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亚氯酸:利用伪氨基酸组成和证据理论最近邻(ET-KNN)算法预测蛋白质亚叶绿体位置。 (英语) Zbl 1403.92063号

叶绿体是一种植物特有的亚细胞器。它在光合作用和氨基酸生物合成等几个生物过程中至关重要。因此,了解叶绿体蛋白的功能具有重要价值。由于叶绿体蛋白的功能与其叶绿体下的位置相关,了解叶绿体下的位置对理解其在生物过程中的作用非常有帮助。在本论文中,通过引入证据理论-最近邻(ET-KNN)算法,我们开发了一种预测蛋白质亚叶绿体位置的方法。这是第一个预测蛋白质亚叶绿体位置的算法。我们已经将我们的算法实现为一项在线服务,SubChlo(http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/subchlo). 这项服务可能对叶绿体蛋白质组的研究有用。

MSC公司:

92C40型 生物化学、分子生物学
92C80型 植物生物学
68瓦05 非数值算法
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全文: 内政部

参考文献:

[1] 巴辛,M。;Raghava,G.P.,Eslpred:基于SVM的真核蛋白质亚细胞定位方法,使用二肽组成和PSI-BLAST,核酸研究,32,W414-W419,(2004)
[2] 陈,C。;周,X。;田,Y。;邹,X。;Cai,P.,用伪氨基酸组成和支持向量机融合网络预测蛋白质结构类,Ana。生物化学。,357, 116-121, (2006)
[3] Chou,K.C.,使用伪氨基酸成分预测蛋白质细胞属性,蛋白质,43,246-255,(2001)
[4] Chou,K.C.,《结构生物信息学及其对生物医学科学的影响》,Curr。医学、化学、。,11, 2105-2134, (2004)
[5] Chou,K.C.,使用两亲性伪氨基酸组成预测酶亚科类别,生物信息学,21,10-19,(2005)
[6] 周,K.C。;Cai,Y.D.,通过结合两亲效应预测膜蛋白类型,化学杂志。inf.型号。,45,407-413,(2005年)
[7] 周,K.C。;Shen,H.B.,通过融合多分类器预测蛋白质亚细胞位置,细胞生物化学杂志。,99, 517-527, (2006)
[8] 周,K.C。;Shen,H.B.,Hum-ploc:预测人类蛋白质亚细胞定位的新型集成分类器,生物化学。生物物理。公共资源。,347, 150-157, (2006)
[9] 周,K.C。;Shen,H.B.,蛋白质亚细胞定位预测的最新进展,Ana。生物化学。,370, 1-16, (2007)
[10] 周,K.C。;沈海波,大型植物蛋白质亚细胞定位预测,细胞生物化学杂志。,100, 665-678, (2007)
[11] 周,K.C。;Shen,H.B.,Euk-mploc:通过合并多个位点进行大规模真核蛋白质亚细胞定位预测的融合分类器,J.蛋白质组研究,61728-1734,(2007)
[12] 周,K.C。;Shen,H.B.,Cell-ploc:一个用于预测各种生物体中蛋白质亚细胞定位的网络服务器包,Nat.protoc。,3, 153-162, (2008)
[13] 崔,Q。;姜涛(Jiang,T.)。;刘,B。;Ma,S.,Esub8:预测真核生物中蛋白质亚细胞定位的新工具,BMC bioinf。,5, 66, (2004)
[14] 德诺,T.,Ak个-基于dempster–shafer理论的最近邻分类规则,IEEE trans。系统。人类赛伯恩。,25, 804-813, (1995)
[15] 杜,P。;Li,Y.,通过将假氨基酸组成与分段序列的各种物理化学特征杂交预测蛋白质亚线粒体位置,BMC bioinf。,7, 518, (2006)
[16] O.伊曼纽尔森。;尼尔森,H。;von Heijne,G.,Chlorop,一种基于神经网络的预测叶绿体转运肽及其裂解位点的方法,蛋白质科学。,978-984年8月,(1999年)
[17] 方,Y。;郭毅。;Feng,Y。;Li,M.,《预测DNA结合蛋白:从周的伪氨基酸组成和其他特定序列特征探讨》,《氨基酸》,34,103-109,(2008)
[18] Feng,Z.P.,预测蛋白质亚细胞位置概述,《电子生物学》。,2291-303,(2002年)
[19] 费罗,M。;Salvi博士。;Riviere-Rolland,H。;Vermat,T。;Seigneurin-Berny,D。;格伦沃尔德,D。;加林,J。;Joyard,J。;Rolland,N.,《叶绿体包膜的完整膜蛋白:新转运体的鉴定和亚细胞定位》,Proc。国家。美国科学院。科学。美国,9911487-11492,(2002)
[20] 费罗,M。;Salvi,D。;Brugiere,S。;米拉斯,S。;科瓦尔斯基,S。;Louwagie,M。;加林,J。;Joyard,J。;Rolland,N.,叶绿体包膜的蛋白质组学拟南芥,分子细胞蛋白质组学,2325-345,(2003)
[21] Guo,J。;Pu,X。;Lin,Y。;Leung,H.,基于PSI-BLAST和机器学习的蛋白质亚细胞定位,J.bioinf。计算。生物学,41181-1195,(2006)
[22] 郭,X。;Gao,X.,一种用于蛋白质折叠识别的新型层次集成分类器,protein eng.des。选择。,21, 659-664, (2008)
[23] 霍顿,P。;帕克,K.J。;Obayashi,T。;富士田,N。;原田,H。;Adams Collier,C.J。;Nakai,K.,Wolf PSORT:蛋白质定位预测,核酸研究,35,W585-W587,(2007)
[24] 华,S。;Sun,Z.,蛋白质亚细胞定位预测的支持向量机方法,生物信息学,17,721-728,(2001)
[25] Huang,W.L.等人。;东,C.W。;何世伟。;黄,S.F。;Ho,S.Y.,Proloc-GO:利用信息丰富的基因本体术语进行基于序列的蛋白质亚细胞定位预测,BMC bioinf。,9, 80, (2008)
[26] 黄,Y。;Li,Y.,使用模糊k-NN方法预测蛋白质亚细胞位置,生物信息学,20,21-28,(2004)
[27] Kleffmann,T。;Hirsch-Hoffmann,M。;格鲁伊斯姆,W。;Baginsky,S.,Plprot:不同质体类型的综合蛋白质组数据库,植物细胞生理学。,47, 432-436, (2006)
[28] Kleffmann,T。;Russenberger,D。;von Zychlinski,A。;克里斯托弗·W·。;Sjolander,K。;格鲁伊斯姆,W。;Baginsky,S.,The拟南芥叶绿体蛋白质组揭示了途径丰度和新的蛋白质功能,Curr。生物学,14,354-362,(2004)
[29] 雷,Z。;Dai,Y.,基于SVM的蛋白质亚核定位预测系统,BMC生物信息。,6, 291, (2005)
[30] 雷,Z。;Dai,Y.,用基因本体论评估蛋白质相似性及其在亚核定位预测中的应用,BMC生物信息学。,7, 491, (2006)
[31] 李伟(Li,W.)。;Godzik,A.,《Cd-hit:聚类和比较大组蛋白质或核苷酸序列的快速程序》,生物信息学,221658-1659,(2006)
[32] 刘,H。;王,M。;Chou,K.C.,预测膜蛋白类型的低频傅里叶光谱,生物化学。生物物理。公共资源。,336, 737-739, (2005)
[33] 松田,S。;Vert,J.P。;Saigo,H。;北上田。;Toh,H。;Akutsu,T.,使用支持向量机预测亚细胞位置的蛋白质序列的新表示,蛋白质科学。,142804-2813,(2005年)
[34] Nanni,L。;Lumini,A.,预测蛋白质-蛋白质相互作用的K局部超平面集合,生物信息学,221207-1210,(2006)
[35] Nanni,L。;Lumini,A.,Ensembulator:用于生物数据可靠分类的分类器集成,模式识别等。,28, 622-630, (2007)
[36] Nanni,L。;Lumini,A.,《为亚线粒体定位创建周氏伪氨基酸特征的遗传编程》,《氨基酸》,34,653-660,(2008)
[37] Nanni,L。;Lumini,A.,在生物信息学中使用分类器集成,()
[38] Nanni,L。;Lumini,A.,用于证据集成生成的粒子群优化k个-最近邻分类器,神经计算。申请。,18, 105-108, (2009)
[39] 佩尔蒂埃,J.B。;Friso,G。;卡卢姆,D.E。;罗普斯托夫,P。;尼尔森,F。;阿达姆斯卡,I。;van Wijk,K.J.,叶绿体蛋白质组学:管腔和外周类囊体蛋白质的系统鉴定和靶向分析,植物细胞,12,319-341,(2000)
[40] 佩尔蒂埃,J.B。;O.伊曼纽尔森。;卡卢姆,D.E。;Ytterberg,J。;Friso,G。;Rudella,A。;利伯莱斯,D.A。;Soderberg,L。;罗普斯托夫,P。;冯·海因,G。;van Wijk,K.J.,细胞内腔和外周类囊体蛋白质组的中心功能拟南芥通过实验和全基因组预测确定,《植物细胞》,14,211-236,(2002)
[41] 莱因哈特,A。;Hubbard,T.,使用神经网络预测蛋白质的亚细胞位置,核酸研究,262230-2236,(1998)
[42] Shafer,G.,《证据的数学理论》(1976),普林斯顿大学出版社,新泽西州普林斯顿·Zbl 0359.62002号
[43] 沈,H.B。;Chou,K.C.,用优化的证据理论预测蛋白质亚核位置K(K)-最近的分类器和伪氨基酸组成,Biochem。生物物理。公共资源。,337, 752-756, (2005)
[44] Shen,H.B。;Chou,K.C.,使用优化证据理论K(K)-最近邻分类器和伪氨基酸组成预测膜蛋白类型,Biochem。生物物理。公共资源。,334, 288-292, (2005)
[45] Shen,H.B。;Chou,K.C.,蛋白质折叠模式识别的集成分类器,生物信息学,221717-1722,(2006)
[46] Shen,H.B。;Chou,K.C.,Hum-mploc:一种集成分类器,用于通过合并多个位点的样本进行大规模人类蛋白质亚细胞位置预测,Biochem。生物物理。公共资源。,355, 1006-1011, (2007)
[47] Shen,H.B。;Chou,K.C.,Nuc-ploc:一种新的网络服务器,用于通过融合假丝酵母成分和假丝酵母预测蛋白质亚核定位,protein eng.des。选择。,20, 561-567, (2007)
[48] Shen,H.B。;Chou,K.C.,Pseaac:用于生成各种蛋白质伪氨基酸组成的灵活web服务器,Ana。生物化学。,373, 386-388, (2008)
[49] Shen,H.B。;杨,J。;Chou,K.C.,Euk-ploc:大规模真核蛋白质亚细胞定位预测的集成分类器,氨基酸,33,57-67,(2007)
[50] Szafron,D。;卢,P。;格雷纳,R。;威斯哈特,D.S。;Poulin,B。;艾斯纳,R。;卢,Z。;安维克,J。;麦克唐奈尔,C。;Fyshe,A。;Meeuwis,D.,蛋白质组分析师:基于网络的高通量蛋白质组注释工具中的自定义预测和解释,核酸研究,32,W365-W371,(2004)
[51] 田村,T。;Akutsu,T.,使用支持向量机对蛋白质进行亚细胞定位预测,利用氨基酸组成对块序列进行比对,BMC bioinf。,8, 466, (2007)
[52] 通用蛋白质资源(uniprot)2009,Nucl。酸类研究,37,D169-D174,(2009)
[53] 谢,D。;李,A。;王,M。;风扇,Z。;Feng,H.,LOCSVMPSI:使用SVM和PSI-BLAST剖面进行真核蛋白质亚细胞定位的网络服务器,核酸res.,33,W105-W110,(2005)
[54] Yu,C.S。;Chen,Y.C。;Lu,C.H。;Hwang,J.K.,蛋白质亚细胞定位预测,蛋白质,64,643-651,(2006)
[55] Yuan,Z.,使用马尔可夫链模型预测蛋白质亚细胞位置,FEBS ett。,451, 23-26, (1999)
[56] 曾永华。;郭义忠。;肖瑞秋。;Yang,L。;于丽珍。;Li,M.-L.,使用增广的周氏伪氨基酸组成,基于自协方差方法预测蛋白质亚线粒体位置,J.theor。生物学,259366-372,(2009)·Zbl 1402.92193号
[57] 张国勇。;Fang,B.S.,基于氨基酸组成分布和Chou的两亲性伪氨基酸组成预测氧化还原酶的辅因子,J.theor。生物学,253,310-315,(2008)
[58] 周,X.B。;陈,C。;李,Z.C。;邹晓勇,利用周氏两亲性伪氨基酸组成和支持向量机预测酶亚科类别,J.theor。生物学,248546-551,(2007)·兹比尔1451.92245
[59] 邹哈尔,L.M。;Denoeux,T.,具有参数优化的证据理论k-NN规则,IEEE trans。系统。人类赛伯恩。,28, 263-271, (1998)
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