×

一种贝叶斯层次模型,用于预测来自多个数据源的潜在健康状态,并应用于前列腺癌的主动监测。 (英语) Zbl 1372.62063号

摘要:在本文中,我们提出了一个贝叶斯层次模型,用于从纵向临床测量预测潜在健康状态。模型开发的动机是需要集成多个数据源,以改进关于是否切除或照射患者前列腺癌的临床决策。现有的建模方法得到了扩展,以适应基于活检组织的癌症状态测定中的测量误差、可能不会随机丢失的临床测量以及真实状态的信息部分观察。该模型能够评估个人潜在前列腺癌是否具有侵袭性,是否需要手术和/或放射治疗,或是否具有惰性,从而允许持续监测。然后,这些个性化预测可以传达给临床医生和患者,以告知决策。我们用约翰·霍普金斯大学低风险前列腺癌患者队列的数据证明了该模型,并评估了观察到真实癌症状态的子集的预测准确性。仿真研究证实了模型的性能,并探讨了信息缺失调整对真实状态预测的影响。R代码在在线补充中提供,网址为http://github.com/rycoley/prediction-prostate-surveillance.

MSC公司:

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
92 C50 医疗应用(通用)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用

参考文献:

[1] Akaike,H.(1998年)。信息论和最大似然原理的推广。在《秋叶裕久文选》(Hirotugu Akaike),199-213。纽约:斯普林格。
[2] Ankerst,D.P.、Xia,J.、Thompson,I.M.、Hoefler,J.,Newcomb,L.F.、Brooks,J.D.等人(2015)。前列腺癌主动监测中的精确医学:金丝雀早期检测研究网络主动监测活检风险计算器的开发。《欧洲泌尿学》68,1083-1088。
[3] Bishop,C.M.等人(2006年)。模式识别和机器学习,第4卷。纽约:斯普林格·Zbl 1107.68072号
[4] Chapelle,O.、Schölkopf,B.和Zien,A.,编辑(2006年)。半监督学习。Chapelle:马萨诸塞州剑桥市:麻省理工学院出版社。
[5] Chou,R.、Dana,T.、Bougatsos,C.、Fu,R.、Blazina,I.、Gleitsmann,K.等人(2011年)。局限性前列腺癌的治疗:2002年美国预防服务工作组更新的系统综述。证据综合第91号。ARHQ出版物编号:12‐0516‐EF‐2。医学博士Rockville:医疗保健研究和质量机构。
[6] Cupples,L.A.、D'Agostino,R.B.、Anderson,K.和Kannel,W.B.(1988)。Framingham心脏研究中基线和重复测量协变量技术的比较。医学统计7,205-218。
[7] D’Agostino,R.B.,Lee,M.‐L。,Belanger,A.J.、Cupples,L.A.、Anderson,K.和Kannel,W.B.(1990年)。合并logistic回归与时间相关Cox回归分析的关系:Framingham心脏研究。医学统计9,1501-1515。
[8] Dall’Era,M.A.、Albertsen,P.C.、Bangma,C.、Carroll,P.R.、Carter,H.B.、Cooperberg,M.R.等人(2012年)。前列腺癌的积极监测:对文献的系统综述。《欧洲泌尿学》62,976-983。
[9] Daniels,M.J.和Hogan,J.W.(2008)。纵向研究中的缺失数据:贝叶斯建模和敏感性分析策略。佛罗里达州博卡拉顿:CRC出版社·Zbl 1165.62023号
[10] DeGruttola,V.和Tu,X.M.(1994)。CD4淋巴细胞计数的进展及其与生存时间的关系建模。生物统计学501003-1014·Zbl 0825.62792号
[11] Epstein,J.I.、Feng,Z、Trock,B.J.和Pierrazio,P.M.(2012)。前列腺癌从活检到根治性前列腺切除的升级和降级:使用改良Gleason分级系统和三级因子分析的发病率和预测因素。欧洲泌尿外科61019-1024。
[12] 爱泼斯坦,J.I.、沃尔什,P.C.、卡迈克尔,M.和布伦德勒,C.B.(1994)。病理和临床结果预测未触及(T1c期)前列腺癌的肿瘤范围。美国医学协会杂志271,368-374。
[13] Fisher,A.J.、Coley,R.Y.和Zeger,S.L.(2015)。潜在健康状态贝叶斯层次模型的快速样本外预测。arXiv预打印arXiv:1510.08802。
[14] Gelfand,A.E.、Sahu,S.K.和Carlin,B.P.(1995)。正态线性混合模型的有效参数化。生物特征82479-488·Zbl 0832.62064号
[15] Gelman,A.和Hill,J.(2006年)。使用回归和多级/层次模型的数据分析。剑桥:剑桥大学出版社。
[16] Gleason,D.F.(1992)。前列腺癌的组织学分级:一个观点。《人类病理学》23,273-279。
[17] Goolsby,W.、Olsen,L.和McGinnis,M.(2012)。国际移民组织关于价值观和科学驱动的卫生保健的圆桌会议。《临床数据作为健康学习的基本依据:创造和保护公共利益:研讨会摘要》,134-140年,华盛顿特区:国家学院出版社。
[18] Hanley,J.A.和McNeil,B.J.(1982)。接收机工作特性(ROC)曲线下面积的含义和用途。放射学143,29-36。
[19] Hayden,E.C.(2009)。个性化癌症治疗越来越近。《自然新闻》458131-132。
[20] Henderson,R.、Diggle,P.和Dobson,A.(2000年)。纵向测量和事件时间数据的联合建模。生物统计1465-480·Zbl 1089.62519号
[21] Inoue,L.Y.、Etzioni,R.、Morrell,C.和Müller,P.(2008)。用纵向标记物模拟疾病进展。《美国统计协会杂志》103,259-270·Zbl 1471.62509号
[22] Inoue,L.Y.、Trock,B.J.、Partin,A.W.、Carter,H.B.和Etzioni,R.(2014)。主动监测研究中的年级进展建模。医学统计33,930-939。
[23] Jackson,D.、Mason,D.,White,I.R.和Sutton,S.(2012年)。一项基于互联网的戒烟试验中缺失数据机制的探索。BMC医学研究方法12,157。
[24] Laird,N.M.和Ware,J.H.(1982年)。纵向数据的随机效应模型。生物统计学38,963-974·Zbl 0512.62107号
[25] Lin,H.、Turnbull,B.W.、McCulloch,C.E.和Slate,E.H.(2002)。纵向生物标记物和事件过程数据联合分析的潜在类模型:应用于纵向前列腺特异性抗原读数和前列腺癌。《美国统计协会杂志》97,53-65·Zbl 1073.62582号
[26] Little,R.J.和Rubin,D.B.(2014)。缺失数据的统计分析。新泽西州霍博肯:John Wiley&Sons。
[27] McGeachie,M.、Ramoni,R.L.B.、Mychaleckyj,J.C.、Furie,K.L.、Dreyfuss,J.M.、Liu,Y.等人(2009年)。动脉粥样硬化中冠状动脉钙化的综合预测模型。循环1202448-2454。
[28] O'Malley,A.J.和Zaslavsky,A.M.(2008)。结构化无响应多层次调查数据的领域级协方差分析。《美国统计协会杂志》103,1405-1418·Zbl 1286.62096号
[29] Pepe,M.S.、Janes,H.、Longton,G.、Leisenring,W.和Newcomb,P.(2004)。比值比在衡量诊断、预后或筛查标记物性能方面的局限性。美国流行病学杂志159,882-890。
[30] Plummer,M.(2011)。JAGS 4.0.0版用户手册。
[31] Porten,S.P.、Whitson,J.M.、Cowan,J.E.、Cooperberg,M.R.、Shinohara,K.、Perez,N.等人(2011年)。接受积极监测的男性连续活检前列腺癌分级的变化。临床肿瘤学杂志292795-2800。
[32] Proust‐Lima,C.和Taylor,J.M.(2009)。使用治疗后PSA的重复测量开发和验证前列腺癌复发的动态预后工具:联合建模方法。生物统计10,535-549·Zbl 1437.62585号
[33] Saini,S.D.、van Hees,F.和Vijan,S.(2014)。智能癌症筛查:个性化的可能性和挑战。《美国医学协会杂志》312211-2212。
[34] Saria,S.和Goldenberg,A.(2015)。分型:它是什么及其在精确医学中的作用。智能系统,IEEE30,70-75。
[35] Schluchter,M.D.(1992年)。信息审查纵向数据的分析方法。《医学统计学》11,1861-1870。
[36] Schulam,P.、Wigley,F.和Saria,S.(2015)。从电子健康数据聚类纵向临床标记轨迹:应用于表型和内型发现。第二十九届AAAI人工智能会议,加利福尼亚州帕洛阿尔托:AAI出版社。
[37] Smith,M.,Saunders,R.,Stuckhardt,L.,McGinnis,J.M.,编辑(2013)。低成本最佳医疗:美国持续学习医疗保健的途径。华盛顿特区:国家学院出版社。
[38] Steyerberg,E.W.、Vickers,A.J.、Cook,N.R.、Gerds,T.、Gonen,M.、Obuchowski,N.等人(2010年)。评估预测模型的性能:一些传统和新度量的框架。流行病学21,128。
[39] 苏,Y.‐S。和Yajima,M.(2015)。R2jags:R.v.0.05‐01中运行JAGS的程序包。
[40] Tanner,M.A.和Wong,W.H.(1987年)。通过数据增强计算后验分布。《美国统计协会杂志》82,528-540·Zbl 0619.62029号
[41] Tosoian,J.J.、Mamawala,M.、Epstein,J.、Landis,P.、Wolf,S.、Trock,B.J.等人(2015)。有利风险前列腺癌前瞻性积极监测计划的中期和长期结果。临床肿瘤学杂志33,3379-3385。
[42] Truong,M.、Slezak,J.A.、Lin,C.P.、Iremashvili,V.、Sado,M、Razmaria,A.A.等人(2013年)。Gleason 6前列腺癌风险工具升级的开发和多机构验证。癌症119,3992-4002。
[43] Wu,Z.、Deloria‐Knoll,M.、Hammitt,L.L.和Zeger,S.L.(2015)。儿童肺炎病因学病例对照研究的部分潜在类别模型。英国皇家统计学会杂志,C辑(应用统计学)65,97-114。
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。