×

在线性时间内求解近似稳定的系统发育网络的树包含问题。 (英语) Zbl 1390.05083号

摘要:系统发育网络是一个有根的无环有向图,其叶子被一组分类群唯一地标记。树包含问题是一个系统发育网络是否在同一组标记的叶子上显示系统发育树。这是由系统发育网络模型验证引起的一个基本问题。树包含问题通常是完全的。为了确定问题是多项式时间可解的网络类,我们通过顶点稳定性对树子网络进行推广,引入了两类网络,即近似稳定网络和遗传稳定网络。在这里,我们研究这两类系统发育网络的组合特性。我们还开发了一个线性时间算法来解决二元近似稳定网络上的树包含问题。

MSC公司:

05C20号 有向图(有向图),比赛
05C78号 图形标记(优美的图形、带宽等)
05二氧化碳
05立方厘米82 小世界图形、复杂网络(图形理论方面)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: DOI程序 链接

参考文献:

[1] 阿雷纳斯,M。;瓦利恩特,G。;Posada,D.,基于结合与重组的网状网络表征,分子生物学。演变。,25, 12, 2517-2520, (2008)
[2] 邦迪,J.A。;Murty,U.S.R.,图论,(2008),Springer·Zbl 1226.05083号
[3] 博德威奇,M。;Semple,C.,网络可视网络,应用中的高级。数学。,78, 114-141, (2016) ·Zbl 1335.05170号
[4] Cardona,G。;拉布雷斯,M。;罗塞洛,F。;Valiente,G.,一类树亲系统发育网络的距离度量,生物信息学,24,131481-1488,(2008)
[5] Cardona,G。;罗塞洛,F。;Valiente,G.,树-儿童系统发育网络的比较,IEEE/ACM Trans。计算。生物信息。,6, 4, 552-569, (2009)
[6] Chan,J.M。;卡尔森,G。;Rabadan,R.,病毒进化拓扑,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,110,46,18566-18571,(2013)·Zbl 1292.92014年
[7] 科尔杜,P。;林茨,S。;森普尔,C.,两次显示一棵树的系统发育网络,布尔。数学。生物学,76,10,2664-2679,(2014)·Zbl 1330.92085号
[8] Fakcharoenphol,J。;Kumpijit,T。;Putwattana,A.,二进制近稳定系统发育网络树包含问题的快速算法,(第十二届国际计算机科学和软件工程联合会议论文集,JCSSE’15,(2015),IEEE),337-342
[9] 弗朗西斯,A.R。;Steel,M.,哪些系统发育网络仅仅是具有额外弧线的树?,系统。生物学,64,5768-777,(2015)
[10] P.Gambette,A.D.M.Gunawan,A.Labarre,S.Vialette,L.Zhang,在二次时间内定位系统发育网络中的树,摘自:《第十九届国际计算分子生物学研究年会论文集》,RECOMB 2015,收录于:LNCS,第9029卷,2015年,第96-107页。;P.Gambette,A.D.M.Gunawan,A.Labarre,S.Vialette,L.Zhang,在二次时间内定位系统发育网络中的树,摘自:《第19届国际计算分子生物学研究年会论文集》,RECOMB 2015,载于:LNCS,第9029卷,2015年,第96-107页·Zbl 1355.92075号
[11] P.Gambette,A.D.M.Gunawan,A.Labarre,S.Vialette,L.Zhang,在二次时间内解决遗传稳定网络的树包含问题,摘自:第26届组合算法国际研讨会论文集,IWOCA 2015,收录于:LNCS,第9538卷,2016年,第197-208页。;P.Gambette,A.D.M.Gunawan,A.Labarre,S.Vialette,L.Zhang,在二次时间内解决遗传稳定网络的树包含问题,收录于:第26届组合算法国际研讨会论文集,IWOCA 2015,收录在:LNCS,第9538卷,2016年,第197-208页·Zbl 1474.68223号
[12] A.D.M.Gunawan,B.DasGupta,L.Zhang,以立方时间在网状可视网络中定位树,摘自:《第20届国际计算分子生物学研究年会论文集》,2016年RECOMB,载于:LNBI.第9649卷,2016年,第266-266页。arXiv:1507.02119;A.D.M.Gunawan,B.DasGupta,L.Zhang,以立方时间在网状可视网络中定位树,摘自:《第20届国际计算分子生物学研究年会论文集》,2016年RECOMB,载于:LNBI.第9649卷,2016年,第266-266页。arXiv:1507.02119
[13] Gunawan,A.D.M。;达斯·古普塔,B。;张,L.,网状可视网络的一个分解定理和两个算法,Inform。和计算。,252, 161-175, (2017) ·Zbl 1361.92053号
[14] Gunawan,助理检察长。;卢,B。;Zhang,L.,系统发育网络模型验证程序,生物信息学,32,17,i503-i510,(2016)
[15] A.D.M.Gunawan,L.Zhang,《界定由可见性属性定义的网络规模》,2015年,http://arxiv.org/abs/1510.00115; A.D.M.Gunawan,L.Zhang,《界定由可见性属性定义的网络规模》,2015年,http://arxiv.org/abs/1510.00115
[16] Gusfield,D.,《重组学:祖先重组图和显式系统发育网络的算法》,(2014),麻省理工学院出版社·Zbl 1316.92001号
[17] Huson,D.H。;鲁普,R。;Scornavaca,C.,《系统发生网络:概念、算法和应用》(2011),剑桥大学出版社
[18] 詹金斯,P。;Song,Y。;Brem,R.,基于系谱的历史重组和基因流推断方法及其在酿酒酵母《公共科学图书馆·综合》,7,11,e46947,(2012)
[19] Kanj,I.A。;纳赫勒,L。;Than,C。;夏,G,Theoret,很难看到网络中的树和树枝。计算。科学。,401, 153-164, (2008) ·Zbl 1147.68059号
[20] 克莱恩伯格,J。;Tardos,E.,算法设计,(2006),培生教育
[21] Marcussen,T。;雅各布森,K.S。;Danihelka,J。;巴拉德,H.E。;Blaxland,K。;Brysting,A.K。;Oxelman,B.,从高多倍体北美和夏威夷紫罗兰的基因树推断物种网络(中提琴紫罗兰科),系统。生物学,61,107-126,(2012)
[22] Nakhleh,L.,系统发育网络,(2004),美国德克萨斯大学奥斯汀分校,博士论文
[23] Nakhleh,L.,物种系统发育推断和基因树协调的计算方法,Trends Ecol。进化。,28, 12, 719-728, (2013)
[24] Steel,M.,《系统发育:进化中的离散和随机过程》(2016),SIAM·Zbl 1361.92001号
[25] Trengen,T.J。;Rocha,E.P.,《水平转移,而不是复制,驱动原核生物中蛋白质家族的扩展》,PLoS Genet。,7,1,e1001284,(2011)
[26] 范·埃尔塞尔,L。;Semple,C。;Steel,M.,在系统发育网络中定位一棵树,Inform。过程。莱特。,110, 23, 1037-1043, (2010) ·Zbl 1379.68184号
[27] 王,L。;张凯。;张,L.,带重组的完美系统发育网络,J.Compute。生物学,8,169-78,(2001)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。