Hugues的Mandon;苏、崔;斯特凡·哈尔;庞、军;洛伊奇·波列维 布尔网络的顺序重编程变得实用。 （英语） Zbl 1422.92057号 Bortolussi，Luca（编辑）等人，《系统生物学中的计算方法》。2019年9月18日至20日在意大利的里雅斯特举行的CMSB 2019第17届国际会议。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。11773, 3-19 (2019). 摘要：我们讨论了作为布尔网络模型的基因调控网络的顺序重编程。我们发展了一种基于吸引子的序列重编程方法，以计算从源吸引子到目标吸引子之间的所有序列重编程路径，其中只有网络的吸引子被用作中间物。我们的方法比现有的重编程方法更实用，因为它包含了几个实际约束：（1）只有生物可观测状态，即吸引子，才能充当中间物；（2） 某些吸引子，如细胞凋亡，可以作为中间产物加以避免；（3） 某些节点可以避免扰动，因为它们可能对细胞生存至关重要，或者很难用生物分子技术扰动；和（4）给定阈值（k），计算扰动不超过（k）的所有顺序重编程路径。我们将我们的方法与各种生物网络上的最小一步重编程和最小顺序重编程进行了比较。结果显示与一步重编程相比，我们的方法可以大大减少扰动的数量，同时与最小顺序重编程具有可比的结果。此外，我们的实现可扩展到60多个节点的网络。关于整个系列，请参见[Zbl 1422.92004年]. 引用于9文件 MSC公司： 第92页第42页 系统生物学、网络 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：细胞重编程;布尔网络;吸引子 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛H.Mandon｝等人，Lect。注释计算。科学。11773，3-19（2019；Zbl 1422.92057） 全文： 内政部 哈尔