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陈杰;李华

用于建模下一代序列读取比率的统计变化点分析方法。 （英语） Zbl 1349.62546号

Letzter，Gail（编辑）等，《数学科学进展》。美国马里兰州大学医学院帕克分校2015年数学女性协会研讨会的研究。Cham:Springer（ISBN 978-3-319-34137-8/hbk；978-3-3169-34139-2/电子书）。数学女性协会系列6，283-300（2016）。
摘要：统计变点分析的一个关键特征是估计施加在样本数据上的各种统计模型的未知变点位置。这种分析可以通过假设测试过程、模型选择视角或贝叶斯方法等方法进行。变点分析在统计质量控制、金融经济、气候研究、医学、遗传学等研究领域有着广泛的应用。本文将提供一种基于基因组数据建模的变点分析。高通量下一代测序（NGS）技术目前常用于肿瘤和对照样本的剖面分析，以研究DNA拷贝数变体（CNV）。特别是，肿瘤样本的读取计数与对照样本的读取数之比通常用于识别CNV区域。识别CNV区域相当于查找NGS读取比率数据中可能存在的变化点。我们提出了一个变点模型和贝叶斯解，用于估计NGS读取比率数据中的变点位置。对该方法的仿真研究表明了该方法在识别变点位置方面的有效性。将介绍使用乳腺癌/肿瘤细胞系和肺癌细胞系的下一代测序数据，提出的变化点模型在识别DNA拷贝数变异（CNV）区域边界方面的应用。
关于整个系列，请参见[兹比尔1354.00102].

理学硕士：

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
62F03型 参数假设检验
10层62层 点估计
2015年1月62日 贝叶斯推断
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

变化点分析;DNA拷贝数;下一代测序数据

软件：

SeqBBS系列;rSW-seq公司;CNV-序列;读取深度
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Chen}和\textit{H.Li}，女性数学协会。序列号。6283--300（2016；Zbl 1349.62546）
全文： 内政部

参考文献：

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