×
戴，齐;严兆芳;石卓兴;刘晓青;姚玉华;何平安

研究LZ词的分布及其在序列比较中的应用。 （英语） Zbl 1411.92231号

J.西奥。生物。 336, 52-60 (2013).
摘要：Lempel-Ziv复杂度已被广泛用于序列比较，并取得了令人满意的结果，但迄今为止尚未对穷举历史中的成分分布进行研究。本文研究了LZ词的整体分布，并提出了一种新的序列比较统计方法。考虑到组件的长度，我们修改了Lempel-Ziv复杂性并获得了各种LZ单词集。我们没有计算LZ单词的内容，而是在LZ单词集上定义了一系列集合操作来比较生物序列。为了评估该方法的有效性，我们进行了两组实验，并将其与基于对齐的方法进行了比较。

引用于2文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
92D10型 遗传学和表观遗传学
19年第68季度 描述复杂性和有限模型

关键词：

Lempel-Ziv复杂性;单词集;设置操作;系统发育分析

软件：

菲利普
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Q.Dai}等人，J.Theor。生物.336，52--60（2013；Zbl 1411.92231）
全文： 内政部 链接

参考文献：

[1] Apostolico，A。；Denas，O.，《通过穷举子串合成计算序列距离的快速算法》，《分子生物学算法》，3，13（2008）
[2] Bacha，S.，Baurain，D.，2005年。Lempel-Ziv复杂性在蛋白质家族无比对序列比较中的应用。2005年比荷卢经济共同体生物信息学会议。；Bacha，S.，Baurain，D.，2005年。Lempel-Ziv复杂性在蛋白质家族无比对序列比较中的应用。2005年比荷卢生物信息学会议。
[3] 布莱斯德尔，B.E.，1986年。不需要序列比对的序列集的相似性度量。收录于：《美国国家科学院院刊》第83卷，第5155-5159页。；布莱斯德尔，B.E.，1986年。不需要序列比对的序列集的相似性度量。收录于：《美国国家科学院院刊》，第83卷，第5155-5159页·Zbl 0592.92011号
[4] Chen，W。；Zhang，Y.S.，RNA分子的比较分析，数学和计算机化学中的MATCH通信，67，253-268（2012）
[5] 杜宾，R。；Eddy，S.R。；Krogh，A。；Mitchison，G.，《生物序列分析》（1998），剑桥大学出版社·Zbl 0929.92010号
[6] 埃文斯，J。；Grant，G.，《生物信息学中的统计方法：简介》（2005），Springer Science:Springer科学，纽约·Zbl 1138.92001号
[7] Felsenstein，J.，PHYLIP-系统发育推断包（3.2版），分支系统学，5164-166（1989）
[8] Fichant，G。；Gautier，C.，预测核酸序列中蛋白质编码区的统计方法，计算应用生物科学，3287-295（1987）
[9] Gotoh，O.，《生物序列匹配的改进算法》，《分子生物学杂志》，162705-708（1982）
[10] 顾伟（Gu，W.）。；周，T。；马，J。；太阳，X。；Lu，Z.，SARS冠状病毒和其他病毒在尼多韦目中的同义密码子用法分析，病毒研究，101155-161（2004）
[11] Handl，J。；Knowles，J。；Kell，D.B.，后基因组数据分析中的计算聚类验证，生物信息学，21，15，3201-3212（2005）
[12] 郝，B。；Qi，J.，无序列比对的原核生物系统发育：从回避特征到组成距离，生物信息学和计算生物学杂志，2，1-19（2004）
[13] Kantorovitz，M.R。；罗宾逊，G.E。；Sinha，S.，调节序列无比对比较的统计方法，生物信息学，23，i249-i255（2007）
[14] Li，C。；Wang，J.，基于特征序列二维图形表示的DNA序列的数值表征和相似性分析，组合化学和高通量筛选，6795-799（2003）
[15] Li，C。；李，Z.X。；郑晓强。；马，H。；Yu，X.Q.，Lempel-Ziv复杂性的概括及其在蛋白质序列比较中的应用，《数学化学杂志》，48，330-338（2010）·Zbl 1196.92014号
[16] Liao，B。；Wang，T.M.，DNA序列的三维图形表示及其数值表征，《分子结构理论化学杂志》，681209-212（2004）
[17] 刘立伟。；Li博士。；Bai，F.L.，相对Lempel-Ziv复杂性：在比较生物序列中的应用，《化学物理快报》，530107-112（2012）
[18] 刘，N。；Wang，T.M.，RNA二级结构快速相似性分析方法，BMC生物信息学，7493（2006）
[19] 刘，Z。；孟，J。；Sun，X.，一种新的基于特征的无比对全基因组系统发育分析方法：在HEV基因分型和亚型中的应用，生物化学和生物物理研究通讯，368，2，223-230（2008）
[20] 吕国强。；张，S.P。；Fang，X.，用于序列比较的改进字符串合成方法，BMC生物信息学，9，6，S15（2008）
[21] 卢，L。；Li，C。；Hagedorn，C.H.，全球戊型肝炎病毒序列的系统发育分析：遗传多样性、亚型和人畜共患疾病，医学病毒学评论，16，5-36（2006）
[22] Needleman，S.B。；Wunsch，C.D.，《适用于搜索两种蛋白质氨基酸序列相似性的通用方法》，《分子生物学杂志》，48，443-453（1970）
[23] 输出，H.H。；Sayood，K.，用于构建系统发育树的新序列距离度量，生物信息学，192122-2130（2003）
[24] Pham，T.D。；Zuegg，J.，《无比对序列比较的概率测度》，生物信息学，203455-3461（2004）
[25] Randic，M.，蛋白质比对的高效搜索-VESPA，《计算化学杂志》，33，702-707（2013）
[26] Randic，M.，《核苷酸比对的高效搜索》，《计算化学杂志》，34，77-82（2013）
[27] Randic，M。；弗拉科，M。；Lers，N。；Plavsic，D.，基于新型二维图形表示的DNA序列相似性/差异性分析，《化学物理快报》，371202-207（2003）
[28] Randic，M。；Zupan，J。；Balaban，A。；Vikic-Topic，D。；Plavsic，D.，蛋白质的图形表示，化学评论，111790-862（2011）
[29] Randic，M。；Novic，M。；Plavsic，D.，图形生物信息学的里程碑，国际量子化学杂志（2013）
[30] 雷内特，G。；Schbath，S。；Waterman，M.S.，单词的概率和统计特性：综述，《计算生物学杂志》，7，1-46（2000）
[31] 罗塔，P.A。；Oberster，M.S。；Monroe，S.S.，与严重急性呼吸综合征相关的新型冠状病毒的特征，《科学》，3001394（2003）
[32] 史密斯，T.F。；Waterman，M.S.，《常见分子子序列的识别》，《分子生物学杂志》，147195-197（1981）
[33] 宋，J。；Tang，H.，DNA序列的新二维图形表示及其数值表征，《生物化学和生物物理方法杂志》，63228-239（2005）
[34] 斯图亚特，G.W。；莫菲特，K。；Baker，S.，未比对全基因组蛋白质序列的综合基因和物种系统发育，生物信息学，181100-108（2002）
[35] Vinga，S。；Almeida，J.，《无对齐序列比较综述》，生物信息学，19513-523（2003）
[36] Waterman，M.S.，《计算生物学导论：地图、序列和基因组：跨学科统计》（1995），查普曼和霍尔/CRC：查普曼与霍尔/CRC博卡拉顿，佛罗里达州·Zbl 0831.92011号
[37] Wu，T.J。；谢永忠。；Li，L.A.，碱基组成的马尔可夫链模型下DNA差异的统计测量，生物统计学，57，441-448（2001）·Zbl 1209.62339号
[38] 吴，X。；万，X。；Wu，G。；徐，D。；Lin，G.，利用全基因组的完整特征信息和聚类邻接法进行系统发育分析，国际生物信息学研究与应用杂志，2，219-248（2006）
[39] Yao，Y.H。；Wang，T.M.，DNA序列的一类新的二维图形表示及其应用，《化学物理快报》，398318-323（2004）
[40] 张，S。；Wang，T.，基于络合物的RNA二级结构比较方法及其应用，《生物分子结构动力学杂志》，28，247-258（2010）
[41] Zhang，Y。；Hao，J.K。；周春杰。；Chang，K.，归一化Lempel-Ziv复杂性及其在生物序列分析中的应用，数学化学杂志，461203-1212（2009）·Zbl 1197.92020号
[42] Zhang，Y.S。；Chen，W.，基于LZ复杂性的RNA二级结构比较，数学和计算机化学中的MATCH通信，63，513-528（2010）
[43] 郑伟新。；Chen，L.L。；Ou，H.Y.，基于几何方法的冠状病毒系统发育，分子系统发育进化，36，224-232（2005）
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。