玛丽安·盖奥吉;文森佐·曼卡;Romero-Campero，Francisco J。 用于模拟细胞过程的确定性和随机P系统。 （英语） Zbl 1343.92185号 自然计算。 9，第2期，457-473（2010）. 摘要：本文介绍了基于代谢和随机P系统的两种建模生物系统的方法及其相关分析方法，并通过两个案例研究说明了它们的用途。 引用于7文件 理学硕士： 92立方厘米 系统生物学、网络 2005年第68季度 计算模型（图灵机等）（MSC2010） 2010年第68季度 计算模式（非确定性、并行、交互式、概率性等） 92立方37 细胞生物学 关键词：膜计算;P系统;细胞过程建模;系统生物学;合成生物学 软件：棱镜 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Gheorghe}等人，《自然计算》。9，第2号，457--473（2010；Zbl 1343.92185） 全文： 内政部 链接 参考文献： [1] Alberts B，Raff M（1997）《基本细胞生物学：细胞分子生物学导论》。纽约加兰科学 [2] Benner SA，Sismour M（2005）《合成生物学》。《Nat Rev Genet》6:533–543·doi:10.1038/nrg1637 [3] Bernardini F，Manca V（2003），P系统的动力学方面。生物系统70（2）：85-93·Zbl 1023.68032号 ·doi:10.1016/S0303-2647（03）00032-7 [4] Bernardini F、Gheorghe M、Krasnogor N（2007a）群体感应P系统。计算机科学理论371（1-2）：20–33·Zbl 1108.68051号 ·doi:10.1016/j.tcs.2006.10.012 [5] Bernardini F、Gheorghe M、Romero-Campero FJ、Walkinshaw N（2007b）《生物系统建模的混合方法》。计算机科学课堂讲稿，第4860卷。柏林施普林格，第138-159页·Zbl 1137.68373号 [6] Castellini A，Manca V（2008）MetaPlab:代谢P系统的计算框架。英国爱丁堡2008年WMC预演 [7] Castellini A、Manca V、Marchetti L（2008）MP系统和混合Petri网。螺柱计算智能129:53–62·doi:10.1007/978-3-540-78987-1_5 [8] Elowitz MB，Leibler S（2000）转录调节器的合成振荡网络。自然403（20）：335–338·doi:10.1038/35002125 [9] Ernst M、Cockrell J、Griswold W、Notkin D（2001）《动态发现可能的程序不变量以支持程序进化》。IEEE Trans Softw工程27（2）：99–123·数字对象标识代码：10.1109/32.908957 [10] Fontana F，Manca V（2007）代谢P系统微分方程的离散解。计算机科学理论372（2–3）：165–182·Zbl 1125.68052号 ·doi:10.1016/j.tcs.2006.11.030 [11] Gillespie DT（2007）化学动力学的随机模拟。《物理化学年鉴》58:35–55·doi:10.146/annrev.physchem.58.032806.104637 [12] Goldbeter A（1991）涉及细胞周期蛋白和cdc2激酶的有丝分裂振荡器的最小级联模型。美国国家科学院院刊88:9107–9111·doi:10.1073/pnas.88.20.9107 [13] Krasnogor N、Gheorghe M、Terrazas G、Diggle S、Williams P、Camara M（2005）《从细菌群体感应中提取的一种吸引人的计算机制》。公牛EATCS 85:135–148·Zbl 1169.68437号 [14] Kwiatkowska M，Norman G，Parker D（2005）《实践中的概率模型检验：与PRISM的案例研究》。ACM SIGMETRICS执行评估版本32（4）：16–21·数字对象标识代码：10.1145/1059816.1059820 [15] Manca V（2007）《生化动力学的代谢P系统》。国家科学进展17（4）：384–391·Zbl 1149.92315号 ·doi:10.1080/10020070708541014 [16] Manca V（2008a）生化动力学的离散模拟。计算机科学讲义，第4848卷，施普林格，柏林，第231–235页 [17] Manca V（2008b）P系统的代谢算法：原理和应用。计算机科学理论404（1–2）：142–157·Zbl 1151.68020号 ·doi:10.1016/j.tcs.2008.04.015 [18] Manca V（2008c）代谢性P系统的对数增益原理。Rozenberg's Festschrift，自然计算系列，柏林斯普林格 [19] Manca V（2009）代谢性P系统基础。摘自：Paun G、Rozenberg G、Salomaa A（eds）《膜计算手册》，第16章。牛津大学出版社 [20] Manca V，Bianco L（2008）代谢P系统中的生物网络。生物系统91（3）：489–498·doi:10.1016/j.biosystems.2006.11.009 [21] Manca V，Bianco L，Fontana F（2005）P系统的进化和振荡：生物现象的应用。计算机科学课堂讲稿，第3365卷。柏林施普林格，第63–84页·Zbl 1117.68371号 [22] Manca V，Pagliarini R，Zorzan S（2008）代谢P系统模拟的光合过程。Nat Compute（自然计算）（出版中）。数字对象标识代码：10.1007/s11047-008-9104-x [23] Péun Gh（2000）《膜计算》。计算机系统科学杂志61:108–143·Zbl 0956.68055号 ·文件编号：10.1006/jcss.1999.1693 [24] Péun Gh（2002）《膜计算：导论》。柏林施普林格 [25] Pérez-Jiménez MJ，Romero-Campero FJ（2006）P Systems，一种新的系统生物学计算建模工具。计算系统生物学学报VI，LNBI，第4220卷，第176-197页 [26] Pescini D、Besozzi D、Mauri G、Zandron C（2006）动态概率P系统。实习生J Found Compute Sci 17:183–204·Zbl 1088.68062号 ·doi:10.1142/S0129054106003760 [27] Romero-Campero FJ，Pérez-Jiménez MJ（2008）使用P系统的费氏弧菌群体感应系统模型。艺术人生14（1）：1–15·doi:10.1162/网址：2008.14.1.95 [28] Romero-Campero FJ、Gheorghe M、Ciobanu G、Bianco L、Pescini D、Pérez-Jiménez MJ、Ceterchi R（2006）《使用PRISM对P系统进行概率模型检查》。计算机科学课堂讲稿，第4361卷。柏林施普林格，第477-495页 [29] Romero Campero FJ，Gheorghe M，Ciobanu G，Auld JM，Pérez Jiménez MJ（2007）使用P系统和过程代数的细胞建模。国家科学计划17（4）：375–383·Zbl 1149.92014年9月 ·doi:10.1080/10020070708541013 [30] Romero-Campero FJ，Cao H，Cámara M，Krasnogor N（2008）细胞系统生物模型的结构和参数估计。摘自：《遗传与进化计算会议论文集》，7月12-16日，美国亚特兰大，第331-338页 [31] Romero-Campero FJ、Twycross J、Cámara M、Bennett M、Gheorghe M、Krasnogor N（2009）使用P系统的细胞系统生物模型模块化组装。国际J发现计算科学20:427–442·Zbl 1185.68341号 [32] P Systems网站（2008）http://www.ppage.psystems.eu [33] von Bertalanffy L（1967）《一般系统理论：基础、发展、应用》。乔治·布雷西勒公司，纽约 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。