\）为中心。指数的分布可以根据最大值分为左分支和右分支。左右分支是不对称的，可以分别用不同宽度的高斯形式精确拟合。

引用于1文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

推定启动子序列；扩散熵；复杂性
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{F.Zhao}等人，J.Theor。生物学247，No.4，645--649（2007；Zbl 1455.92117）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Bar-Yam，Y.，《复杂系统动力学》（1997），Addison-Wesley：Addison-Whesley Reading，MA·Zbl 1074.37041号
[2] Buldyrev，S.V。；Goldberger，A.L。；哈夫林，S。；Mantegna，R.N。；Matsa，M.E。；彭成凯。；西蒙斯，M。；Stanley，H.E.，编码和非编码DNA序列的长程相关特性：GenBank分析，Phys。E版，51，5084-5091（1995）
[3] 格里戈里尼，P。；Palatella，L。；Raffaelli，G.，《自然和社会中的复杂几何、图案和缩放》，Fractals，9，439-449（2001）
[4] 谢长廷。；罗，L。；季凤。；Lee，H.C.，基因组进化和生长的最小模型，物理学。修订稿。，90, 018101 (2003)
[5] Kalosakas，G。；拉斯穆森，K.O。；Bishop，A.R.，序列特异性热波动识别DNA转录的起始位点，Europhys。莱特。，68, 127-133 (2004)
[6] Kloster，M.，通过竞争选择进行进化分析，物理学。修订稿。，95, 168701 (2005)
[7] Lennholm，E。；Homquist，M.，重温Salerno的sine-Gordon DNA模型：活性区域和稳定性，Physica D，177，233-241（2003）·Zbl 1014.92002号
[8] 莱昂纳多，M.-R。；John，L.S。；加文，C.K。；David，L.，人类启动子序列中过度表达单词的统计分析，核酸研究，32949-958（2004），另见\（\langle\）ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/marino/published/hs_promoters/fasta公司/\（范围）
[9] 李伟（Li，W.）。；Kaneko，K.，非编码DNA序列中的长程相关性和部分（1/f-α）谱，Europhys。莱特。，17, 655 (1992)
[10] Mandelbrot，B.B.，《自然分形几何》（1988），W.H.Freeman:W.H.Freeman旧金山，加利福尼亚州
[11] 梅瑟，P.W。；阿恩特，P.F。；Lassig，M.，《可解序列进化模型和基因组相关性》，Phys。修订稿。，94, 138103 (2005)
[12] 纳朗，V。；Sung，W.-K。；Mittal，A.，人类启动子预测用寡核苷酸位置密度的计算建模，Artf。智力。医学，35，107-119（2005）
[13] Ohler，美国。；Niemann，H.，真核生物启动子的鉴定和分析：最近的计算方法，遗传学趋势。，17, 56-60 (2001)
[14] Pedersen，A.G。；巴尔迪，P。；乔文，Y。；Brunak，S.，真核生物启动子预测生物学综述，计算机。化学。，191-207年（1999年）
[15] Peng，C.K。；Buldyrev，S。；Goldberger，A。；哈夫林，S。；西奥蒂诺，F。；西蒙斯，M。；Stanley，H.E.，核苷酸序列的长程相关性，《自然》，356168-171（1992）
[16] 派克，J。；Varga，I.，有限维系统中单粒子态空间局域化特性的通用分类方案，Phys。版本A，46，3148-3163（1992）
[17] 普罗瓦塔，A。；Almirantis，Y.，编码和非编码DNA序列的缩放特性，《物理学A》，247482（1997）
[18] 普罗瓦塔，A。；Almirantis，Y.，DNA序列结构中的分形cantor模式，分形，8，15-27（2000）
[19] 罗森博格，N。；Jolicoeur，P.，《逆转录病毒的发病机制》，（Coffin，J.M.；等，逆转录病毒（1997），海港出版社：海港出版社冷泉出版社），475-586
[20] Salerno，M.，DNA启动子动力学的离散模型，Phys。修订版A，44，5292-5297（1991）
[21] Scafetta，N。；Grigolini，P.，《时间序列中的尺度检测：扩散熵分析》，《物理学》。E版，66，036130（2002）
[22] Scafetta，N。；韦斯特，B.J.，《太阳耀斑间歇性和地球温度异常》，《物理学》。修订稿。，90, 248701 (2003)
[23] Scafetta，N。；哈密尔顿，P。；Grigolini，P.，《社会过程的热力学：青少年出生现象》，《分形》，第9期，193-208页（2001年）
[24] Scafetta，N。；拉托拉，V。；Grigolini，P.，Levy定标：应用于DNA序列的扩散熵分析，Phys。E版，66，031906（2002）
[25] 铃木，Y。；Yamashita，R。；Nakai，K。；Sugano，S.，DBTSS:人类转录起始位点和全长cDNA的数据库，核酸研究，30，328-331（2002）
[26] 北卡罗来纳州Trinklein。；Aldred，S.J。；Saldanha，A.J。；Myers，R.M.，人类转录启动子的鉴定和功能分析，基因组研究，13308-312（2003）
[27] Werner，T.，真核启动子的预测和识别模型，Mamm。基因组，10168-175（1999）
[28] Yang，H。；Zhuo，Y。；Wu，X.，基于非平衡传输方法的DNA分子热变性研究，J.Phys。A、 27、6147-6156（1994）·Zbl 0838.92012号
[29] Yang，H。；赵，F。；Zhuo，Y.，用阶乘矩分析DNA链，Phys。莱特。A、 292349-356（2002）·Zbl 1098.92511号
[30] Yang，H。；赵，F。；齐，L。；胡，B.，复杂网络谱的时间序列分析方法，物理学。E版，69，066104（2004）
[31] Yang，H。；赵，F。；张伟。；Li，Z.，Hodgkin-Huxley神经元复杂性的扩散熵方法，物理a，347，704-710（2005）
[32] Yang，H。；赵，F。；顾J。；Wang，B.，人类启动子序列的非线性建模方法，J.Theor。生物学，241765-773（2006）·Zbl 1447.92267号
[33] 张明清，启动子识别的计算方法
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配，并且可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。