安妮·康登;胡，艾伦;Ján Maňuch;克里斯·塔楚克 少匆忙，少浪费：关于回收及其在钢绞线置换系统中的限制。 （英语） Zbl 1347.68132号 Cardelli，Luca（编辑）等人，《DNA计算和分子编程》。2011年9月19日至23日，第17届国际会议，DNA 17，美国加利福尼亚州帕萨迪纳。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-642-23637-2/pbk）。计算机科学课堂讲稿6937，84-99（2011）。 小结：我们研究了化学反应体系中分子再循环的潜力及其DNA链置换的实现。当一个反应的产物是后一个反应中的反应物时，就会发生再循环。回收利用的好处是减少分子的消耗或浪费，避免燃料消耗。我们提出了一种二进制计数器，它可以有效地回收分子，而与不回收链的替代计数器相比，只会产生适度的速度减慢。此计数器是一个通过（2^{n}）状态前进的（n）位二进制反射格雷码计数器。在这个计数器的链置换实现中，废物——消耗的DNA链的核苷酸总数——是（O（n^{3}），而替代计数器有（Omega（2^{n}））废物。我们还表明，当代表计数器状态（位）的物种的（Theta（n））副本最初存在时，我们的位计数器无法正常工作。该证明更广泛地应用于表明，一类化学反应系统，其中每个反应的所有反应物都是催化剂，其计算时间不能超过{2} n个^2）步骤，当至少有\（n \）个副本时。关于整个系列，请参见[兹比尔1222.68005]. 引用于8文件 MSC公司： 2005年第68季度 计算模型（图灵机等）（MSC2010） 2010年第68季度 计算模式（非确定性、并行、交互式、概率性等） 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Condon}等人，Lect。注释计算。科学。6937，84-99（2011；Zbl 1347.68132） 全文： 内政部 参考文献： [1] Cardelli，L.：DNA计算的链代数。自然计算10（1），407–428（2001）·Zbl 1221.68164号 ·doi:10.1007/s11047-010-9236-7 [2] Doty，D.，Kari，L.，Masson，B.：不可逆自组装中的负相互作用。收录：Sakakibara，Y.，Mi，Y.（编辑）DNA 16 2010。LNCS，第6518卷，第37-48页。斯普林格，海德堡（2011）·Zbl 1314.68125号 ·doi:10.1007/978-3642-18305-84 [3] Feller，W.：《概率论及其应用导论》，第1卷。奇切斯特·威利（1971）·Zbl 0219.60003号 [4] Hongzhou，G.，Chao，J.，Xiao，S.-J.，Seeman，N.C.：基于邻近性的可编程DNA纳米级组装线。《自然》465202-205（2010）·doi:10.1038/nature09026 [5] Kharam，A.、Jiang，H.、Riedel，M.、Parhi，K.：化学反应的二进制计数。2011年太平洋生物计算研讨会论文集，第302-313页。世界科学出版社，新加坡（2011年） [6] Cardelli，L.：双域DNA链置换。In：程序。计算模型的发展（DCM 2010）。理论计算机科学电子论文集，第26卷，第47–61页（2010年）·doi:10.4204/EPTCS.26.5 [7] Lund，K.、Manzo，A.T.、Dabby，N.、Michelotti，N.，Johnson-Buck，A.、Nangreave，J.、Taylor，N.和Pei，R.、Stojanovic，M.N.、Walter，N.G.、Winfree，E.、Yan，H.：由规定景观引导的分子机器人。《自然》465206–210（2010）·doi:10.1038/nature09012 [8] Omabegho，T.，Sha，R.，Seeman，N.C.：具有协调腿的双足DNA布朗运动。《科学》324（5923），67-71（2009）·doi:10.1126/science.1170336 [9] Qian，L.，Soloveichik，D.，Winfree，E.：DNA聚合物的高效图灵通用计算。收录：Sakakibara，Y.，Mi，Y.（编辑）DNA 16 2010。LNCS，第6518卷，第123–140页。施普林格，海德堡（2011）·Zbl 1309.68071号 ·doi:10.1007/978-3642-18305-8_12 [10] Qian，L.，Winfree，E.：合成大规模电路的简单DNA门基序。收件人：J.R.Soc.Interface（2011） [11] Reif，J.H.，Sahu，S.，Yin，P.：增生系统和自构系统中图形自组装的复杂性。收录：Carbone，A.，Pierce，N.A.（编辑）DNA 2005。LNCS，第3892卷，第257-274页。斯普林格，海德堡（2006）·Zbl 1234.68142号 ·doi:10.1007/11753681_21 [12] Rothemund，P.W.K.，Winfree，E.：自组装方块的程序大小复杂性。摘自：第三十二届ACM计算机理论年会论文集，第459–468页（2000）·Zbl 1296.68051号 [13] Savage，C.：组合格雷码综述。SIAM评论39（4），605–629（1997）·Zbl 1049.94513号 ·doi:10.1137/S0036144595295272 [14] 舒尔曼，L.J.，扎克曼，D.：修正插入、删除和换位的渐近好代码。IEEE信息理论汇刊45，2552–2557（1999）·Zbl 0960.94037号 ·数字对象标识代码：10.1109/18.796406 [15] Seelig，G.，Soloveichik，D.，Zhang，D.Y.，Winfree，E.：无酶核酸逻辑电路。《科学》314（5805），1585-1588（2006）·doi:10.1126/科学.1132493 [16] Shin，J.-S.，Pierce，N.A.：用于分子运输的合成DNA步行器。美国化学杂志。Soc.126、10834–10835（2004年）·doi:10.1021/ja047543j [17] Soloveichik，D.，Seelig，G.，Winfree，E.：DNA是化学动力学的通用底物。程序。美国国家科学院。科学。美国107（12），5393–5398（2010）·doi:10.1073/pnas.0909380107 [18] Venkataraman，S.、Dirks，R.M.、Rothemund，P.W.K.、Winfree，E.、Pierce，N.A.：一种由DNA杂交驱动的自动聚合马达。Nature Nanotech 2（8），490-494（2007）·doi:10.1038/nnano.2007.225 [19] Winfree，E.：DNA的算法自组装。加州理工学院博士论文（1998年） [20] Zhang，D.Y.，Seelig，G.：使用链置换反应的动态DNA纳米技术。《自然化学》3，103–113（2011）·doi:10.1038/英寸957 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。