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马加里·贾罗利；弗莱德里克·比汉；艾丽西娅·迪肯斯坦

Goldbeter-Koshland环路级联中的多稳态区域。 （英语） Zbl 1409.92103号

数学杂志。生物。 78，第4期，1115-1145（2019）.
摘要：我们考虑酶促Goldbeter-Koshland环的级联[A.戈德贝特和D.E.科什兰德，“生物系统中共价修饰引起的放大灵敏度”，Proc。国家。阿卡德。科学。78, 6840–6844 (1981;doi:10.1073/pnas.78.11.6840)]具有任意数量的层，其中有两层涉及同一磷酸酶。即使变量的数量和守恒定律的数量与\（n）线性增长，我们在反应速率常数和总守恒常数空间中也发现了相关质量作用动力学系统是多稳态的显式区域。我们的计算是基于我们的配套论文[“化学反应网络中多稳态正根和区域的下界”，arXiv公司：1807.05157]它的灵感来自于实数代数几何中的结果F.毕汉等[SIAM J.Appl.Algebra Geom.2，No.4，620-645（2018；Zbl 1473.14111号)].

引用于10文件

MSC公司：

92C45型 生化问题中的动力学（药代动力学、酶动力学等）
92立方厘米 系统生物学、网络

关键词：

酶级联；Goldbeter-Koshland循环；稀疏多项式系统；多平稳性

引文：

Zbl 1473.14111号

软件：

MESSI公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.Giaroli}等人，J.Math。生物学78，第4期，1115--1145（2019；Zbl 1409.92103）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Banaji M，Pantea C（2018）化学反应网络中非简并多稳态的遗传。SIAM应用数学杂志78（2）：1105-1130·Zbl 1395.80004号 ·doi:10.1137/16M1103506
[2] Basu S、Pollack R、Coste-Roy MF（2007）《实代数几何中的算法》。Springer Science&Business Media，纽约·Zbl 1031.14028号
[3] Bihan F，Santos F，Spaenlehauer PJ（2018）具有许多正解的稀疏系统的多面体方法。SIAM J应用代数几何（即将出版）·Zbl 1473.14111号
[4] Catozzi S、Di-Bella JP、Ventura AC、Sepulchre JA（2016）信号级联传输下游和上游信息，但不太可能同时传输。BMC系统生物学10（1）：84·doi:10.1186/s12918-016-0303-2
[5] Conradi C，Mincheva M（2014）催化常数使双磷酸化出现双稳态。J R Soc接口11（95）：20140158·doi:10.1098/rsif.2014.0158
[6] Conradi C，Flockerzi D，Raisch J（2008）映射激活中的多平稳性：参数空间中相关区域的参数化。数学生物科学211（1）：105-131·兹比尔1130.92024 ·doi:10.1016/j.ms.2007.10.004
[7] Conradi C、Feliu E、Mincheva M、Wiuf C（2017）《确定多平稳性的参数区域》。公共科学图书馆计算生物学13（10）：e1005751·doi:10.1371/journal.pcbi.1005751
[8] Craciun G，Feinberg M（2005）复杂化学反应网络中的多重平衡：I.注入性。SIAM应用数学杂志65（5）：1526-1546·邮编1094.80005 ·doi:10.1137/S0036139904440278
[9] Craciun G，Feinberg M（2006）复杂化学反应网络中的多重平衡：II。物种反应图。SIAM应用数学杂志66（4）：1321-1338·Zbl 1136.80306号 ·数字对象标识代码：10.1137/050634177
[10] De Loera JA、Rambau J、Santos F（2010）《算法和应用的三角剖分结构》。纽约州施普林格·Zbl 1207.52002号
[11] Feliu E，Wiuf C（2012）酶共享是信号系统中多稳态的原因。J R Soc接口9（71）：1224-1232·doi:10.1098/rsif.2011.0664
[12] Feliu E，Wiuf C（2013）使用中间物种简化生化模型。J R Soc接口10（87）：20130484·doi:10.1098/rsif.2013.0484
[13] Feliu E、Knudsen M、Andersen LN、Wiuf C（2012）《n层信号级联的代数方法》。公牛数学生物学74（1）：45-72·Zbl 1244.92015年 ·doi:10.1007/s11538-011-9658-0
[14] Flockerzi D，Conradi C（2008）质量作用动力学中多稳态的子网络分析。J Phys Conf Ser杂志138:012006·doi:10.1088/1742-6596/138/1/012006
[15] Gatermann K，Wolfrum M（2005），化学中稀疏多项式系统的Bernstein第二定理和viro方法。高级应用数学34（2）：252-294·Zbl 1075.65074号 ·doi:10.1016/j.aam.2004.04.003
[16] Goldbeter A，Koshland DE（1981）生物系统共价修饰引起的放大敏感性。《国家科学院院刊》78（11）：6840-6844·doi:10.1073/pnas.78.11.6840
[17] Goyal Y、Jindal GA、Pelliccia JL、Yamaya K、Yeung E、Futran AS、Burdine RD、Schüpbach T、Shvartsman SY（2017）内在活性mek变异体对发育ras信号传导的发散效应。自然遗传学49（3）：465·doi:10.1038/ng.3780
[18] Holstein K、Flockerzi D、Conradi C（2013）序列分布多位点磷酸化网络中的多平稳性。公牛数学生物学75（11）：2028-2058·Zbl 1283.92030年 ·doi:10.1007/s11538-013-9878-6
[19] Joshi B，Shiu A（2013）化学反应网络中的多稳态原子。数学化学杂志51（1）：153-178·Zbl 1352.92186号
[20] Kothamachu VB、Feliu E、Cardelli L、Soyer OS（2015）《微生物信号传递中的无限多稳定性和布尔逻辑》。J R Soc接口12（108）：20150234·doi:10.1098/rsif.2015.0234
[21] Li L，Zhao GD，Shi Z，Qi LL，Zhou LY，Fu ZX（2016）ras/raf/mek/erk信号通路及其在肝癌发生发展中的作用。Oncol Lett 12（5）：3045-3050·doi:10.3892/ol.2016.5110
[22] Millán MP，Turjanski AG（2015），Mapks网络及其因复曲面稳态而产生的多稳态能力。数学生物科学262:125-137·Zbl 1315.92029号 ·doi:10.1016/j.mbs.2014.12.010
[23] Müller S，Feliu E，Regensburger G，Conradi C，Shiu A，Dickenstein A（2016）广义多项式映射内射性的符号条件及其在化学反应网络和实代数几何中的应用。找到计算数学16（1）：69-97·Zbl 1382.92272号 ·doi:10.1007/s10208-014-9239-3
[24] Pérez Milán M，Dickenstein A（2018）消息生物系统的结构。SIAM应用动态系统杂志17（2）：1650-1682·Zbl 1395.92071号 ·doi:10.1137/17M1113722
[25] 奇异A（2007）用于多项式计算的计算机代数系统。请参阅新加坡主页http://www.singular.uni-kl.de
[26] Wang L，Sontag ED（2008）关于多重无效循环中的稳态数。数学生物学杂志57（1）：29-52·Zbl 1141.92022号 ·doi:10.1007/s00285-007-0145-z
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